甘肃省科技支撑计划(090NKCA094)
- 作品数：6 被引量：24H指数：3
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- 基于高分辨率熔解分析的基因分型新技术被引量：3
- 2011年
- 目的 综述基于高分辨熔解分析（HRM）的基因分型新技术.方法 介绍无标记探针、弹回引物、隐蔽探针、温度开关PCR、等位基因特异延伸PCR和低变性温度下共扩增PCR等技术的基本原理并评价其适用性.结果 这些新技术不仅避免了产物污染,提高了HRM基因分型的准确性和敏感度,而且拓展了HRM的应用范围.结论 基于HRM的基因分型新技术有望成为临床分子诊断的新方法.
- 李菲菲尤崇革
- 基于华法林药物基因组学的临床用药模型建立被引量：5
- 2012年
- 目的探讨CYP2C9、CYP4F2和VKORC1基因多态性对中国汉族人群中华法林稳定剂量的影响,评价华法林用药遗传背景,为临床个体化用药奠定基础。方法采用PCR-HRM法对181例接受华法林治疗并达到稳定剂量的中国汉族患者检测CYP2C9*2、CYP2C9*3、CYP4F2 V433M和VKORC1 1173C/T四个SNP位点的多态性。基因分型数据结合临床资料(性别、年龄和华法林剂量等)进行统计学分析并建立数学模型。结果 20岁以下年龄组与70岁以上年龄组间华法林剂量有统计学差异(P=0.041),且随着年龄的增长,华法林剂量有降低趋势;CYP2C9*3基因型CA(杂合突变型)华法林日平均剂量(1.93mg)比AA(野生型)日平均剂量(2.96mg)低1mg(P=0.001);VKORC1 1173C/T基因型CT(杂合突变型)华法林日平均剂量(3.34mg)比TT(野生型)日平均剂量(2.77mg)高0.57mg(P=0.002);CYP4F2 V433M基因型TT(纯合突变型)华法林日平均剂量(3.52mg)比CT(杂合突变型)高0.68mg(P=0.021),比CC(野生型)高0.72mg(P=0.026)。结论华法林剂量受CYP2C9、CYP4F2、VKORC1基因多态性和年龄的影响,临床用药前进行CYP2C9、CYP4F2、VKORC1基因多态性检测有助于华法林抗凝治疗用药剂量的评估。
- 王芳芳郭心灵李菲菲郜莉娜尤崇革
- 关键词：华法林CYP2C9CYP4F2VKORC1
- 高分辨熔解技术检测类风湿关节炎患者IL-1β和IL-1Ra基因多态性
- 2012年
- 目的探讨IL-1β和IL-1Ra基因多态性与类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)易感性及其血清学指标的关系。方法应用高分辨率熔解(high resolution melting,HRM)技术对452例RA患者和360例对照进行IL-1β和IL-1Ra基因多态性的病例-对照研究,并分析IL-1β和IL-1Ra基因多态性与血清学指标的相关性。等位基因频率比较采用SPSS软件,单倍型构建采用在线SHEsis软件。结果成功建立了IL-1B-511、-31、+3954和IL-1RN(rs4251961)4个位点的PCR-HRM检测方法。结果显示在女性中,IL-1B+3954位点等位基因频率在病例组和对照组之间存在有统计学差异(χ2=5.0,P=0.03),IL-1B-31位点等位基因频率和单倍型IL-1B-511*T/IL-1B-31*C/IL-1B+3954*C/IL-1RN*T(TCCT)在抗-MCV阳性组和阴性组之间存在统计学差异(χ2=5.0,P=0.02;χ2=5.3,P=0.02),单倍型IL-1B-511*T/IL-1B-31*C/IL-1B+3954*C/IL-1RN*C(TCCC)在RF、抗CCP和抗MCV 3个指标均为阳性和3指标非全阳性的2组之间存在统计学差异(χ2=5.1,P=0.02)。结论 PCR-HRM技术是一种值得推广的常规化基因分型新方法。IL-1B+3954*C与女性RA易感性相关,IL-1B-31*C和单倍型TCCT与女性抗MCV阳性相关,单倍型TCCC与女性血清学指标全阳性相关。
- 李菲菲尤崇革王丽萍呼志斌马克君周雅丽施鑫鹤郜莉娜
- 关键词：白细胞介素-1Β白细胞介素-1受体拮抗剂类风湿关节炎基因多态性
