卫生部卫生公益性行业科研专项(200802043)
- 作品数：11 被引量：235H指数：9
- 相关作者：陈士林姚辉陈科力宋经元罗焜更多>>
- 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院湖北中医药大学山东中医药大学更多>>
- 发文基金：卫生部卫生公益性行业科研专项国际科技合作与交流专项项目国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 景天属药用植物DNA条形码研究被引量：16
- 2010年
- 目的:评价DNA条形码候选序列对景天属药用植物及其混伪品的鉴别能力,探索景天属药用植物鉴定的新方法。方法:使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对景天属药用植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增效率、种内和种间变异的显著性,以及Barcoding gap,采取BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力。结果:ITS2序列在采集的景天属几种药用植物中扩增成功率为100%,其种内种间变异差异、Barcoding Gap较psbA-trnH、rbcL序列具有更明显的优势,而且纳入网上48个样品33个种的数据后鉴定成功率仍达到100%。结论:ITS2序列能够准确鉴定景天属药用植物,并将其与常见混伪品区别开,ITS2可推荐为景天属首选的DNA条形码序列。
- 李妮陈科力刘震叶丛进陈士林
- 关键词：DNA条形码景天属ITS2药用植物
- 中药鉴定学基源鉴定方法探讨被引量：7
- 2014年
- 基源鉴定是中药鉴定学的核心内容之一。原植物、性状、显微、理化等四大鉴别法都可用于中药的基源鉴定,确定中药的品种,但各种方法的作用和特点不同。其中原植物和原动物鉴定是其它基源鉴定方法的基础。DNA分子标记是新发展的基源鉴定方法,由于不受环境因素、组织类型和发育阶段的影响而具有稳定性和客观性;其中DNA条形码技术由于具有通用性和国际共享的平台而成为中药基源鉴定实用和强大的武器。对于经过提取的中药提取物和中药制剂的原料药,色谱和色谱-光谱联用技术目前是基源鉴定的最佳选择。
- 刘义梅
- 关键词：中药鉴定学分子标记技术DNA条形码
- 基于DNA条形码的藤类药材鉴定被引量：3
- 2012年
- 目的:对《中国药典》中记载的14种藤类药材进行分子鉴定。方法:以核基因ITS2片段作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建NJ(邻接)树。结果:14种藤类药材的ITS2序列长度为190-284 bp;各药材种内K2P遗传距离为0-0.053,远远小于种间K2P遗传距离(平均值为0.852,最小值为0.309);由所构建的系统聚类树图可以看出,本研究中具有不同产地来源样品的药材均表现出了单系性,同时又与其它药材明显分开。结论:ITS2序列作为条形码适用于鉴定《中国药典》中藤类药材,在中药材的鉴定领域具有重要的应用前景。
- 孙稚颖张永清
- 关键词：DNA条形码ITS2分子鉴定
- 中药DNA条形码鉴定中的DNA提取方法研究被引量：51
- 2012年
- 目的:建立一种直接从药材中提取DNA的方法以满足中药材DNA条形码研究的需要。方法:以麦冬药材为实验对象,对比5种常用植物DNA提取方法,筛选出最优方法后,对不同部位入药的10种中药材进行DNA提取,采用琼脂糖凝胶电泳及PCR扩增效果进行检测。结果:改良的CTAB法较适合药材DNA提取,虽然所有样品DNA都出现降解,但基于ITS2序列引物PCR扩增成功率为90%。结论:通过增加药材的预处理、核分离液等步骤,并改良CTAB浓度等措施,CTAB法能够用于上述不同药用部位入药的9种药材DNA提取,可以为中药DNA条形码鉴定中的DNA提取提供参考。
- 罗焜马培姚辉宋经元陈科力刘义梅
- 关键词：DNA提取CTAB法
- 基于芸香科的植物通用DNA条形码研究被引量：100
- 2010年
- 植物DNA条形码研究是近10年来进展最迅速的学科之一,其通用序列的筛选一直是该领域研究的热点问题.2009年,生命条形码联盟植物工作组推荐rbcL+matK组成复合序列作为植物通用条形码,但其研究对象中近缘属、种较少,且物种水平鉴定成功率仅为72%,所以仍在进行验证和新序列的研究工作.本研究选取nrDNAITS2序列,利用其具有Ⅱ级结构的特性、通过不同物种类型模型判定全长,将其和目前热点候选序列(matK,rbcL,psbA-trnH,rpoC1,ycf5)及nrDNAITS序列针对芸香科72属192种300个样本进行比较,试图在同一科属下更多近缘种存在时,真实判定候选序列的鉴定能力.结果表明,自行设计引物的ITS2序列具有较好的PCR扩增和测序成功率,在所考察的候选序列中具有最大的种间变异和较小的种内变异,且两者存在极显著差异,同时物种鉴定成功率最高,各评价指标均优于其他候选序列.证实ITS2序列在单一科属内的"高效性",故推荐其作为植物DNA条形码通用序列之一.
