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放射污染区古菌分离及多样性分析被引量：2: 2014年; 【目的】研究放射污染区古菌多样性。【方法】放射污染区采集土样,采用甘油-精氨酸培养基(GJ)、甘油-天冬氨酸培养基(C1)、海藻糖-肌酸培养基(B7)、甘露醇-丙氨酸培养基(Z5)、干酪素-甘露醇培养基(CMKA)、壳聚糖-天冬酰胺培养基(F6)、甘露醇-酸水解酪蛋白培养基(GW1)、CM培养基、HP培养基和KC培养基10种分离培养基,采用梯度稀释法对古菌进行分离,将分离获得的菌株经形态特征,16S rRNA基因片段扩增及限制性内切酶酶切,选取酶切图谱中存在差异性的条带进行测序,最终通过序列比对,聚类分析,获得不同种类的古菌资源。【结果】从该土样中共获得了256株古菌,最终筛选出71株不同类型的古菌,这71株古菌均属于广古菌门,盐杆菌纲,盐杆菌目,盐杆菌科,分布于盐陆生菌属(Haloterrigena)、纳白菌属(Natrialba)、盐球菌属(Halococcus)、盐红菌属(Halorubrum)、盐长寿菌属(Halovivax)、纳线菌属(Natrinema)、盐碱球菌属(Natronococcus)、盐二型菌属(Halobiforma)、盐惰菌属(Halopiger)、盐池栖菌属(Halostagnicola)、富盐菌属(Haloferax)11个属,26个种,其中31株菌的16S rRNA基因序列与已有效发表菌株的序列相似性小于98%,Haloterrigena为该土样的优势菌属。对于分离效果较好的F6培养基采用了梯度营养成分的稀释,最终获得了19株古菌,这些菌株相互之间存在一定的差异性。【结论】本次分离获得了大量的古菌,表明放射污染区存在着较为丰富的古菌资源,其中蕴藏着多种新的物种类型,具有较大的研究价值。; 刘琴任敏张利莉; 关键词：嗜盐古菌

气单胞菌低温淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析被引量：2: 2014年; 【目的】获得低温菌LA77的低温淀粉酶基因及其生物学信息。【方法】用16S r DNA序列分析对其进行了分子鉴定,并根据分类地位进行了特异引物设计和PCR扩增,通过生物学网站和软件对获得的基因及编码蛋白进行分析。【结果】低温菌LA77归属于气单胞菌属,PCR扩增获得一条编码703个氨基酸的完整开放阅读框的基因。通过生物信息学分析显示该蛋白质理论分子量约为77.9 k D,等电点为6.16,为亲水、且具有信号肽的跨膜蛋白。可能存在10个磷酸化位点,1个糖基化位点,二级结构主要由α螺旋和随机卷曲构成。基于氨基酸序列的结构域和系统进化树分析表明,该蛋白属于α-淀粉酶家族,极可能为低温淀粉酶。【结论】LA77低温淀粉酶基因的获得,将为低温淀粉酶基因的进一步改造、表达以及其酶低温催化机理的阐释奠定重要的基础。; 楚敏张志东王玮宋素琴顾美英; 关键词：气单胞菌属低温淀粉酶基因克隆生物信息学

极端嗜盐古菌的分离及系统发育分析被引量：1: 2013年; 从新疆硝尔库勒盐湖中分离纯化得到嗜盐古菌编号为tarim8和tarim158。菌株tarim8细胞为球形,大小为(2.5-3.0)μm。菌株tarim158细胞为杆状,大小为(0.3-0.6)μm×(6.0-13.05)μm,两株菌革兰氏染色阴性,最适NaCl生长浓度范围为12%-23%(w/v)。双向薄层层析分析显示,tarim8和tarim158的细胞壁化学组均含古菌特征性极性脂:PG(磷脂酰甘油)、PGP-Me(磷脂酰甘油磷酸甲基酯)、PGS(磷脂酰硫酸)、S2-DGD(甘露糖-2,6-重硫酸盐(1-2)-葡萄糖-甘油二醚)。经过高效液相色谱(HPLC)分析细胞壁含泛琨MK-8、MK-(8-VIIIH2)。极端嗜盐古菌16S rRNA基因的克隆测序及系统发育分析,tarim8与钠线菌属Natrinema versiforme相似性97.8%,菌株tarim158与盐陆生菌属Haloterrigena turkmenia相似性为97.5%。分离鉴定表明,这两株菌是极端嗜盐古菌的疑似新物种。; 任敏杜诗熠舒彦芳赵威威马小花; 关键词：极端嗜盐古菌系统发育分析