- 高分辨率熔解曲线技术常用的仪器和荧光染料被引量：6
- 2012年
- 高分辨率熔解曲线技术(HRM)是近年来发展迅速的一项用于基因突变扫描与检测的新技术。由于具备快速、简便、价廉、高通量和闭管均相检测等优点,HRM已被广泛地应用于突变基因的扫描、基因分型、遗传配型以及法医学鉴定等领域,并受到越来越多的关注且发展迅速。本文就该技术常规应用时的相关仪器与荧光染料的发展及应用进行分析总结。
- 郭心灵尤崇革
- 关键词：聚合酶链反应荧光染料
- 基于高分辨熔解技术进行单核苷酸多态性基因分型的方法学评价被引量：8
- 2012年
- 目的评价高分辨熔解(HRM)技术进行单核苷酸多态性(SNP)基因分型的检验性能。方法以SNP位点rs1205C>T和rs4353A>G为例,采用盲法对361例已分型确认样本进行PCR-HRM检测评价其特异性和灵敏度;通过重复试验评价其重复性和再现性。稳健性评价主要考察DNA模板量和扩增循环数对PCR-HRM检测的影响。结果 PCR-HRM法检测361例标本的rs1205C>T和rs4353A>G两个SNP位点,结果除5例样本的熔解曲线发生飘移接受复查外,其余标本均一次直接基因分型;所有标本的最终分型结果完全正确即灵敏度和特异性达到100%。两个位点的10次批内和3次批间重复试验均显示PCR-HRM法的重复性和再现性良好。rs1205C>T和rs4353A>G的野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数分别为0.7%与0.8%和0.6%与0.5%;统计学分析显示每个位点的两种纯合型样本Tm值之间均存在显著性差异(P<0.001),即可明确区分不同纯合基因型。DNA模板量的变化(10ng、20ng、50ng和100ng)和扩增循环数的波动(38、40和42次)均对PCR-HRM法正确基因分型影响不大。结论基于小片段扩增子对rs1205C>T和rs4353A>G两个SNP位点进行常规化PCR-HRM法基因分型在方法学上是可靠的,值得推广;同时这一评估模式也适于其他分子诊断方法的评价。
- 尤崇革李玉民马克君施鑫鹤郜莉娜李菲菲
- 关键词：基因分型单核苷酸多态性
- 白细胞介素-1β基因单倍型与类风湿关节炎易感性被引量：3
- 2010年
- 目的 IL-1B的单核苷酸多态性位点-511和+3954以及IL-1RN的可变数目重复序列多态性组成的单倍型与类风湿关节炎(RA)易感性的关联分析。方法采用聚合酶链式反应-限制性片断长度多态性的基因多态性分析方法对来自西北地区的汉族240例RA患者和227名相配的健康人进行基因多态性检测,并应用SHEsis软件对其单倍型进行分析。结果 RA患者的单倍型IL-1B-511C/+3954C/IL-1RN*1和IL-1B-511C/+3954T/IL-1RN*1以及IL-1B-511T/+3954T/IL-1RN*1与对照组相比较有统计学意义(P=0.017、0.030、0.029;OR=0.721、2.111、2.909;95%CI=0.551～0.944、1.060～4.204、1.066～7.902)。对研究对象按性别分层分析发现RA患者的单倍型IL-1B-511C/+3954T/IL-1RN*1与对照组的显著差异主要存在于女性研究对象;单倍型IL-1B-511T/+3 954C/IL-1RN*2在女性研究对象中呈显著性差异(P=0.004,OR=2.932,95%CI=1.375～6.251)。男性只有单倍型IL-1B-511T/+3954T/IL-1RN*1被观察到与对照组有显著性差异(P=0.030,OR=1173.4,95%CI=65.84～20914),而且患病风险较女性高(P=0.016,OR=6.019,95%CI=1.145～31.65)。结论单倍型IL-1B-511C/+3954T/IL-1RN*1、IL-1B-511T/+3954T/IL-1RN*1和IL-1B-511T/+3954C/IL-1RN*2是女性RA发病的高危因子;对单倍型IL-1B-511T/+3 954T/IL-1RN*1而言,男性携带者较女性携带者更易患病。性别分层分析也揭示IL-1基因多态性与RA易感性之间存在性别差异。
- 尤崇革王轶谢小冬李建峰
- 关键词：类风湿关节炎单倍型易感性
