国家科技重大专项(2008ZX100-03-004)
- 作品数：13 被引量：38H指数：4
- 相关作者：孔海深吴康乐姜如金翁幸鐾黄东标更多>>
- 相关机构：浙江大学医学院附属第一医院杭州市余杭区中医院宁波市第一医院更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项浙江省医药卫生科学研究基金杭州市卫生科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 慢性心力衰竭患者医院感染的临床分析被引量：14
- 2014年
- 目的探讨慢性心力衰竭住院患者发生医院感染的临床特征,以制定相应的干预对策。方法回顾性分析2008年1月-2012年12月医院577例慢性心力衰竭患者的临床资料。结果 577例慢性心力衰竭患者发生医院感染49例,感染率为8.49%;感染部位以呼吸道和泌尿道为主,分别占46.9%和28.6%;检出病原菌49株,以革兰阴性菌为主占77.5%,革兰阳性菌占18.4%,真菌占4.1%,前3位病原菌依次为铜绿假单胞菌、大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌,分别占28.6%、22.5%、18.4%;医院感染患者相关因素分析显示,年龄大、合并其他基础疾病、心功能不全和射血分数低、使用抑酸药物、低蛋白血症、预防应用抗菌药物、住院时间长、侵入性操作是医院感染的危险因素(P<0.05)。结论慢性心力衰竭患者医院感染的发生由多种因素导致,要针对患者医院感染的特点,采取针对性的预防措施和对策,有效地控制和降低医院感染的发生。
- 陈向东曹淑贞马军陈伟丽
- 关键词：慢性心力衰竭医院感染
- 多药耐药肺炎克雷伯菌毒力基因研究被引量：4
- 2015年
- 目的了解多药耐药肺炎克雷伯菌(MDRKP)中5种毒力基因存在情况,为临床治疗提供参考依据。方法收集2008年8月-2010年5月杭州市和湖州市6所医院共47株MDRKP,采用PCR及序列分析方法检测5种毒力基因(arr、magA、rmpA、hofA和ompT)。结果 47株MDRKP中检测到arr和magA两种毒力基因,检出率分别为29.8%和17.0%;6所医院A、B、C、D、E、F的MDRKP分离株中毒力基因arr的检出阳性率分别为26.7%、81.8%、0、14.3%、0、0,6所医院A、B、C、D、E、F的MDRKP分离株中毒力基因magA的检出阳性率分别为0、0、0、0、0、88.9%。结论 MDRKP中毒力基因arr和magA具有一定的携带率,在MDRKP中检出毒力基因arr和magA为国内首次报道。
- 姜如金朱健铭翁幸鐾吴康乐孔海深
- 关键词：肺炎克雷伯菌多药耐药毒力基因
- 耐药鲍曼不动杆菌耐药相关基因检测结果的样本聚类分析
- 2012年
- 了解一组2010年1月至12月收集于浙江某医院重症监护室（ICU）患者痰液标本中分离到的耐药鲍曼不动杆菌菌株间的亲缘关系。采用PCR方法，分析3种与耐药相关的看家基因（carO、gyrA、parC）和55种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖昔类、喹诺酮类耐药相关的基因以及12种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记，再对检测结果作样本聚类分析（Neighbour-Joining法）。
- 黄东标孔海深
- 关键词：耐药鲍曼不动杆菌耐药相关基因Β-内酰胺类重症监护室PCR方法
- 耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药基因与可移动遗传元件检测及指标聚类分析
- 2013年
- 目的调查一组耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药相关基因和可移动遗传元件的关系。方法收集2010年1月-2010年12月医院ICU患者痰液标本中分离的耐药鲍氏不动杆菌共20株,采用聚合酶链反应(PCR)方法检测获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记,插入序列与β-内酰胺酶基因(ISaba1与ADC、ISaba1与OXA-23),再对检测结果作指标聚类分析(UPGMA法)。结果 20株耐药鲍氏不动杆菌各种基因检测,其中β-内酰胺酶基因TEM和ADC,氨基糖苷类修饰酶基因aac(3)-Ⅰ、ant(3″)-Ⅰ,16SrRNA甲基化酶armA基因,抗菌制剂外排泵adeB、qacE△1基因,可移动遗传元件intⅠ1、tnpU、tnp513、IS26、ISaba1及连锁检测ISaba1-ADC基因20株均为阳性;β-内酰胺酶基因OXA-23群,氨基糖苷类修饰酶基因aac(6′)-Ⅰb、aph(3′)-Ⅰ及连锁检测ISaba1-OXA-23基因各有10株阳性,阳性率均为50.0%;亚胺培南、美罗培南耐药与敏感菌株各10株,耐药率和敏感率均为50.0%,对其他抗菌药物均耐药;指标聚类分析提示,获得性耐药基因TEM、qacE△1、armA、adeB、aac(3)-Ⅰ、ant(3″)-Ⅰ、ADC与可移动遗传元件IS26、ISaba1、tnpU、tnp513、intⅠ1高度相关,获得性耐药基因aac(6′)-Ⅰb、ant(3″)-Ⅰ、OXA-23与之也相关联,插入序列与β-内酰胺酶基因(ISaba1与ADC、ISa-ba1与OXA-23)连锁检测均呈阳性。