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北京市自然科学基金(5072002)

作品数:20 被引量:54H指数:5
相关作者:王存新陈慰祖刘斌何红秋胡建平更多>>
相关机构:北京工业大学乐山师范学院燕山大学更多>>
发文基金:北京市自然科学基金国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域:生物学医药卫生理学更多>>

文献类型

  • 19篇中文期刊文章

领域

  • 10篇生物学
  • 8篇医药卫生
  • 4篇理学

主题

  • 10篇整合酶
  • 8篇HIV-1
  • 8篇HIV-1整...
  • 5篇动力学
  • 5篇分子对接
  • 4篇动力学模拟
  • 4篇分子
  • 4篇分子动力学
  • 4篇分子动力学模...
  • 4篇病毒
  • 3篇药物
  • 3篇抑制剂
  • 3篇制剂
  • 3篇活性
  • 2篇药物分子设计
  • 2篇英文
  • 2篇突变
  • 2篇相对熵
  • 2篇DNA
  • 2篇病毒DNA

机构

  • 17篇北京工业大学
  • 3篇乐山师范学院
  • 1篇燕山大学

作者

  • 17篇王存新
  • 16篇陈慰祖
  • 7篇何红秋
  • 7篇刘斌
  • 5篇胡建平
  • 4篇常珊
  • 3篇柯国涛
  • 3篇张小轶
  • 3篇谭建军
  • 3篇程绍辉
  • 3篇刘明
  • 2篇齐立省
  • 2篇苏计国
  • 1篇孔韧
  • 1篇李春华
  • 1篇杨东
  • 1篇李平
  • 1篇刘畅
  • 1篇丛肖静
  • 1篇孙庭广

传媒

  • 3篇生物化学与生...
  • 3篇中国生物工程...
  • 2篇中国科学(C...
  • 2篇物理化学学报
  • 2篇生物物理学报
  • 1篇高等学校化学...
  • 1篇中国科学(B...
  • 1篇光散射学报
  • 1篇计算物理
  • 1篇中国科学(G...
  • 1篇Scienc...
  • 1篇Scienc...

