承德医学院蚕业研究所
- 作品数：49 被引量：69H指数：4
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- 相关领域：农业科学经济管理医药卫生生物学更多>>
- 基于转录组数据挖掘桑树bHLH转录因子家族被引量：4
- 2022年
- bHLH转录因子在植物生长发育调节、生物/非生物胁迫应答以及次生代谢过程中发挥着重要的调控作用,但有关桑树bHLH转录因子的报道还相对较少,这不利于开展相关方面的探索。本研究通过生物信息学技术鉴定到54个桑树bHLH转录因子,并对其保守序列、基因结构、蛋白进化和组织表达进行了分析。结果表明,桑树bHLH转录因子含有2个保守功能域,位于N端的碱性区域和C端的HLH区域。N端的碱性区域由12个氨基酸残基组成,其中第9位和第10位上的精氨酸具有较强的保守性;C端的HLH区域由45个氨基酸组成,第20和50位上的亮氨酸高度保守,可能与二聚体的形成有关。在基因结构方面,大部分转录因子均含有内含子结构,相位类型有23种,以0和0-0型为主,各有10个基因。从蛋白家族系统进化上看,桑树bHLH蛋白与同源性较近的拟南芥序列交错排布,被划分在4个大的进化组中。多数基因在桑树的根、皮、冬芽、雄花和叶片中均有表达,5个基因具有明显的组织特异性,但表达量较低。本研究为进一步开展桑树bHLH转录因子的功能研究提供了理论依据。
- 李季生李娜贾漫丽王彬彬范伟夏爱华
- 关键词：桑树生物信息学分析转录组
- 基于转录组测序分析家蚕中肠、脂肪体和血淋巴组织可变剪接事件
- 2024年
- 可变剪接(alternative splicing, AS)在家蚕基因组中普遍存在,在基因转录后调控和蛋白质多样性方面发挥重要作用。为揭示家蚕物质吸收、循环、合成和代谢相关组织AS事件的特征,分析家蚕品种间抗氧化水平差异的形成机制,本研究采集预蛹期的东肥和彩4这两个家蚕品种的中肠、脂肪体和血淋巴组织样品进行转录组测序(RNA sequencing, RNA-seq),将测序数据比对到参考基因组后,采用rMAT软件进行AS事件分析和发生AS事件的基因(AS基因)鉴定,进一步解析AS基因发生AS事件的数量、类型和组织分布的特征,并对全部AS基因和品种间差异表达AS基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果表明,家蚕中肠、脂肪体和血淋巴中分别检测到13 525、7 419、6 965个AS事件,对应发生在4 118、3 109和2 975个AS基因中。3′端可变剪接位点(alternative 3′splice sites, A3SS)、5′端可变剪接位点(alternative 5′splice sites, A5SS)、互斥外显子(mutually exclusive exons, MXE)、内含子保留(retained introns, RI)、外显子跳跃(skipping exon, SE)5种类型AS事件中,SE数量占比最高,在每个组织中的发生比例均不低于64.95%,RI数量占比最低,均不高于1.79%。每个组织中发生1种类型AS事件≤3个的AS基因数量占基因总数的81.14%~100%,单个AS基因发生1种类型AS事件的数量最高为66个。发生A3SS、A5SS、RI事件的AS基因有高达53.19%~61.75%和16.56%~20.57%的3组织和2组织重叠比例,发生SE、MXE事件的AS基因组织特异性高,单一组织独有的比例为43.99%和70.96%。每个组织AS基因总数量里,发生1个单独类型AS事件的基因约占63.40%~69.96%,同时发生3、4、5个类型AS事件的基因合计占比低于7.00%。GO功能注释、KEGG通路富集分析全部AS基因的功能主要为物质的合成、代谢和转运,能量代谢,细胞对刺激的反应和信号转导,基因表达和翻译的调控,蛋白质的加工、修饰和水解,磷酸转移酶和激�
- 谢岩王晖孙志超高妍夏周玲刘麟菲李季生
- 关键词：RNA-SEQ可变剪接功能基因
- 基于桑葚转录组测序的SSR位点分析
- 采用转录组测序技术对三个时期的桑葚进行转录组测序,建立桑葚的EST数据库。基于生物信息学方法分析桑葚转录组数据库的简单重复序列位点。从51895条unigenes中共检索出23641条unigenes含有44867个简单...