结论该组耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药基因与可移动遗传元件一定的关联度,菌株携带的获得性耐药基因可能由可移动遗传元件介导,指标聚类分析显示的ISaba1与ADC-60,ISaba1与OXA-23相关联得到了测序验证。
- 申屠桥民黄东标陈江平孔海深
- 关键词：鲍氏不动杆菌氨基糖苷类可移动遗传元件指标聚类分析耐药
- 耐多药鲍曼不动杆菌耐药基因检测结果的样本聚类分析被引量：1
- 2013年
- 目的调查一组耐药鲍曼不动杆菌菌株间的亲缘关系。方法收集2010年1月至2010年12月浙江某医院ICU患者痰液标本中分离的耐药鲍曼不动杆菌共20株,采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析3种与耐药相关的看家基因(carO、gyrA、parC)和55种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因以及12种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记,再对检测结果作样本聚类分析。结果 20株耐药鲍曼不动杆菌共检出3种与耐药相关的看家基因carO、gyrA、parC,4种获得性β-内酰胺类耐药基因(TEM-1、ADC-30、ADC-60、OXA-23),5种获得性氨基糖苷类耐药基因[aac(3)-Ⅰ、aac(6')-Ⅰb、ant(3'')-Ⅰ、aph(3')-Ⅰ、armA],2种抗菌制剂外排泵基因(adeB、qacE△1),5种可移动遗传元件的遗传标记(intⅠ1、tnpU、tnp513、IS26、ISaba1)。样本聚类分析提示,20株耐药鲍曼不动杆菌可分为A与B二个簇,A簇群均为多耐药(MDR)株;A簇群又可分为A1(ADC-60阳性)与A2簇群(ADC-30阳性),均为克隆传播。B簇群均为泛耐药(PDR)株,除8号株外为克隆传播。结论 MDR和PDR菌株中均存在克隆传播。获得菌株之间的亲缘关系对院内感染实时监测和控制院内感染意义重大。
- 陈江平黄东标申屠桥民孔海深
- 关键词：鲍曼不动杆菌Β-内酰胺类氨基糖苷类可移动遗传元件耐药
- 耐药肺炎克雷伯菌JM45株氨基糖苷类药物耐药比较基因组学分析被引量：2
- 2013年
- 目的了解1株多耐药肺炎克雷伯菌JM45株对氨基糖苷类药物耐药的遗传学背景。方法采用罗氏454高通量测序技术对肺炎克雷伯菌JM45株做全基因组测序（完成图），再分析氨基糖苷类修饰酶基因、16S核糖体RNA（rRNA）甲基化酶基因检测状况，并和其他已经完成全基因组测序的革兰阴性菌作比较基因组学分析。结果最终得到肺炎克雷伯菌JM45株1条完整的基因组（染色体）序列及2条质粒序列。基因组（染色体）序列为5273812bp（GC含量65．8％），质粒1序列为317156bp（GC含量53．0％），质粒2序列为12209bp（GC含量55．3％）。在质粒1中发现了氨基糖苷类腺苷转移酶基因aadA2（KPN_5186）和16SrRNA甲基化酶基因rmtB（KPN_5243）。由全基因组洲序可见aadA2基因位于整合子中，排序为intIA-DfrA12aadA2-OFf3／qacE；rmtB基因位于转座子中，排序为tnpA-TEM-1-rmtB。结论携带aadA2和rmtB基因是JM45株耐氨基糖苷类药物的丰要原因。
- 朱健铭姜如金吴晋兰吴康乐张烽翁幸鐾孔海深张嵘
- 关键词：基因组学氨基糖苷类
- 从耐药产气肠杆菌中首次发现DNA旋转酶A亚单位基因gyrA新的变异型被引量：4
- 2013年
- 目的全面了解2株耐药产气肠杆菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类的耐药机制。方法 2株耐药产气肠杆菌:zjm001株和zjm002株,分离自2012年3月一家三级甲等医院住院患者送检的血液标本,做gyrA和parC基因扩增、测序、GenBank比对确认菌种,再用PCR法分析39种β-内酰胺类药物获得性耐药基因、14种氨基糖苷类药物获得性耐药基因、7种喹诺酮类耐药相关基因、11种可移动遗传元件标记。结果 zjm001株的β-内酰胺类耐药基因检出CTX-M-3,氨基糖苷类耐药基因检出ant(3″)-Ⅰ,喹诺酮类耐药基因检出gyrA突变,可移动遗传元件检出intⅠ1、ISEcp1、IS26、IS903;zjm002株的β-内酰胺类耐药基因检出ACT-1、CMY-2,喹诺酮类耐药基因检出gyrA突变。2株耐药产气肠杆菌的gyrA基因序列均为新变异型,GenBank登录号分别为:JX268598,JX273641。结论 2株耐药产气肠杆菌的耐药基因与耐药表型相符。在耐药产气肠杆菌中发现DNA旋转酶A亚单位基因gyrA新变异型是国内首次报道。
