中央高校基本科研业务费专项资金(GK201002044)
- 作品数：3 被引量：13H指数：2
- 相关作者：尤平陈涛史妍茹王佳贺怀亚更多>>
- 相关机构：陕西师范大学桂林理工大学西北大学更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 红尾副鳅线粒体基因组序列测定与分析被引量：1
- 2014年
- 采用长PCR和嵌套PCR相结合的方法测定并注释了红尾副鳅Paracobitis variegatus(Dabry de Thiersant,1874)线粒体基因组全序列.结果表明:红尾副鳅线粒体基因组全长16 571bp,A+T含量55.6%,基因构成及排列与其他硬骨鱼基本相同,包含37个基因和1个控制区(D-loop区).基因组结构紧密,除控制区外基因间仅存在63bp的间隔,33bp的重叠.13个蛋白质编码基因中,除了COI基因以GTG作为起始密码子,COII、COIII和Cyt b以不完整的T,ND4基因以不完整的TA作为终止密码子外,大都以典型的ATG作为起始密码子,以TAA或TAG作为终止密码子.22个tRNA基因的二级结构中,除了tRNASer(AGN)外,其余21个都可以折叠成典型的三叶草结构,tRNASer(AGN)缺失了DHU臂,在相应位置上只形成一个环.预测了rRNA的二级结构,其中12SrRNA包含43个茎环结构,16SrRNA包含6个结构域,53个茎环结构.控制区包含1个终止相关序列TAS1、3个中央保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-E)、2个保守序列区(CSB-2、CSB-3).
- 史妍茹邢连喜陈涛杨敏尤平
- 关键词：线粒体基因组控制区
- 棒花鱼(鲤形目,鲤科)全线粒体基因组测定与分析被引量：3
- 2013年
- 采用长聚合酶链式反应（L-PCR），以L-PCR扩增产物为模板，用30对短PCR引物进行2次PCR（Sub—PCR）扩增，测定并注释了棒花鱼全线粒体基因组。结果表明：棒花鱼线粒体基因组全长16597bp，A＋T含量55．7％，基因组成及排列顺序与其它硬骨鱼类一致，包括13个蛋白质编码基因，22个tR-NA基因，2个rRNA基因和1个控制区（D-100p）。L链编码1个蛋白质编码基因（ND6）和8个tRNA基因（tRNA—Gin，tRNA·Ala，tRNA-Cys．tRNA-Asn，tRNA．Tyr，tRNA-Ser，tRNA-Glu，tRNA-Pro），其余基因由H链编码。棒花鱼线粒体基因排列紧密，基因间隔12处60bp，间隔长度1—31bp不等；基因重叠区7处24bp，重叠区碱基覆盖数在1—7bp之间。13个蛋白质编码基因中，除COI的起始密码子为GTG外，其余均为ATG；8个蛋白质编码基因的3’端为完全终止密码子TAG（NDl、ND2、ND6）和n认（CoI、ATP8、ATP6、ND4L、ND5），其余5个基因均为不完全终止密码子TA（ND3、ND4）和T（COⅡ、COⅢ、Cyb）。除tRNA-Ser（AGY）基因外，其余21个tRNA基因二级结构均为典型的三叶草型。控制区（D．100p）位于tRNA-Pro和tRNA—Phe基因之间，长928bp，控制区有3个结构区：终止序列区（TASs），中央保守区（GSBs）和保守序列区（CSB-1、CSB·2、CSB-3）。
- 贺怀亚王佳尤平
- 关键词：线粒体基因组长PCR鲤科
- 麦穗鱼线粒体基因组序列测定及分析被引量：10
- 2012年
- 利用麦穗鱼Pseudorasbora parva和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出2对长批引物和30对短批引物,采用基于长PCR的2次PCR扩增法测定并注释麦穗鱼线粒体基因组全序列。结果表明,麦穗鱼线粒体基因组长16600bp,A+T含量为58.9%,37个基因位置及组成与其它硬骨鱼一致,均由13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA基因和1个控制区(D-loop)组成。其中L链仅含8个tRNA(Pro、T yr、Ser、Ala、Asn、Cys、Glu、Gln)及ND6基因,其余基因皆由H链编码。基因排列紧密,间隔序列共计13处64bp,长度从1～32bp不等;基因重叠区7处23bp,重叠碱基数在1～7bp之间。13个蛋白编码基因中,除COI起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子;有8个基因(ND1、ND2、COI、ATP6、ATP8、ND4L、ND5、ND6)3'端有完全的TAA或TAG终止密码子,其它5个基因终止密码子为不完整的TA(ND3和ND4)或T(COⅡ,COⅢ,Cyt b)。除tRNASer(AGY)外,其余21个tRNA基因的二级结构均为典型的三叶草结构。预测的lrRNA二级结构共有6个结构域,53个茎环结构,srRNA二级结构包含43个茎环结构。控制区(D-loop)存在3个结构区:终止序列区(TAS)、中央保守区(CSB-F、CSB-D)和保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),其中TAS与DNA复制终止相关,出现茎环结构。
- 陈涛史妍茹尤平
- 关键词：麦穗鱼线粒体基因组控制区
