浙江省公益性技术应用研究计划项目(2011C22007)
- 作品数：9 被引量：57H指数：5
- 相关作者：杨悦俭万红建袁伟刘云飞阮美颖更多>>
- 相关机构：浙江省农业科学院南京农业大学更多>>
- 发文基金：浙江省公益性技术应用研究计划项目国家自然科学基金浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 辣椒NBS-LRR类型抗病基因同源序列的克隆及分析被引量：5
- 2012年
- 为研究辣椒NBS-LRR类抗病基因的结构和功能特点,运用前人根据NBS-LRR类抗病基因保守结构域(P-Loop和GLPL)设计的简并引物,以辣椒PBC631B的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得17个具有完整开放阅读框的辣椒抗病基因同源序列(CaRGA01～CaRGA17)。多重序列比对显示这些序列都含有NBS-LRR类基因的6个保守结构域(P-loop、RNBS-A-nonTIR或RNBS-A-TIR、Kinase-2、RNBS-B、RNBS-C和GLPL)。与已知6个抗病基因(Gpa2、L6、M、N、Prf和RPM1)构建系统进化树,发现这17个序列被分为TIR-NBS-LRR和nonTIR-NBS-LRR2组,进一步划分为4个亚组(CaRGAⅠ～CaRGAⅣ)。其中,CaRGA01和CaRGA13分别与来自番茄Solanum lycop-ersicum抗细菌性斑点病基因Bs4和番茄Solanum sp.VFNT抗线虫基因Mi-1.4相似性最高,分别为90%和91%,推测这2个序列可能是相关抗病基因的一部分或与相关抗病基因属于同一家族。这些结果将为研究辣椒抗病相关基因提供理论依据。
- 赵敬万红建杨悦俭侯喜林
- 关键词：NBS-LRR抗病基因同源序列辣椒克隆
- 番茄查尔酮合成酶基因的鉴定及生物信息学分析被引量：15
- 2013年
- 类黄酮(Flavonoids)是植物体内一类重要的次生代谢产物,它以结合态(黄酮苷)或自由态(黄酮苷元)形式存在于水果、蔬菜、豆类和茶叶等许多植物中,对植物的生长发育有着重要的调节作用。查尔酮合成酶(Chalcone synthase,CHS,EC2.3.1.74)是植物类黄酮合成途径的第一个关键酶,在调控类黄酮的生物合成以及类黄酮的成分起着决定作用。本研究基于番茄全基因组测序数据,利用生物信息学方法,鉴定了查尔酮合成酶基因家族成员,分析其内含子-外显子的结构特征、系统发育关系,序列结构的保守性以及染色体上的分布。研究表明:查尔酮合成酶(SlCHS)是含有8个成员的多家族基因,蛋白质序列编码位于160(SlCHS05)～438(SlCHS08)个氨基酸之间;相似性在33.7%(SlCHS02和SlCHS06)～92.0%(SlCHS04和SlCHS07)之间,表明这些序列之间具有较高的遗传多样性;此外,结构分析发现这些基因均含有较少的内含子(0～2个);序列比对表明这些基因具有较高的保守性;它们不均匀分布在番茄的1、5、6、9和12号染色体上。该研究不仅有助于未来了解该基因家族的进化起源提供参考,而且可为我们进一步分析该基因家族成员的功能奠定基础。
- 阮美颖万红建叶青静王荣青姚祝平周国治俞锞袁伟刘云飞杨悦俭
- 关键词：番茄查尔酮合成酶生物信息学
- 类胡萝卜素及其在番茄果实生长发育中的变化被引量：3
- 2012年
- 综述植物中类胡萝卜素的生理作用、理化特性和合成途径,以及番茄果实中类胡萝卜素的研究进展。
- 刘云飞万红建袁伟俞锞杨悦俭
- 关键词：类胡萝卜素Β-胡萝卜素番茄果实发育基因工程
- 番茄WRKY转录因子in silico鉴定及表达分析被引量：6
- 2013年
- WRKY蛋白是植物中最大的转录因子家族之一,对植物的生长发育具有重要调控作用。本研究利用番茄全基因组测序结果鉴定了WRKY基因,分析了其系统发育关系,内含子-外显子结构,染色体上的分布及其表达方式。研究表明:番茄中存在81个WRKY转录因子,分为三类(Ⅰ,Ⅱ和Ⅲ),第Ⅰ和Ⅱ类分别细分为2和5个亚类,这些基因不均匀分布在番茄的11条染色体上;基因结构分析表明番茄WRKY转录因子进化过程中可能发生内含子的缺失/获得事件;不同芯片表达分析表明WRKY基因不仅参与了番茄根、子叶和真叶等不同组织类型的生长发育,而且还参与了一些生物胁迫(盐)和非生物胁迫(真菌激活子)的反应。
- 万红建俞锞袁伟刘云飞叶青静王荣青阮美颖姚祝平杨悦俭
- 关键词：番茄WRKY转录因子生物信息学
- 番茄SBP基因家族的全基因组鉴定、结构特征及表达分析被引量：11
- 2013年
