国家科技重大专项(2012ZX100004209)
- 作品数：8 被引量：45H指数：5
- 相关作者：姚文清毛玲玲张旭孙英伟张振更多>>
- 相关机构：辽宁省疾病预防控制中心天津市疾病预防控制中心锦州市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 2017年锦州市输入性病例疟原虫18S rDNA 基因种类鉴定及序列分析被引量：1
- 2019年
- 目的研究锦州市输入性病例疟原虫18S rDNA的基因差异和种系发育。方法收集2017年2例输入性疟疾患者血样,提取血样中的疟原虫DNA,采用巢式PCR对其18S rDNA基因进行扩增、测序分析,并与GenBank中疟原虫相应序列进行比较分析,利用邻接法(neighbor joining,NJ)构建系统进化树。结果 2例患者PCR电泳结果获得片段均为205 bp,是恶性疟原虫感染。从系统进化树中显示,2个检测基因片段与恶性疟原虫形成一个分支,与GenBank中来自喀麦隆(KC428741、KC428742)、巴西(KC906718)和马来西亚(HQ283221)等7个分离株聚集在一起,具有很高的相似性(98.5%～99.0%),与来自印度(HM014353)的相似性较高(98.0%～98.5%),与其他间日疟原虫、三日虐原虫、卵型疟原虫、诺氏疟原虫基因序列相似性较低(36.4%～64.2%)。结论 2例输入性疟疾患者感染的疟原虫18S rDNA基因变异较小,基因型别较为稳定,均无明显种内差异。
- 张振王子江毛玲玲孙英伟王博蔡灵琰白梅张旭姚文清
- 关键词：疟原虫RDNA基因系统发生分析基因分型
- 辽宁省首次从急性弛缓性麻痹(AFP)病例分离的一株人腺病毒1型重组株的全基因组序列特征分析被引量：1
- 2021年
- 人腺病毒(Human mastadenoviruses,HAdV)是一种常见的病毒病原体,在儿科患者中普遍存在。本研究首次报道了2017年从辽宁省急性弛缓性麻痹(AFP)病例的粪便标本中分离到的一株人腺病毒1型重组株LN2017,并对其全基因组进行测序和分析。我们首先测定了LN2017的全基因组序列,并将其与从GenBank数据库中下载的来自8个国家的38个参考株一起,构建了基于全基因组、Hexon基因,Penton base基因,Fiber基因和E3基因的系统发育树,并用RDP4.97和SimPlot3.5.1软件进行了重组分析。结果显示,LN2017病毒为HAdV-C亚属,其Hexon,Penton base和Fiber基因与HAdV-1高度相似,但是其E3基因和HAdV-2、HAdV-6高度相似。重组分析显示毒株LN2017是一个重组病毒,在E3基因区域和HAdV-2发生了重组,重组区域位于28045-31042。本研究首次证实了LN2017与GenBank中的JX173080(埃及株E13)、MH183293(上海株SH2016)和MH121110(德国株43C1)具有相同的重组方式,在HAdV-1内构成一个独立的分支。未来,有必要对该分支人腺病毒1型重组株的致病性和临床特征进行进一步研究,并继续加强对HAdV的分子流行病学监测。
- 邵玉平王作虪任丽萍陈涛方兴任毅郝爽王文思姚文清
- 关键词：全基因组
- 2013~2018年辽宁省手足口病病原学监测及其分子特征分析被引量：17
- 2020年
- 辽宁省是手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的高发省份,自2013年开始病原构成发生了较大的变化。本研究对辽宁省2013~2018年手足口病的病原学监测进行分析,以了解辽宁省肠道病毒病原构成情况及其流行特点,为下一步的预防控制工作提供科学依据。2013~2018年辽宁省14个市累计送检手足口病临床病例阳性标本18 018份,标本的核酸检测由辽宁省各市完成,对其中3 669份手足口病例标本进行了病毒分离,分离到毒株1 003株,对分离到的阳性毒株进行VP1区基因扩增和序列测定,并进行分子特征分析。在送检的核酸阳性的标本中,肠道病毒71型(Enterovirous 71,EV71)的阳性标本构成比是18.95%,柯萨奇病毒A组16型(Coxsachievirus A16,CA16)阳性标本构成比是28.71%,其它肠道病毒阳性标本构成比是占52.34%。重症病例标本数345例,其中EV71占32.80%;CA16占8.07%;其他肠道病毒占59.13%。2013年以其他肠道病毒为主,占53.76%;2014以CA16为主,占39.05%;2015以其他肠道病毒为主,占62.04%;2016年以CA16为主,占62.00%;2017和2018年以其他肠道病毒为主,分别占51.05%和86.80%。分离到的毒株除EV71和CA16外,其他肠道病毒以CA10和CA6为优势株。对流行的优势病原的VP1区分析结果表明:C4a基因亚型EV71仍在辽宁省流行;CA16的流行以B1b基因亚型为主,B1a亚型的CA16流行株从2013~2014年逐渐消退,在2018年又开始有所回升;辽宁省流行的其他肠道病毒中,CA6和CA10是优势毒株,在不同的年份交替成为优势株。今后要加强其他肠道病毒的分型检测工作,了解其病原构成,提早预防。
