江苏省高校自然科学研究项目(08KJB230002)
- 作品数：7 被引量：24H指数：3
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- 相关机构：盐城师范学院扬州大学更多>>
- 发文基金：江苏省高校自然科学研究项目国家自然科学基金江苏省“青蓝工程”基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 大额牛起源与系统地位的遗传学分析被引量：7
- 2009年
- 采用PCR直接测序法测定我国大额牛13个个体的线粒体Cyt b基因全序列,并引用其它牛种的序列资料共同构建分子系统树,以探讨大额牛的起源及其系统地位。结果表明,大额牛Cyt b基因全长1140 bp,在所有样本中共发现了95个变异位点,定义为5种单倍型。从母系起源的角度来看,我国大额牛种群存在明显的分化,它可能具有十分独特的起源。综合多层次的研究结果可以初步推测,大额牛与印度野牛有着十分密切的关系,它们在较早的世代具有共同的母系起源,并且有可能是现已灭绝的某种野生牛的后代。
- 王兰萍耿荣庆常洪冀德君李永红常春芳
- 关键词：大额牛
- 牛生长激素基因外显子5序列变异及其分子进化特征被引量：5
- 2009年
- 通过双向直接测序法测定中国5个牛种生长激素(GH)基因外显子5序列,并且在分析序列变异的基础上探讨GH基因外显子5序列的分子进化特征。序列分析表明,5个牛种GH基因外显子5的遗传变异水平较低,平均核苷酸变异率约为3.48%,而且绝大多数位点的核苷酸替换是同义突变,仅发现1个错义突变位点;从GH基因外显子5序列单倍型构建的分子进化树来看,水牛与普通牛、瘤牛、牦牛及大额牛的分化相对比较明显,其他4个牛种之间并无明显分化,还享有共同的祖先序列。研究结果也说明牛GH基因外显子5在进化过程中由于功能的约束表现相当保守,进化速率缓慢。
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- 关键词：生长激素基因分子进化
- 基于细胞色素b基因序列的中国牛亚科家畜系统发育关系被引量：4
- 2011年
- 【目的】探讨中国牛亚科家畜物种间的系统发育关系,为牛亚科家畜的系统演化历史提供分子证据。【方法】采用PCR产物直接双向测序法,获得普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽型亚洲水牛和河流型亚洲水牛共6个物种的线粒体DNA Cyt b基因全长序列,运用分子进化软件分析物种间的系统发育关系。【结果】6个牛种的Cyt b基因序列长度均为1 140 bp,没有观察到插入/缺失突变,共检测到220个变异位点,包含213个简约信息位点;Cyt b基因序列变异中转换数明显高于颠换数,转换数和颠换数的比值为5.2,突变没有达到饱和状态。由遗传距离可知,普通牛与瘤牛的亲缘关系最近,而它们与大额牛、牦牛、沼泽型亚洲水牛、河流型亚洲水牛的亲缘关系依次逐渐疏远。牛亚科家畜6个物种分布于4个主要的单系群分支,可划归为家牛属、牦牛属、准野牛属和水牛属;牛种间的分歧时间在0.775—6.43 MYA,亚洲水牛与其它牛种间的分歧时间最长,普通牛与瘤牛的分歧时间最短。大额牛和印度野牛的单系性都没有得到显现,大额牛和印度野牛在线粒体DNA水平上不能清晰地相互区分。【结论】中国牛亚科6个牛种划分为4个分支,分别对应于家牛属、牦牛属、准野牛属和水牛属,家牛属与准野牛属、牦牛属、水牛属的亲缘关系逐渐疏远;6个牛种间的进化分歧时间在0.775—6.43 MYA。大额牛与印度野牛的亲缘关系非常近,两者在较早的世代具有共同的母系起源;不支持大额牛是印度野牛的家养型或驯化种的观点,它们有可能都是现已灭绝的某种野生牛的后代。
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- 关键词：细胞色素B基因系统发育分歧时间