- 高妍夏谢岩孙志超高玉军张东豪宋永学王晖
- 关键词：桑葚转录组
- 基于相对和绝对定量同位素标记技术分析2种成熟度桑叶对家蚕脂肪体蛋白质组的影响被引量：1
- 2022年
- 本试验旨在探索家蚕体适应桑叶营养物质变动的微观机制。首先检测老、嫩2种成熟度桑叶的水分、粗蛋白质、粗脂肪、可溶性糖、还原性糖、多糖、总黄酮、总多酚和1-脱氧野尻霉素(1-DNJ)含量,然后采用相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)技术分析由这2种桑叶饲喂3 d的5龄家蚕脂肪体蛋白质组表达谱,并对差异表达蛋白进行生物信息学分析。结果显示:嫩桑叶的粗蛋白质、粗脂肪、还原性糖、总黄酮、总多酚、1-DNJ含量极显著高于老桑叶(P<0.01)。iTRAQ定量分析共鉴定到家蚕脂肪体蛋白2 172个,2组间差异表达蛋白173个。相对于摄食老桑叶的家蚕,摄食嫩桑叶的家蚕脂肪体中上调表达蛋白为85个,下调表达蛋白为88个。对其中的111个差异表达蛋白[差异表达倍数(FC)>1.25或<0.80]的功能富集分析发现,GO和KEGG通路注释到这些蛋白主要参与物质代谢、运输和贮存,应激和免疫反应,机体发育等生物学过程。差异表达蛋白互作网络分析筛选到核糖体蛋白和神经前体细胞表达发育下调蛋白8(NEDD8)的网络中心性高。综上可知,桑叶成熟度显著影响其营养物质含量,引起摄食老、嫩桑叶家蚕脂肪体蛋白质组灵敏、广泛的差异响应。
- 谢岩王晖李娜贾漫丽黄露孙志超李季生
- 关键词：家蚕ITRAQ差异表达蛋白
- 寄生桑树的粗毛纤孔菌的人工栽培试验被引量：13
- 2016年
- 粗毛纤孔菌(Inonotus hispidus)是一种珍贵的药用真菌。从河北省承德地区采集到寄生于桑树树干的野生粗毛纤孔菌并进行人工栽培试验,探究不同培养方法和培养基配方对人工培养各阶段粗毛纤孔菌生长的影响。室内培养试验的结果是:(1)在野生粗毛纤孔菌的菌种(母种)分离培养阶段,用25μg/m L氯霉素溶液处理PDA培养基表面可以有效防止菌种分离培养过程的细菌感染;(2)原种培养阶段,当菌丝生长至2 cm厚时通过人工拍瓶混匀培养基可显著加快原种菌丝的生长,菌丝长满培养瓶的时间较未经混匀处理的缩短约5 d,且用谷粒培养基较麦粒培养基更为适用;(3)栽培生产子实体阶段,采用桑枝培养基较桦木培养基可以显著提高粗毛纤孔菌子实体产量,其中用1年生桑枝培养基培养比用多年生桑枝培养基培养的子实体产量高,多年生桑枝+棉籽壳培养基可以加快菌丝生长和子实体形成速率,但对子实体产量没有明显影响。在桑园中以桑树行间搭建小拱棚进行的粗毛纤孔菌栽培试验中,用新桑枝培养基培养的菌袋在树阴下(最大光照强度为1 800 lx,温度20~33℃,相对湿度>80%)成功培养出子实体。试验结果初步表明,可以采用桑枝培养基在室内和室外进行粗毛纤孔菌的人工培养。
- 宋永学王晖张东豪杨帆甄占萱杨贵明
- 关键词：子实体人工栽培
- 桑树花粉与叶片、枝皮的矿质元素含量比较被引量：2
- 2019年
- 为探索桑树花粉中矿质元素含量,以4个桑树品种(‘冀桑2号’,‘辽鲁6号’,‘路杨’,‘河北华桑’;下为:‘冀桑2号’,‘鲁6’,‘路杨’,‘华桑’)为研究对象,对桑树的叶、枝皮、花序、花粉的矿物元素含量进行测定和分析。结果表明,不同品种间,‘路杨’花序中的K元素含量最为丰富,达到33 035.60 mg/kg;‘河北华桑’皮中的Ca元素含量最高,为31 423.46 mg/kg;在‘辽鲁6号’的叶的Mg元素含量最高,达到4 630.70 mg/kg。在同一品种不同组织部位中,花粉中微量元素含量最高。‘冀桑2号’的花粉中Fe元素含量为1 014.46 mg/kg,Zn元素含量为130.18 mg/kg,Mn元素含量为75.00 mg/kg。同时‘,冀桑2号’花粉同其他物种花粉(牡丹,薄壳山核桃,松花粉,枸杞)中矿物元素含量相比较,K、Ca、Fe的含量最高,分别达到20 518.91 mg/kg、6 897.94 mg/kg、1 014.46 mg/kg。本研究为开发及桑花粉的高值化利用和健康消费提供了理论帮助。
