国家科技重大专项(2009ZX09103-686)
- 作品数：5 被引量：6H指数：2
- 相关作者：王翼飞冯铁男答亮高松秦殿刚更多>>
- 相关机构：上海大学铜陵学院中国科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学生物学更多>>
- 基于Java3D的蛋白质相互作用网络成像软件
- 2011年
- 蛋白质-蛋白质相互作用网络三维呈现对于蛋白质组学的进一步研究有着重要的促进作用。本文利用Java6.0开发工具包,设计了一个蛋白质相互作用网络显示的软件(Protein-Protein Interaction Network Expandor,简称PINE)。PINE从目前三个常用的蛋白质相关数据库中提取信息,经整合后将蛋白质的综合信息呈现给用户。在二维相互作用网络图的基础上,利用Java3D绘制了三维蛋白质相互作用网络图。此外,PINE还引入三维立体双图,增强了网络图的立体层次感。
- 金鼎立答亮冯铁男王翼飞
- 二阶HMM算法改进及在miRNA靶基因预测中的应用被引量：5
- 2010年
- 隐马氏模型在语音识别和生物信息学中有重要的应用.本文研究二阶隐马氏模型(HMM2)的基本算法,利用归一化和递推原理,改进模型的前向-后向算法及Baum-Welch训练算法并给予证明,使得该算法更容易理解和机器实现,并保证数值稳定性.将HMM2应用到miRNA靶基因预测的后期过滤处理中取得了较好的结果.
- 高松秦殿刚冯铁男马成荣王翼飞
- 混合高阶隐马氏模型的EM算法被引量：2
- 2013年
- 提出了一类混合高阶隐马氏模型.基于模型降阶法,通过Hadar等价变换方法将混合高阶隐马氏模型分别转换为与之等价的两个混合一阶隐马氏模型,然后利用混合一阶隐马氏模型的EM算法建立了混合高阶隐马氏模型的EM算法,给出了混合高阶隐马氏模型的参数重估公式,并使用一阶隐马氏模型的标准技术来计算这些参数重估公式.该研究推广了Rabiner,Hadar和杜世平等人的结果.
- 叶飞王翼飞
- 关键词：EM算法
- 生化反应系统的加速τ-Leap模拟算法
- 2011年
- 该文重新定义了临界反应,以更合理地界定可能出现负分子组分的反应.在此基础上提出了加速τ-leap算法,使系统中某些反应物数目较少时也可以采用τ-leap方法进行模拟,同时提高了模拟速度.以两个生化反应系统模型为例,分别用精确的随机模拟算法、修正τ-leap算法和加速τ-leap算法进行模拟运算,结果表明加速τ-leap算法在保证精度的同时能有效提高模拟速度.
- 衣娜庄刚王翼飞
- 关键词：随机模拟算法生化反应系统
- α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein蛋白相互作用位点的预测
- 2012年
- α-synuclein蛋白的异常聚集是引起帕金森病的重要因素.实验研究发现,α-synuclein蛋白能与多个蛋白相互作用.在相互作用的蛋白质中,有的可以促进α-synuclein的异常聚集,如A-β肽;有的可以抑制α-synuclein的异常聚集,如β-synuclein蛋白,但促进或抑制α-synuclein异常聚集的机理并不明确.利用SYBYL和AUTODOK软件模拟α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein的相互作用,找到其相互作用位点,为进一步研究α-synuclein蛋白的异常聚集提供理论依据.
- 王群群答亮王翼飞
- 关键词：同源建模分子对接活性位点
