国家自然科学基金(30630040)
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 相关作者：陈润生王世敏陈兰郑海霞更多>>
- 相关机构：中国科学院山西农业大学更多>>
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- 相关领域：生物学自动化与计算机技术农业科学更多>>
- 一种从多表达谱数据挖掘基因共表达团的新方法被引量：3
- 2008年
- 随着近年来高通量基因表达谱数据的涌现,集成多个不同实验条件的表达谱数据,并挖掘在多数据源都保守的基因共表达团,成为预测基因功能或者调控关系的方法之一.但是,常用的方法通常仅简单地集成不同表达谱数据并推导保守基因共表达团,这样可能会导致结果中出现并非真正在多数据源保守的共表达团.提出一种结合最小哈希与局部敏感哈希的新方法,可以高效地寻找在多表达谱数据源中真正保守的基因共表达团.结果分析证明,相比过去的方法,现提出的方法可以获得更加功能相关和调控相关的基因共表达团.
- 陈兰王世敏陈润生
- 关键词：表达谱
- 线虫非编码基因上游motif的初步分析
- 2015年
- 非编码基因是能产生有功能的RNA而不编码蛋白质的一类特殊序列。通过Northern印迹杂交(Northern blot)方法在线虫体内鉴定了100个非编码RNA,并且预测了这些小RNA上游保守的特征序列,这些序列位于转录的初始区域,很可能与某些蛋白结合调控转录的起始。采用EMSA(Electrophoretic Mobility Shift Assay)凝胶迁移实验方法分析了其中的两类特征序列UM1和UM3,结果表明UM1和UM3都分别能结合蛋白复合物UM1P和UM2P;通过特异性的竞争反应表明,UM3可以竞争UM1的结合部位,使得UM1不能与UM1P结合,相反UM1却不能影响UM3与UM3P的结合。上述结果暗示了UM1与UM3有相似的序列位点A,UM1P可能只识别A位点,而UM3P除了识别A位点还识别UM3其他的位点。这与预测结果是一致的,UM1与UM3有相似的位点TGTCTG。这些特征序列与蛋白复合物结合的特异性暗示了它们可能是启动子区域与转录因子,该分析结果为研究线虫非编码RNA的转录调控提供了一定的依据。
- 郑海霞Geir Skogerbφ陈润生
- 关键词：蛋白