- SBP基因家族是植物中一类特有的转录因子家族,广泛参与植物的生长发育以及各种生理生化反应的信号传导。为了揭示番茄SBP基因家族的功能,本研究利用全基因组信息鉴定番茄SBP转录因子家族,分析其结构特征,系统发育关系以及表达模式。结果表明,番茄全基因组共编码17个SBP转录因子成员,分布在8条染色体上;系统发育关系表明SBP基因家族的结构特征变异发生在番茄、拟南芥和水稻分化之前;且它们在番茄、拟南芥和水稻中按照物种特异性的方式进行了扩张。不同芯片分析发现,SlSBP03基因在番茄叶片、子叶和下胚轴中表达量较高,SlSBP13基因果肉中表达量较高,这两个基因在果皮和根中表达量都较低;在大多数非生物胁迫处理条件下,SlSBP11、SlSBP13和SlSBP16的表达量均较低;而SlSBP01基因在干旱和热处理条件下有较高的表达量。
- 万红建袁伟俞锞刘云飞李志邈叶青静王荣青阮美颖周国治姚祝平杨悦俭
- 关键词：番茄生物信息学水稻拟南芥
- TaqMan探针实时荧光定量PCR检测番茄黄化曲叶病毒被引量：3
- 2012年
- 根据番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)外壳蛋白(CP)基因序列上的保守序列,设计特异性的引物和Taqman探针,建立荧光定量PCR方法。结果表明,试验建立的标准曲线循环阈值(Ct值)与模板浓度具有良好的线性关系,相关系数为0.9941;能检测到1 000个病毒拷贝,灵敏度比普通PCR高100倍;与番茄花叶病毒和黄瓜花叶病毒无交叉反应,特异性强、重复性佳,为TYLCV检测提供了一种特异、灵敏、快速的定量检测方法。
- 阮美颖叶青静王荣青周国治姚祝平李志邈万红建杨悦俭
- 关键词：番茄黄化曲叶病毒实时荧光定量PCRTAQMAN探针
- cDNA-AFLP技术在番茄及其黄化曲叶病毒互作中的应用被引量：3
- 2013年
- cDNA-AFLP技术是研究基因差异表达的有利工具,广泛用于植物抗病,抗逆和生长发育等研究领域。番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)是番茄生产上最严重的病害,为了研究番茄抗TYLCV机理,本研究利用cDNA-AFLP技术分析番茄抗黄化曲叶病毒病相关基因的差异表达,选用64对引物扩增筛选出287条转录差异片段,其中156条上调表达,131条下调表达。表明cDNA-AFLP技术对于揭示番茄与TYLCV互作机理是一种有效的方法;同时获得的差异片段也可用于番茄抗TYLCV相关基因的克隆,为未来鉴定这些基因的功能奠定基础。
- 袁伟万红建刘云飞俞锞杨悦俭
- 关键词：番茄黄化曲叶病毒CDNA-AFLP
- 番茄Pto抗病基因家族的鉴定被引量：2
- 2013年
- 由丁香假单胞杆菌番茄致病变种[Pseudomonas syringae pv．tomato（Okabe）Young，Dye＆Wilikie]（简称Pst）引起的细菌性斑点病是番茄生产上一种重要病害[1]。自1933年报道以来，已在美国、意大利、南非、澳大利亚等二十多个国家和地区发生[2]。在中国吉林省长春市的番茄大棚内首次发现该病，现已漫延到黑龙江、辽宁、甘肃、山西、天津等省的番茄产区，危害日益严重[3-4]。
- 袁伟万红建杨悦俭
- 关键词：番茄抗病基因结构特征
- 浙江省番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定及序列分析被引量：10
- 2013年
- 番茄黄化曲叶病毒病(tomato yellow leaf curl virus disease,TYLCD)是番茄生产上最严重的病害之一。为了更有效地分析其致病机理,本研究根据已知的番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)基因组序列设计引物,通过PCR扩增技术,分离浙江省TYLCV的全长序列,分析其结构特征,序列同源性及系统发育关系。结果表明:病毒基因全长为2781个核苷酸,共编码6个开放阅读框(AV1,AV2,AC3,AC2,AC1,AC4),即TYLCV的典型结构;核苷酸序列比对分析发现该病毒分离物与美国的TYLCV同源性最高(99.6%);6个编码区分析显示除云南外,AV2与国内其他地区同源性均高达100%;系统发育关系分析表明病毒分离物与江苏、北京、美国和墨西哥的TYLCV划分为一类,亲缘关系最近。这些结果为今后揭示TYLCV的致病机理奠定基础,并为番茄黄化曲叶病毒病的诊断和防治提供科学依据。
- 袁伟万红建王荣青叶青静阮美颖李志邈周国治姚祝平刘云飞杨悦俭
- 关键词：番茄黄化曲叶病毒分子鉴定
