山东省农业良种工程项目(2012LZ010)
- 作品数：1 被引量：7H指数：1
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- 核桃NBS类抗病基因类似物的序列特征及其与炭疽病的抗性被引量：7
- 2014年
- 【目的】利用同源序列法分离核桃的NBS(Nucleotide binding site)类抗病基因类似物,为核桃抗炭疽病分子辅助育种及抗病基因的克隆提供基础。【方法】以35个核桃优系为试材,利用接种法鉴定供试材料对炭疽病的抗性;根据已知植物抗病基因的保守结构域P-loop和GLPL设计简并引物,以核桃优系的基因组DNA为模板,通过PCR扩增NBS类抗病基因同源序列片段,并分析所得NBS类抗病基因类似物与核桃优系炭疽病抗性的关系;利用BLASTN/X程序对所得NBS序列在GenBank数据库中进行同源性搜索;利用MEGA 5.2及DNAman 7.0等软件对其进行序列相似性分析和系统进化研究。【结果】35个供试核桃优系中,有20个优系为抗炭疽病类型(R),其相对抗性指数在0.63—0.82;有5个优系为中抗类型(M),相对抗性指数在0.27—0.56;有10个为感病类型(S),相对抗性指数在0.00—0.21。PCR结果显示,从20个抗炭疽病优系的基因组扩增得到20条NBS类抗病基因类似序列;而在其它15个优系(5个中抗优系和10个感病优系)中未扩增到条带,表明核桃NBS序列与炭疽病抗性相关联。BLASTN显示,所得NBS序列在核苷酸水平与GenBank中已知的核桃NBS序列(jrRGAPGs)存在89%—100%同源性,与其它物种NBS序列的同源性在69%以上;BLASTX显示,所得NBS序列与已知核桃NBS抗病蛋白同源性为77%—99%,与其它物种的NBS抗病蛋白同源性在49%—66%。氨基酸序列多重比对分析表明,所得核桃NBS序列均包含有抗病基因所具有的典型功能域,如P-loop、kinase-2、kinase-3和GLPL等,在典型功能域的核苷酸多态性(Pi)明显低于非保守区,有较高保守性。系统发育分析表明,在核苷酸水平上可将所得核桃优系的NBS序列区分为7类,在氨基酸水平上可分TIR和non-TIR两大类7个亚类;所得核桃NBS序列非同义替换率(dN)和同义替换率(dS)的比值dN/dS在0.00—0.95,为纯化选择。氨基酸序列相似性表明核桃优系不同N
- 安海山杨克强
- 关键词：核桃炭疽病抗病基因类似物系统发育分析