- 王鹏郭新淼邢炳媛王博张曼杨帆黄露谢岩杨贵明孙志超
- 关键词：ALBA花粉矿物元素
- 桑树叶绿体psbA基因的生物信息学预测及分析
- 2022年
- 生物信息学是研究生物亲缘和进化的重要手段,通过生物信息学对桑树叶绿体中的psbA基因进行分析。结果表明:psbA基因存于真核生物的叶绿体中,有7条开放阅读框,分子式为C_(1789)H_(2676)N_(456)O_(492)S_( 14),由353个氨基酸组成,属稳定蛋白。氨基酸序列具有疏水性,无信号肽。psbA的结构以无规则卷曲为主要方式。GO功能分为三类,序列分布有13个蛋白结合位点。桑、白果树、箭毒木、榕树、腾构、布鲁士假单胞菌、垂柳、鹤望兰、柘树、滇葎草、黄麻的psbA氨基酸序列具有极高的相似性。
- 王敬王鹏王晖杨贵明周玲
- 关键词：桑树PSBA生物信息学
- 黄芪对家蚕生长影响与其药理的对应关系探讨
- 目的:通过黄芪提取液对家蚕生长的影响,探讨家蚕做实验动物检测中药功效的可行性.方法:选用黄芪提取液涂于桑叶上给壮蚕添食,调查比较家蚕的体长、体重、体力、耐饥饿能力和全茧量、茧层率.结果:添食黄芪基本不影响家蚕的摄食性,能...
- 马宝俊高玉军宋永学张东豪李季生
- 关键词：家蚕生长发育药理活性
- 从内蒙古赤峰蚕业发展状况看南蚕北移被引量：1
- 2002年
- 分析了内蒙古赤峰市蚕业发展状况,总结了发展过程中的经验教训。指出南蚕北移不仅表现在北方蚕业比重的提高,也表现在蚕业发展越过北纬41°线,进入从未养过蚕的内蒙古赤峰。
- 杨贵明薛秋生梁庆学
- 关键词：蚕业
- 桑树中miR319的克隆及在雄花发育中表达分析
- 2019年
- 为探究mi R319及靶基因在调控桑树雄花发育的分子机制,本研究通过石蜡切片技术判断桑树雄花芽发育时期及在线网站预测mi R319的靶基因。结果表明,桑树雄花芽发育分为未分化期(A1)、分化初期(A2)、花序分化期(A3)和总苞形成期(A4) 4个不同的阶段;桑树中mi R319家族存在mi R319a、mi R319b和mi R319c 3个成员,其中mi R319b与mi R319c位于同一条前体序列上,预测并获得了mi R319 6个靶基因。运用5’-RACE技术验证了mi R319a的4个靶基因,其切割位点主要集中在与mi RNA互补位点的第10和第11位碱基之间。采用RT-qPCR技术检测mi R319a及靶基因在雄花发育不同阶段的表达水平,发现mi R319a在雄花发育A2-A3阶段表达水平迅速降低,靶基因Morus012208、Morus008229、Morus008100与Morus005893在此阶段表达水平迅速升高,茉莉酸(JA)含量也迅速升高。同时,JA合成关键基因PLDα1和LOX5在雄花发育A2-A3阶段表达上调,表明mi R319通过调控靶基因影响JA合成来调控桑树花序分化。本研究为揭示桑树mi R319在JA途径中调控花发育中的分子调控机制奠定了一定的理论基础。
- 孙志超李娜谢岩杨帆高妍夏高玉军杨贵明李季生
- 关键词：桑树茉莉酸荧光定量PCR
