广州市科技计划项目(2006z1-10061)
- 作品数：5 被引量：8H指数：2
- 相关作者：马文丽郑文岭高静宇孙立哲孙汉顺更多>>
- 相关机构：华南基因组研究中心上海大学南方医科大学更多>>
- 发文基金：广州市科技计划项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学医药卫生更多>>
- HIV整合位点的生物信息学分析被引量：1
- 2010年
- 已有研究证明,HIV整合位点的选择,与宿主基因组功能和染色体结构特性之间存在着紧密的联系,但是具体的选择机制还不明确。使用聚类分析、特征提取、分类分析等生物信息学方法,对HIV整合位点序列进行分析和研究,挖掘HIV整合位点序列之间的关系,探索HIV整合位点的选择规律。通过实验和计算,从HIV整合位点集合中提取出了含有6个特征向量的向量集,该向量集与大部分整合位点的特征向量具有较高的相关性,从而提示了HIV整合位点选择中的规律性,即符合向量集的宿主DNA序列可为HIV的整合位点。研究结果为进一步揭示HIV整合位点的选择机制提供了可供参考的依据。
- 孙汉顺马文丽高静宇孙立哲郑文岭
- 关键词：HIV整合位点聚类分析特征提取
- HIV感染动力学模型概述被引量：2
- 2010年
- 自1981年美国首次发现艾滋病以来,艾滋病在世界范围内广泛传播,引起医学专家、生物学家、数学家和物理学家等的极大关注。近年来,HIV动力学模型成为HIV治疗领域的研究热点。HIV基本动力学模型的研究有助于实现对未来疾病发展状况的描述与预测,HIV感染控制模型的研究有助于改善HIV病毒患者的治疗方案,对控制模型的优化有利于发现对HIV患者的有效治疗策略。本文概述了几种基本的HIV感染动力学模型,分析比较了它们的性能差异和各自存在的优缺点,介绍了HIV控制模型及其优化控制模型的计算机Matlab/simulink模拟。
- 孙立哲马文丽孙汉顺高静宇郑文岭
- 关键词：HIV感染优化控制
- 生物信息学在毒理基因组学研究中的应用被引量：5
- 2010年
- 毒理基因组学主要在基因组水平上研究机体对环境因子的应答反应,了解基因和环境交互作用在疾病发生中的作用。生物信息学与毒理基因组学研究的结合为环境与健康研究开辟了新的方法。本文对毒理基因组学的研究手段、意义及面临的挑战,生物信息学在毒理基因组学研究中的作用以及存在的问题和展望进行了综述。
- 李宏王崇均
- 关键词：生物信息学毒理学基因组生物标志物
- 一种新的蛋白质结构字母序列优化算法
- 2010年
- 基于蛋白质结构字母的预测和分析方法,一个必然的步聚,是将目标蛋白质离散成结构字母序列。本文在对蛋白质结构字母序列空间,及其最小根均方偏差变化,穷举分析的基础上,提出了一种新的蛋白质结构字母序列优化算法,全局贪婪算法。全局贪婪算法避免了基本贪婪算法过度依赖候选集大小,计算量过大、以及过早收缩于局部最小等缺点。经实验分析,全局贪婪算法在性能上优于基本贪婪算法和局部最优方法。。
- 高静宇马文丽孙汉顺孙立哲郑文岭
- 氨基酸邻域对二级结构的影响程度研究
- 2012年
- 通过研究神经网络权值矩阵的算法,挖掘蛋白质二级结构与氨基酸序列间的内在规律,提高一级序列预测二级结构的准确度。神经网络方法在特征分类方面具有良好表现,经过学习训练后的神经元连接权值矩阵包含样本的内在特征和规律。研究使用神经网络权值矩阵打分预测;采用错位比对方法寻找敏感的氨基酸邻域;分析测试集在不同加窗长度下的共性表现。实验表明,在滑动窗口长度L=7时,预测性能变化显著;邻域位置P=4的氨基酸残基对预测性能有加强作用。该研究方法为基于局部序列特征的蛋白质二级结构预测提供了新的算法设计。
- 朱佳杰马文丽郑文岭
- 关键词：神经网络蛋白质二级结构
