黑龙江省教育厅科学技术研究项目(12521381)
- 作品数：6 被引量：14H指数：2
- 相关作者：梁喜龙方淑梅郑殿峰洪艳华李超更多>>
- 相关机构：黑龙江八一农垦大学大庆市农业技术推广中心更多>>
- 发文基金：黑龙江省教育厅科学技术研究项目国家自然科学基金国家级大学生创新创业训练计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 大豆DNA去甲基化酶IDM1基因5'调控区生物信息学分析
- 2014年
- 利用生物信息学方法分析了IDM1基因在大豆中的存在状况及其5’调控区的启动子序列、甲基化位点及转录因子结合位点的分布情况。结果表明：IDM1基因在大豆中存在2个拷贝Glyma12g35760和Glyma13g34641,并且在表达时存在选择性剪接。对5’端的-2 000~200 bp序列分析发现,Glyma12g35760存在1段可能的启动子序列,1个CpG岛,大小为133 bp,位于495~627核酸序列之间,存在5个可能的转录因子结合位点,转录因子有SBF-1和athb-1两种;Glyma13g34641存在8段可能的启动子序列,无CpG岛,存在6个可能的转录因子结合位点,转录因子有P,SBF-1,MYB.Ph。该分析结果可为IDM1基因在大豆中的试验研究提供有价值的参考。
- 方淑梅韩毅强张文慧洪艳华李丹丹范金辉梁喜龙
- 关键词：大豆生物信息学
- 大豆DNA甲基化酶生物信息学分析被引量：5
- 2013年
- 植物DNA甲基化酶对建立与维持基因组甲基化,调控基因表达,确保植物快速应对多种逆境具有重要作用。本研究利用多种生物信息学网站和软件初步明确了大豆中四类DNA甲基化酶蛋白及相应基因序列,并分析了进化关系和基因拷贝数,确定了基因在染色体上的物理位置及酶蛋白的理化性质与亚细胞定位,同时揭示了大豆DNA甲基化酶蛋白的结构域和组织表达部位特异性。这些研究结果有助于全面认知大豆DNA甲基化酶蛋白的特征对从遗传学上展开深入研究和剖析具有重要的理论指导作用。
- 方淑梅梁喜龙纪伟波胡百兴郑殿峰
- 关键词：大豆基因组DNA甲基化酶进化关系
- 大豆去乙酰化酶Sir2的生物信息学分析被引量：2
- 2015年
- 为研究大豆细胞衰老机制,利用拟南芥、Phytozome、NCBI等数据库及ClustalX 2.0、MEGA 5.0、ExPASy、Smart、DomainDraw等软件对大豆中的Sir2基因进行定位,绘制系统进化树,并对其蛋白的理化特性、组织表达特异性及发挥作用的功能结构域进行预测和分析。结果表明:大豆SRT1和SRT2基因均含2个拷贝,SRT1基因分别位于18号和8号染色体,SRT2基因分别位于4号和6号染色体;SRT1与SRT2蛋白理化性质相近,均为稳定的碱性疏水性蛋白,不含信号肽,均含有Pfam:SIR2结构域,而位于18号染色体的SRT2蛋白含有2个Pfam:SIR2结构域,表明该蛋白的活性可能更高;SRT1仅在胚中表达,而SRT2不仅在胚中表达,还表达于花、下胚轴、叶、根和茎中,表明SRT2在大豆体内的表达更广泛;系统进化树显示,大豆SRT1和SRT2蛋白与菜豆亲缘关系最近,而在双子叶植物中与番茄关系最远。
- 方淑梅冯乃杰梁喜龙
- 关键词：大豆去乙酰化酶SIR2SRT生物信息学
- 植物DNA甲基化与逆境响应被引量：2
- 2012年
- 在逆境胁迫下,植物会根据自身需要调节信号传导途径,从而上调(启动)或下调(关闭)基因表达以确保自身的适应性生长及发育。近年研究显示,植物DNA甲基化变异在响应逆境胁迫过程中发挥着重要作用,生物逆境和非生物逆境都可使植物的甲基化状态发生调控性改变,从而使植物在一定程度上适应和抵抗逆境伤害。本文对植物DNA甲基化及逆境胁迫下甲基化变异方面的研究进展作一综述。
- 梁喜龙方淑梅胡瑞学
- 关键词：DNA植物DNA甲基化逆境胁迫
- 大豆DNA去甲基化酶ROS1的生物信息学分析被引量：2
- 2014年
- 利用NCBI、Phytozome、ExPASy等网站及其数据库,初步确定了大豆DNA去甲基化酶ROS1的蛋白及基因序列、基因拷贝数、理化特性等,并进一步预测分析了二级结构及结构域,同时结合Clustal X2.0和MEGA4.0等软件进行多重序列比对和分子系统进化关系研究。结果显示,大豆ROS1包括6个拷贝,ROS1各拷贝的分子量相近,等电点酸性,具有相似的潜在磷酸化位点,属于不稳定的疏水性蛋白,都位于细胞核内,且不含信号序列。α螺旋是主要的二级结构,均含有DNA_glycosylase,HhH-GPD_domain和HTH_base_excis_C三个结构域。
- 梁喜龙李国兰崔洪秋鞠世杰洪艳华方淑梅郑殿峰
- 关键词：大豆生物信息学分析
- 稻瘟病菌重金属抗性蛋白的生物信息学分析被引量：3
- 2015年
- 稻瘟病菌重金属抗性蛋白是稻瘟病菌在进化过程中产生的分泌型抗性蛋白,其可能对该病原菌在高浓度重金属环境中的生长、繁殖及生活史完成具有重要作用。为了明确稻瘟病菌重金属抗性蛋白的生物信息学特性,本研究利用多种生物信息学网站与软件对获得的3种重金属抗性蛋白的理化性质、结构域、三级结构、亚细胞定位等进行分析,并构建了系统进化树,同时预测了蛋白的组织表达特异性。该研究结果可为从遗传学方面深入了解重金属抗性蛋白在稻瘟病菌生长发育、繁殖和致病过程中的真正功能奠定基础。
- 方淑梅王伟杜冲晓赵东磊李超梁喜龙
- 关键词：生物信息学稻瘟病菌理化特性
