国家自然科学基金(30730033)
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 相关作者：王侃侃张济涂序辉石建涛金雯更多>>
- 相关机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 基于数据分析探索APL中内含子microRNA与PML-RARα组成的调控环路被引量：1
- 2012年
- 目的:探索急性早幼粒细胞白血病(acute promyelocytic leukemia,APL)中microRNA、PML-RARα与下游靶基因组成的调控模式。方法:应用基于染色质的免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation on chip,ChIP-on-chip)技术并结合数据分析方法对miRNA和PML-RARα与下游靶基因形成的调控环路进行研究。结果:在PML-RARα所调节的基因中,相当一部分同时也在转录后被PML-RARα潜在调节的miRNAs所调节,从而组成特定的调控环路。对于不同的内含子miRNAs,类型I的调控环路模式在白血病细胞分化过程中更为普遍存在。结论:APL中microRNA与PML-RARα通过特定的调控环路调控下游靶基因的表达。
- 涂序辉王侃侃张济
- 关键词：MIRNA调控网络
- 白血病AML1-ETO融合蛋白转录结合位点在基因组水平的分布规律被引量：1
- 2010年
- 本研究探讨白血病t(8;21)染色体易位形成的融合癌蛋白AML1-ETO在2、9、19号3条染色体上基因组水平的结合位点分布,从而探索其在白血病发生发展过程中异常的转录调控模式,为靶向治疗药物研发以及临床治疗方案优化提供理论基础。应用染色质免疫沉淀技术与高通量的基因芯片相结合的ChIP-on-chip技术,使用覆盖上述3条染色体上所有基因组信息的瓦式基因芯片,在具有t(8;21)染色体易位的Kasumi细胞株上展开研究。实验分为抗ETO特异抗体组和随机打断基因组DNA对照组。通过MAT方法分析ETO抗体组相对于对照组的富集片段;应用CEAS分析工具分析富集片段在基因组上的分布特征,并进一步通过功能富集分析方法挖掘其中潜藏的生物学意义。结果表明:ETO抗体组在2、9、19号染色体上共得到富集片段588条,这些片段在基因组的定位分布特征如下:5.96%位于基因启动子区域,5.49%位于基因外显子区域,48.86%位于增强子区域,37.35%位于基因内含子区域,1.27%位于即时下游区域,0.87%位于3'UTR,0.2%位于5'UTR。进一步功能富集分析结果显示:参与代谢调节、细胞增殖、信号传导等功能的模块在AML1-ETO的潜在靶基因中富集。结论:AML1-ETO融合蛋白在基因组上的结合位点过半分布在经典转录因子结合区域(启动子、5'UTR和增强子),其余近半分布在非经典的区域,其下游调控的分子网络广泛涉及多种重要功能通路。
- 何苗苗石建涛朱雪华金雯王萍张济王侃侃
- 关键词：急性髓系白血病AML1-ETO