- 于伟杜晓兰张倩雷露毛玲玲姚文清
- 关键词：病原学
- 儿童社区获得性肺炎病原学研究进展被引量：5
- 2013年
- 社区获得性肺炎(CAP)是儿童最常见的疾病,在我国是5岁以下小儿死亡的主要原因。常见病原包括细菌、病毒及非典型病原(支原体、衣原体、军团菌等)。肺炎链球菌是引起儿童CAP的最主要细菌病原,呼吸道合胞病毒是最常见病毒病原。儿童年龄越小病毒感染的可能性越大,住院时间越长细菌感染的比率随之增高,儿童CAP病原分布随国家、地区、时代不同而有很大差异。动态了解当地呼吸道感染的主要病原和各年龄组患儿感染病原的主要种类,既可以协助临床诊断和治疗,还对当地区疾病预防控制工作中采取针对性预防措施具有重要的指导意义。
- 李琳张颖
- 关键词：社区获得性肺炎儿童病原学
- 汉坦病毒在锦州市啮齿动物中的携带率及基因序列分析被引量：7
- 2018年
- 目的研究锦州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)的感染情况及基因分型。方法采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;阳性样品扩增汉坦病毒M片段并测序;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果2011—2013年在锦州市出血热疫区,对捕获的977只鼠进行HV抗原检测。共检出HV抗原阳性鼠肺样品43份,病毒携带率为4.40%。依据病毒分类及命名原则将43份样品分为7个毒株,每个毒株随机选取1份HV抗原阳性样品,对部分M片段进行扩增并测定序列。分析表明7株病毒与汉城病毒(SEOV)有较高的相似性,为95.6%~100%,而与汉滩型病毒(HTNV)相似性仅为70.2%~71.4%,表明7份鼠肺均携带SEOV。结论锦州地区HV优势毒株为SEO型,其主要传染源是褐家鼠,系统进化树显示分离到7株SEO起源相同,均为S3亚型,并有明显的地区聚集性,变异较小,基因型别较为稳定。
- 张振毛玲玲孙英伟王子江刘学升张洁白梅张旭姚文清
- 关键词：汉坦病毒出血热带毒率系统发生分析
- 辽宁省重大传染病症候群病原谱监测及防控关键技术应用
- 2019年
- 本项目为国家科技重大专项传染病防控能力建设的重要组成部分,旨在通过建立覆盖东北地区的传染病病原学监测、检测、分析网络,提高对突发和新发不明原因传染病的监测、病因快速识别、阐明及预警能力,形成流行病学、临床和实验室相整合的传染病监测新模式。
- 无赵卓姚文清毛玲玲于伟刘芸王子江李文君邓宝成孙英伟
- 关键词：重大传染病防控能力病原谱症候群
- 天津市致病毒性脑炎柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析被引量：6
- 2021年
- 肠道病毒是我国病毒性脑炎(Viral encephalitis,VE)的主要病原体。本文研究对4株引起VE的天津柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)分离株进行Illumina MiniSeq高通量测序,并对其全基因组特征、进化及重组特点进行分析。结果提示,4株CV-B5天津分离株的全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.5%~100.0%和98.1%~100.0%,与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为83.2%~96.5%,氨基酸序列同源性为96.4%~99.4%。基于全基因组的系统进化分析将CV-B5流行株分为A-D四个基因型,其中天津与国内流行株均属于C基因型。C基因型进一步分为3个进化分支,而天津分离株处在两个不同的分支上。基于基因组各区段序列的系统进化与SimPlot重组分析结果显示,天津分离株15-39N、15-41N与埃可病毒30型(Echovirus 30,E-30)原型株在P3区3B、3C、3D区域均检测到重组信号。本研究有助于了解CV-B5的全基因组特点和重组规律,为相关疾病的防控提供依据。
- 谭昭麟吕莉琨李力邹明骆晓燕李晓燕
- 关键词：系统进化分析