- 朱健铭姜如金吴康乐翁幸鐾孔海深
- 关键词：产气肠杆菌可移动遗传元件GYRA耐药
- 全基因测序法分析肺炎克雷伯菌JM45株对喹诺酮类药物耐药基因被引量：5
- 2014年
- 目的分析泛耐药肺炎克雷伯菌JM45株携带的喹诺酮类药物耐药基因,研究其对喹诺酮类药物的耐药机制。方法采用Roche454高通量测序技术对肺炎克雷伯菌JM45株做全基因组测序(完成图),分析喹诺酮类耐药基因携带状况,再将gyrA与parC全长基因与其他6株肺炎克雷伯菌做分子进化分析。结果最终得到JM45株一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列;基因组(染色体)序列大小为5 273 812bp(GC含量65.8%),质粒1序列大小为317 156bp(GC含量53.0%),质粒2序列大小为12 209bp(GC含量55.3%);在基因组(染色体)序列中携带了gyrA基因(全基因组Feature ID:KPN_1614),parC基因(Feature ID:KPN_0743);与肺炎克雷伯菌喹诺酮类药物敏感株相比较,gyrA基因第83位密码子由TCC→ATC,翻译成氨基酸序列后丝氨酸(Ser)→异亮氨酸(Ile),parC基因第80位密码子由AGC→ATC,翻译成氨基酸序列后丝氨酸(Ser)→异亮氨酸(Ile)。结论肺炎克雷伯菌JM45株喹诺酮类药物耐药是gyrA基因和parC基因喹诺酮耐药决定区(QRDR)突变所致;gyrA与parC全长基因的分子进化分析提示JM45株与肺炎克雷伯菌HS11286关系最为接近(序列相同),与肺炎克雷伯菌342关系最远。
- 朱健铭姜如金吴康乐翁幸鐾孔海深
- 关键词：肺炎克雷伯菌泛耐药全基因组测序
- 肺炎克雷伯菌JM45株全基因组测序分析被引量：2
- 2014年
- 目的 探讨泛耐药肺炎克雷伯菌JM45株β-内酰胺酶基因的携带情况.方法 肺炎克雷伯菌JM45株分离自2010年4月浙江大学医学院附属第二医院重症监护病房患者的血液样本.采用E-test法检测该菌株对26种抗菌药物的敏感性,用Cica-β-Test法检测β-內酰胺酶,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶表型,聚合酶链反应（PCR）、DNA测序以及BLAST比对等方法确定菌株耐药基因型,用Roche 454高通量测序技术对JM45株做全基因组测序（完成图）,全面分析β-内酰胺酶基因携带状况.结果 除多黏菌素B和替加环素外,肺炎克雷伯菌JM45株对包括头孢菌素类、碳青霉烯类在内的其他24种药物均耐药.Cica-β-Test法显示该菌株同时产多种β-内酰胺酶,改良Hodge试验阳性.常规PCR法检出TEM-1、SHV-11、CTX-M-24、VEB-3基因,但未检出碳青霉烯酶基因和金属酶基因.全基因组测序得到一条完整的基因组（染色体）序列（GenBank登录号：CP006656）及两条质粒序列（GenBank登录号：CP006657,CP006658）.在质粒1中发现了CTX-M-24（全基因组Locus tag：N559_5233）、TEM-1（全基因组Locus tag：N559_5242）和VEB-3（全基因组Locus tag：N559_5248）.CTX-M-24位于插入序列中,排序为IS903-CTX-M-24-ISEep1;TEM-1位于转座子中,排序为tnpA-TEM-1-rmtB;VEB-3位于转座子中,排序为VEB-3-tnpA.在基因组（染色体）中发现了SHV-11（全基因组Locus tag：N559_2715）,并发现4种推导的β-内酰胺酶基因或β-内酰胺酶结构域序列,分别为：（1）金属β-内酰胺酶结构域蛋白序列（全基因组Locus tag：N559_0119,长度为780 bp）;（2）推导的β-内酰胺酶序列（全基因组Locus tag：N559_1633,长度为1 308 bp）;（3）β-内酰胺酶结构域蛋白序列（全基因组Locus tag：N559_2279,长度为813 bp）;（4）β-内酰胺酶结构域蛋白序列（全基因组Locus tag：N559_3769,长度为1 101 bp）.在SHV-11基因的相邻位置未发现插入序列或转座酶基�
- 朱健铭姜如金翁幸鐾吴康乐孔海深
- 关键词：全基因组关联研究Β内酰胺酶类碳青霉烯酶
- 7株肺炎克雷伯菌9种看家基因分子进化分析、多位点序列分型与基因组系统学研究初步报道被引量：1
- 2013年
- 我们对β-1株内酰胺类、氨基糖苷类与喹诺酮类药物均耐药的肺炎克雷伯菌（JM45株）进行了全基因组测序（完成图）。美国国立生物信息中心NCBI已收录了6株肺炎克雷伯菌的全基因组序列（截止日2012年10月20日）。
- 朱健铭姜如金吴康乐吴晋兰张烽翁幸鐾孔海深张嵘
- 关键词：肺炎克雷伯菌多位点序列分型分子进化系统学全基因组序列