阿克苏高盐咸水滩放线菌分离新策略及系统发育多样性被引量：5: 2013年; 【目的】探讨高盐咸水滩放线菌的分离新策略,为高盐地区放线菌资源的分离提供理论依据。【方法】以甘油-精氨酸培养基、海藻糖-肌酸培养基、甘油-天冬氨酸培养基、甘露醇-酸水解酪蛋白培养基、干酪素-甘露醇、甘露醇-丙氨酸培养基、壳聚糖-天冬酰胺培养基和高氏一号琼脂培养基8种培养基为基础培养基,采用营养成分十倍稀释法、据土样理化性质模拟原始生态环境、免培养分子技术检测菌株的分离培养基及培养条件指导放线菌可培养以及借鉴半咸水海洋环境放线菌分离培养基等4种策略来优化设计培养基,进行阿克苏高盐咸水滩土样放线菌的分离,并采用细菌通用引物进行16S rRNA基因扩增和序列测定,并构建系统发育树。【结果】共分离到403株,分属于放线菌的8个亚目10个科,Streptomyces、Streptomonospora、Saccharomonospora、Plantactinospora、Nocardia、Amycolatopsis、Glycomyces、Micromonospora、Nocardiopsis、Isoptericola、Nonomuraea、Thermobifida、Actinopolyspora和Actinomadura等14个属。69.96%菌株属于链霉菌亚目(Streptomycineae),9.68%菌株属于链孢囊菌亚目(Streptosporangineae),9株为潜在新种。【结论】4种分离新策略显著地提高了高盐地区放线菌的可培养性,还发现了许多新物种,为放线菌的分离提供了新思路与途径。; 张瑶夏占峰曹鑫波李军张利莉; 关键词：放线菌培养基

辐射污染区土壤中细菌对重金属的耐受和吸附研究被引量：5: 2013年; 【目的】研究辐射污染区土壤中细菌的重金属耐受性和吸附特性。【方法】对辐射污染区采集的40份土样,进行重金属离子压力富集筛选菌株,并通过16S rDNA序列比对和聚类分析,确定菌株的种属关系。对菌株进行重金属耐受特性分析,并对其中一株细菌的Pb^(2+)吸附特性进行研究。【结果】通过筛选,共获得46株细菌。大多数菌株对实验重金属离子具有较高的耐受性,耐受程度总体呈现Pb^(2+)>Zn^(2+)>Co^(2+)>Hg^(2+)>Cu^(2+)的趋势,其中对Pb^(2+)的最大耐受性可达2 100 mg/L。对菌株NO.9的Pb^(2+)吸附试验结果显示,在湿菌体量为0.1 g,菌龄2 d,pH 6.0,浓度200 mg/L的Pb^(2+)溶液中,20C下吸附40 min,菌株对Pb^(2+)有最大吸附量,吸附率为98.9%,吸附量为39.56 mg/g。【结论】辐射污染区土壤中存在着大量的耐重金属细菌,其中菌株NO.9对Pb^(2+)具有较强的耐受和吸附功能,为相关重金属污染的环境治理奠定理论依据和技术基础。; 朱静顾美英宋素琴谢玉清唐琦勇王玮张志东; 关键词：细菌重金属耐受

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国家高技术研究发展计划(2012AA021705)

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