年份

  • 1篇2012
  • 4篇2010
  • 7篇2009
  • 6篇2008
  • 1篇2007
20 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
病毒末端DNA与不同长度HIV-1整合酶四聚体的对接研究(英文)被引量:3
2010年
整合酶(integrase,IN)是HIV病毒复制周期中的一个重要酶,一般认为,IN是以四聚体形式发挥其生物活性。本文用DOT软件包研究了IN四聚体与8个不同长度病毒末端DNA的结合模式,以及病毒DNA长度对二者识别的影响。结果表明,IN有3个DNA结合区域,其中两个是病毒DNA结合区域,另外一个是宿主DNA结合区域。模拟结果与实验数据吻合较好,本研究为基于整合酶结构的药物研发及整合酶整合机理的研究提供了良好的基础。
柯国涛李平胡建平谭建军陈慰祖王存新
关键词:分子对接HIV-1整合酶DNA
HIV-1整合酶与抑制剂LCA的结合模式及抗药性研究被引量:5
2007年
Ⅰ型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)整合酶(integrase,IN)是病毒生命周期中一个重要的酶,也是研究抗HIV新药的一个重要靶点.运用多构象分子对接和分子动力学(molecular dynamics,MD)模拟,研究了野生型整合酶核心区及G140S点突变的突变态整合酶核心区与抑制剂L-菊苣酸(L-chicoric acid,LCA)的结合模式,并基于该结合模式探讨了G140S突变态整合酶对抑制剂LCA的抗药性.结果表明:LCA结合到G140S突变态整合酶核心区中的位置与结合到野生型整合酶核心区的位置不同,结合位置的差异导致LCA抑制作用的部分丧失;IN功能Loop区的柔性以及Mg2+离子与三个关键残基D64,D116和E152之间的相互作用有助于IN发挥生物学功能;G140S突变态整合酶核心区中的E152与LCA的排斥作用、K159与LCA结合能力的变弱以及Y143指向IN的口袋区是产生抗药性的重要原因.这些模拟结果与实验结果吻合,可为基于IN的抗HIV药物分子设计提供一些有用信息.
胡建平常珊陈慰祖王存新
关键词:分子对接药物分子设计
用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式被引量:9
2008年
用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.
胡建平柯国涛常珊陈慰祖王存新
关键词:HIV-1整合酶病毒DNA分子对接药物分子设计
分子信标方法研究HIV-1整合酶3'加工反应动力学被引量:1
2012年
HIV-1整合酶催化病毒cDNA与宿主细胞基因组DNA的整合,是病毒在宿主细胞中增殖的一个关键酶。3'加工是整合酶催化整合过程的第一步反应,3'加工反应动力学的研究对整合酶催化机理研究和以整合酶为靶点的药物研发都具有重要意义。构建了野生型HIV-1整合酶重组质粒,在大肠杆菌BL21中诱导表达,通过对包涵体变性、复性,纯化得到了整合酶蛋白。基于分子信标原理,设计了荧光和淬灭基团标记的DNA底物,通过荧光信号实时监测3'加工反应,对酶反应的动力学性质进行研究。结果表明,纯化的整合酶蛋白具有较高的活性,酶反应表现出显著的Mg2+偏好性。酶动力学研究(Km=131.79 nmol/L,Kcat=0.0042 min-1)表明,该分子信标方法和设计的DNA底物可用于整合酶3'加工反应动力学研究以及酶反应性质的研究。
何红秋刘斌陈慰祖王存新
关键词:HIV-1
Development of a high-throughput assay for the HIV-1 integrase disintegration reaction被引量:7
2010年
Both HIV-1 integrase (IN) and the central catalytic domain of IN (IN-CCD) catalyze the disintegration reaction in vitro.In this study,IN and IN-CCD proteins were expressed and purified,and a high-throughput format enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was developed for the disintegration reaction.IN exhibited a marked preference for Mn2+ over Mg2+ as the divalent cation cofactor in disintegration.Baicalein,a known IN inhibitor,was found to be an IN-CCD inhibitor.The assay is sensitive and specific for the study of disintegration reaction as well as for the in vitro identification of antiviral drugs targeting IN,especially targeting IN-CCD.
HE HongQiu,LIU Bin,ZHANG XiaoYi,CHEN WeiZu & WANG CunXin College of Life Science and Bioengineering,Beijing University of Technology,Beijing 100124,China
关键词:HIV-1INTEGRASEDISINTEGRATIONHIGH-THROUGHPUTASSAY
HIV-1跨膜蛋白gp41螺旋结构的原核表达及功能研究被引量:2
2008年
HIV-1跨膜蛋白gp41是HIV-1包膜与靶细胞膜的融合过程中的关键蛋白,是理想的HIV-1融合抑制剂靶点。为开展以gp41为靶点的抑制剂筛选,以HIV-1B亚型病毒基因为模板,通过PCR、酶切、连接等方法构建得到gp415-helix与6-helix重组质粒,转入大肠杆菌BL21(DE3)进行表达,经变性和复性后亲和层析纯化蛋白。经SDS-PAGE鉴定,纯化后蛋白纯度较高。通过非变性凝胶电泳证明gp415-helix与C-多肽衍生物T-20存在相互作用,为下一步药物筛选模型的建立奠定了基础。
刘斌何红秋程绍辉陈慰祖王存新
关键词:GP41纯化
计算机辅助设计抗HIV-1整合酶抑制剂的研究进展被引量:4
2010年
HIV-1整合酶是HIV-1生命周期中必不可少的酶之一,已成为目前最具潜力的抗HIV药物设计的靶点之一。2007年,Merk公司研发的MK-5108作为首个整合酶抑制剂药物被美国食品药物管理局批准上市,标志着整合酶抑制剂研究的重大突破,也激发了抗HIV-1整合酶抑制剂研究的新一轮高潮。计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)具有效率高、成本低等特点,基于计算机辅助手段合理药物设计已取得了很大的进展。文章综述了近几年来计算机辅助设计抗HIV整合酶抑制剂及耐药机理方面的研究进展。
刘畅谭建军刘明张小轶陈慰祖王存新
关键词:HIV-1整合酶抑制剂合理药物设计
基于相对熵的蛋白质折叠研究方法的改进
2009年
在本课题组以前的工作中,通过优化相对熵函数来预测蛋白质主链的三维结构取得了较好的结果.但是在该方法中接触势的系综平均值采用了一个估计值,为了使基于相对熵的蛋白质结构预测方法在理论上更加完善,该文基于统计热力学微扰理论,提出了一种新的接触势系综平均值的计算方法.选取12个蛋白质对该方法进行了测试,预测结构相对于天然结构的均方根偏差(RMSD)在0.40~0.60nm之间.与接触势的系综平均值采用估计值的方法相比,平均预测精度提高了0.04nm.
齐立省苏计国陈慰祖王存新
关键词:蛋白质折叠相对熵
用荧光方法检测HIV-1整合酶的体外活性被引量:2
2009年
HIV-1整合酶是抗艾滋病药物研究的一个重要靶点。整合酶催化两步反应使病毒cDNA整合到宿主细胞基因组中,该反应过程可以在体外利用重组蛋白和DNA底物实现。本研究构建了HIV-1整合酶表达载体,在大肠杆菌中诱导表达,亲和纯化得到重组整合酶蛋白,利用荧光染料标记DNA底物分子和荧光标记抗体,通过荧光信号检测整合酶对DNA的切割和连接两步反应,达到检测整合酶体外活性的效果。该方法具有灵敏度高、特异性好等优点,便于开展以整合酶为靶点的药物筛选等工作。
何红秋程绍辉刘斌陈慰祖王存新
关键词:HIV-1整合酶荧光活性检测
磁珠分离DNA技术检测HIV-1逆转录酶基因耐药性突变被引量:1
2008年
HIV-1逆转录酶基因突变导致的耐药性严重影响了药物对病人的治疗效果,耐药性突变的检测对于指导合理用药具有重要意义。发展了一种检测HIV-1逆转录酶基因耐药性突变的新方法,在两步MS-PCR方法的基础上,引入磁珠分离DNA技术并结合酶联免疫吸附检测方法(ELISA)检测逆转录酶基因耐药性突变T215F和Y181C。结果显示:MS-PCR结合磁珠分离技术和ELISA具有较高的灵敏度和特异性,阳性/阴性比值(P/N值)达到要求,突变型模板检测限为5%左右,耗时短且能进行高通量检测。无论在HIV-1耐药性突变还是其它的点突变检测中,该方法都具有较好的临床应用前景。
程绍辉何红秋刘斌陈慰祖王存新
关键词:逆转录酶耐药性突变磁珠ELISA
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