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计算机存储化学结构的格式及其相互转化被引量：4: 2007年; 在计算机中存储化学结构是化学信息学首先要解决的问题,由于历史的原因,现在化学结构存储的文件格式多不胜数,给相关研究工作带来了诸多不便。本文首先综述分子结构在计算机中常见的编码方式,介绍化学结构存储的常用文件格式,讨论分子模拟工作中文件格式的选择。然后,总结常用分子模拟软件对这些分子结构文件格式的支持,介绍几种化学结构文件格式转化软件(babel,convert,consystant,vega等),并讨论不同文件类型之间的转换方法。最后,指出应从速制定化学结构文件格式的标准,因为它是化学软件标准的重要内容之一。; 孔德信; 关键词：化学信息学分子模拟 BABEL

基于配体和受体的药物设计方法的对应性被引量：2: 2009年; 基于配体和基于受体的药物设计,通常在方法设计上存在共同的理论基础。本文通过对基于格点能量计算、特征、类似物、知识以及分子对接等方面的方法进行总结,探讨了基于配体和受体在药物设计中的对应关系,并对今后药物设计的发展提出建议。; 任伟孔德信

生物信息学和化学信息学网络研究平台的构建被引量：4: 2007年; 生物信息学和化学信息学均需要利用计算机和网络作为其研究平台,从网络中获取数据,利用远程计算机完成计算分析任务;同时,生物信息学和化学信息学软件分布在Unix、Linux和Windows等不同的操作系统平台上。因此,对从事生物信息与化学信息学研究的工作者来说,拥有一个通用的跨系统的网络研究平台将会如虎添翼。本论文研究立足于山东省生物信息工程技术研究中心现有的网络硬件设备,通过网络架构的构建和软件设置建立了一个开放、方便、实用的网络研究平台。利用该平台,用户可以在指定网域内任意一台计算机上获取研究数据,提交计算、研究任务,也可以借助任意一台Windows或Linux PC工作站图形远程登录中心的UNIX／Linux／Windows服务器进行工作,实现校内的数据、计算、图形等资源的共享,节省了网络和计算资源,方便了研究工作的开展。; 孔德信张红雨; 关键词：生物信息学化学信息学

分子相似性与MOLPRINT2D的本地化被引量：7: 2008年; 分子相似性是分子多样性、分子聚类分析的基础,在药物、材料设计等领域应用广泛。分子相似性有相似度和分子间距两种方式表示,它的计算以分子描述符的计算为前提,依据所采用的描述符是定量还是定性表示,其算法有所不同。本文首先简述了分子相似性的概念、计算方法及其分类,然后,将一款免费的分子相似性计算软件MOLPRINT 2D本地化。; 吴萍孔德信; 关键词：分子设计描述符

利用ActiveX控件提高化学课堂教学的表现力: 2009年; ActiveX控件是一种模块化的灵活对象。合理利用各种控件,特别是与化学专业相关的控件,可以有效增强教学效果,提高化学课堂教学的表现力。本文主要介绍了化学课堂教学中常用的几种通用控件(Flash、Windows Media Player、RealPlayer)和专业相关控件(ChemDraw、DS viewer、Chem3D),并举例说明了它们的应用。; 任伟吴萍孔德信; 关键词：ACTIVEX控件化学教学

CAS登记号查询数据库的建立: 2008年; 在化学及相关研究中,常常需要根据化合物的CAS登记号查询其结构。本文通过整合山东省生物信息工程技术研究中心现有的数据,创建成一个化合物CAS登记号与其结构相互对应的数据库,应用于科研。先从CMC、MDDR、ACD、CNPD、NCI等7个数据库中,共导出575468个化合物的相关数据,这些数据经处理后,导入ChemFinder化学数据库系统。通过查重,保留了404269个独立CAS登记号的化合物,每个化合物都包含其结构、CAS登记号、来源数据库及编号、分子式、分子量、脂水分布系数等信息。数据库还保留了sdf和mol2两种文件格式,以满足虚拟筛选等后续研究的需要。; 孔德信吴萍; 关键词：化学数据库

HMG-CoA还原酶抑制剂的3D-QSAR研究：基于分子对接和FlexS的叠合被引量：2: 2009年; HMG-CoA还原酶是降血脂药物设计的重要靶标,抑制该酶的活性可以有效地降低血浆总胆固醇水平,从而降低心脑血管疾病的发病几率。拜斯亭事件以后,他汀类药物的安全性特别是长期服用的安全性一直备受关注,所以,设计新型安全的HMGR抑制剂仍然十分迫切。本文利用已经建立的分子对接模型对接文献中已经报道的几组HMGR抑制剂分子,确定这些分子可能的结合构象。然后,利用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)研究其三维定量构效关系,所建CoMFA、CoMSIA模型的交叉验证相关系数q^2分别为0.625和0.683(10组CV),对测试集化合物的活性预测结果与实验数据相关性很好,表明模型预测能力较强。分析出三维空间中各种分子场(立体、静电、疏水、氢键)的有利位置。同时,论文还采用FlexS的叠合方式构建CoMSIA模型,比较3D-QSAR研究中分子对接和分子场的叠合。; 吴萍孔德信; 关键词：COMFA COMSIA 3D-QSAR

4种常用化学作图软件功能之比较被引量：1: 2008年; 随着计算机技术的发展和普及,化学化工工作者应用化学专业软件也越来越普遍。ChemDraw、ChemSkech、ChemWin、I- SIS/Draw是目前最常用的4种化学作图软件。本文从化学作图、辅助化学专业分析、性质预测以及软件运行环境等方面,详细比较以上4种软件,为合理选用这些软件提供引导作用。; 吕巍孔德信; 关键词：计算机辅助化学教学

HMG-CoA还原酶抑制剂的虚拟筛选模型的建立被引量：4: 2009年; HMG-CoA还原酶(简称HMGR)是降血脂药物设计的重要靶标,抑制该酶的活性可以有效地降低血浆总胆固醇水平,从而降低罹患心脑血管疾病的几率。虽然已经有数种他汀类药物作为HMGR抑制剂应用于临床,但是他汀类药物的安全性,特别是长期服用的安全性一直备受关注,所以设计新型安全的HMGR抑制剂仍然十分迫切。论文根据hHMGR的晶体结构,利用Dock、FlexX、Autodock 3个程序建立了hHMGR抑制剂的虚拟筛选模型,模型的可靠性通过重复晶体结构、对比对接打分和化合物的活性之间的相关性等方法得以验证,最后,分析各种对接软件的特点,指出了hHMGR抑制剂虚拟筛选,特别是目筛中应当注意的问题,以期为新型HMGR抑制剂的设计提供指导。; 吴萍孔德信; 关键词：DOCK FLEXX AUTODOCK

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博士科研启动基金(4041-405019)