- 罗焜陈士林陈科力宋经元姚辉马新业朱英杰庞晓慧余华李西文刘震
- 关键词：DNA条形码ITS2芸香科
- 基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定被引量：11
- 2012年
- 山豆根是我国常用中药材,对山豆根基原植物及其易混伪品进行DNA分子鉴定研究具有重要意义。本文对5科9属38个物种84份山豆根基原植物及其混伪品样品的ITS2序列进行序列变异分析、K-2p遗传距离比较及NJ系统发育聚类树构建。结果表明所研究山豆根基原植物样品种内ITS2序列无变异,与其同属密切相关物种的ITS2序列变异位点为102个,平均K-2p遗传距离为0.072,与其他混伪品的ITS2序列变异位点为200个,平均K-2p遗传距离为0.594。山豆根基原植物在NJ系统发育聚类树上聚为一支,支持率为98。因此,ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区分山豆根基原植物及其混伪品,为山豆根药材及其混伪品的鉴定提供基础。
- 徐晓兰石林春宋经元韩建萍姚辉陈士林何顺志
- 关键词：山豆根混伪品ITS2
- 基于ITS2序列鉴定川贝母及其混伪品基原植物被引量：33
- 2012年
- 本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下载川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果显示川贝母基原植物种内最大K-2-P距离为0.0276,与混伪品的种间最小K-2-P距离为0.0583;川贝母及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示川贝母不同基原物种聚为一支,能较好与混伪品区分。研究结果表明ITS2条形码序列能够成功鉴定川贝母及其混伪品的原植物,为川贝母混伪鉴别提供了新工具。
- 罗焜马培姚辉宋经元陈科力刘义梅
- 关键词：川贝母分子鉴定
- 大青叶及其混淆品的ITS2序列鉴定研究被引量：10
- 2011年
- 目的:对中药材大青叶及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:采用PCR直接测序法,测定核基因ITS2区,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,构建NJ(邻接)树,并利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:大青叶基源植物菘蓝ITS2序列长度为191bp,其种内平均K2P遗传距离(0.002)远小于其与混淆品的种间平均K2P遗传距离(0.882);由所构建的系统聚类树图可以看出,各物种均表现出了单系性,而同时又与其它物种明显区分开;比较ITS2二级结构发现,各物种在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论:ITS2作为条形码可以方便快捷的鉴别大青叶正品及其混淆品,对药典中其它药材的相关研究也具有重要的参考价值。
- 孙稚颖罗红梅陈士林
- 关键词：大青叶DNA条形码ITS2分子鉴定
- 基于ITS2条形码的中药材赤芍及其易混伪品的DNA分子鉴定被引量：17
- 2011年
- 目的:对中药材赤芍及其易混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:以核基因ITS2片段作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建NJ(邻接)树。利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:赤芍两基源植物ITS2序列长度均为227bp;由所构建的系统聚类树图可以看出,无论芍药还是川赤芍,它们的不同来源样本均分别聚在一起,表现出单系性;比较赤芍及其易混伪品的二级结构发现,赤芍的正品来源芍药与川赤芍彼此间差异甚微,而与其它物种在螺旋区茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面具有较明显区别。结论:ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区别中药材赤芍基源植物与其易混伪品,在中药材的鉴定中具有重要的应用前景。
- 孙稚颖宋经元姚辉孙超陈士林
- 关键词：赤芍DNA条形码ITS2
- 基于ITS2序列的藁本与常见混伪品的分子鉴定被引量：10
- 2011年
- 本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序，并运用MEGA软件对该区进行序列分析，比较了ITS2碱基序列的差异及其规律，同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小，而与其主要混伪品间存在较大的变异，差异性范围为5．7％～35．3％。根据ITS2序列特征构建的系统树，药材藁本的样品紧密的聚在一起，和其混伪品可以明确区分，支持率为100％。此外，ITS2的二级结构可作为鉴定药材藁本及混伪品种的一个方法，具有一定的系统学及分类学意义。本研究表明rDNA ITS2序列分析可作为药材藁本与混伪品的一种有效的分子鉴定方法，具有重要的应用价值。
- 高婷姚辉陈士林
- 关键词：藁本混伪品