- 新疆巴州牦牛种群线粒体DNA遗传多样性及其系统发育分析被引量：3
- 2013年
- 研究测定新疆巴州牦牛种群线粒体DNA细胞色素b基因全长序列,在此基础上构建系统发育树,分析种群的遗传现状。结果表明,在17头巴州牦牛个体中检测到4种Cyt b基因单倍型,单倍型多样性为0.331,核苷酸多样性为0.00102;系统发育关系显示,巴州牦牛Cyt b基因单倍型明显有两个分支,一支与家牦牛单倍型聚在一起,另一支与新疆野牦牛单倍型聚在一起,表明巴州牦牛可能有2个母系起源。
- 王兰萍耿荣庆常洪冀德君李永红常春芳
- 关键词：野牦牛家牦牛线粒体DNA渐渗杂交
- 以牛亚科家畜线粒体细胞色素b基因全序列检验分子钟假说被引量：1
- 2011年
- 在测定牛亚科家畜6个物种线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列的基础上,以非参数检验法检验分子钟假说,提出肯定或否定分子钟假说的部分客观资料。结果表明,6个牛种的Cyt b基因全序列长度都是1 140bp,牛种间序列的碱基组成差异较小,碱基替代以转换为主,转换/颠换比为5.4。基于核苷酸序列和氨基酸相对速率检验结果表明,牛种内序列的进化全部接受分子钟假说;牛种间大多数序列的进化接受分子钟假说,少数序列的进化拒绝分子钟假说。与基于氨基酸序列的检验结果相比较,基于核苷酸序列的检验结果更易于拒绝分子钟假说。进而推论,接受或者拒绝分子钟假说与所检测物种之间亲缘关系的远近无明显的相关性,分子钟假说在一定的物种范围内是成立的;对于长期进化而言,既无核苷酸序列亦无氨基酸序列以绝对恒定的速率变化,分子钟不具有通用性。
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- 关键词：牛亚科细胞色素B基因分子钟
- 牛生长激素基因(bGH)编码区的遗传变异特征被引量：3
- 2009年
- 以普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽型水牛和河流型水牛的代表牛种为对象,探讨不同牛种(或亚种)GH基因编码区序列的遗传变异特征。结果表明,6个群体的GH基因编码区序列全长均为654 bp,共检测到16个SNP位点,外显子1无变异位点,外显子2、外显子3、外显子4和外显子5分别有3个、5个、1个和7个变异位点,表明外显子5是编码区的高变区域,而且SNP位点在不同牛种(或亚种)中的分布存在明显差异。16个核苷酸替代位点中有13个为同义突变,仅有3个非同义突变位点,分别位于第2外显子、第4外显子和第5外显子处,并造成其所编码的氨基酸发生改变。
- 耿荣庆王兰萍冀德君李永红常春芳常洪
- 关键词：GH基因编码区单核苷酸多态性
- 牛肌肉生长抑制素基因编码区全序列的分子进化特征被引量：2
- 2009年
- 运用PCR分段扩增测序法,获得普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、水牛（沼泽型和河流型）MSTN基因编码区全序列,进而分析编码区序列的分子进化特征。结果显示,牛MSTN基因编码区全序列长1128 bp,种内核苷酸突变率为0-0.35%,种间核苷酸突变率为0.08%-1.42%。MSTN基因编码区序列存在密码子使用偏好性,29个偏好性密码子约占密码子使用总数的49.2%。核苷酸的替代以转换为主,转换/颠换比为2.9。非同义突变位点远少于同义突变位点,同义与非同义替代速率比全部小于或等于1,表明MSTN基因编码区序列并未受到达尔文正向选择的影响,却受到一定的负向选择作用。分子进化树显示,水牛、瘤牛独自成类并与其他牛种显著分化;普通牛、牦牛、大额牛间的序列分化程度并不明显,但有可能在进化过程中逐步产生明显的分化。
- 王兰萍耿荣庆冀德君常洪常春芳李永红
- 关键词：牛种肌肉生长抑制素基因
