浙江大学生命科学学院生物信息学系
- 作品数：13 被引量：26H指数：3
- 相关机构：浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省自然科学基金福建省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学理学更多>>
- 系统生物学(Systems Biology)的几大重要问题被引量：3
- 2007年
- 近几年来,系统生物学从正式提出到受到普遍关注和研究,对生物学的研究发展起了革命性的变化。主要从系统生物学的发展及其内容进行分析,讨论了生物数据整合,模型建立和模拟分析等几点关键性的问题,并展望了系统生物学的研究。
- 陈铭
- 关键词：系统生物学生物信息学
- 基于大规模DNA微阵列数据的调控亚网络的重建
- DNA微阵列技术在一次实验中可以产生了全基因组的基因表达数据，如何从这些海量的表达数据中挖掘出我们感兴趣的基因之间相互作用的信息，即反向工程，是目前的研究热点之一。本文将介绍一种整合生物学知识先验的方法，基于现有的贝叶斯...
- 陈晓辉宁开达陈铭
- 关键词：DNA微阵列基因表达贝叶斯网络
- 文献传递
- 问号钩端螺旋体毒力相关蛋白InvA转录和表达特征的研究被引量：2
- 2009年
- 目的确定我国不同基因种问号钩端螺旋体（简称钩体）参考标准株携带毒力相关基因invA的情况，了解问号钩体赖株感染细胞前后invA基因转录和表达水平的变化。方法采用PCR检测4个不同基因种问号钩体株及双曲钩体PatocI株invA基因。克隆问号钩体全长irwA基因并测序，构建问号钩体黄疸出血群赖型赖株invA基因原核表达系统。Ni-NTA亲和层析法提纯目的重组蛋白rInvA后免疫家兔获得抗血清，免疫双扩散法检测其效价。建立问号钩体赖株感染人胚肾上皮细胞HEK293模型，采用荧光定量RT—PCR和Westernblot分别检测问号钩体赖株感染HEK293细胞前后invA基因的转录和表达水平的变化。结果4个不同基因种的问号钩体株均含有invA基因，双曲钩体PatocI株则否。4株不同基因种的问号钩体irwA基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为99．33％～100％和98．66％～100％。所构建的原核表达系统能有效地表达rInvA。rInvA兔抗血清免疫双扩效价为1：16。问号钩体赖株感染HEK293细胞30min以后可大量黏附于细胞表面。问号钩体赖株感染HEK293细胞30min时，invA基因mRNA水平明显上调，45min时达到峰值，然后逐渐下降。问号钩体赖株感染HEK293细胞后45min和60min时可检出InvA蛋白，感染前及感染90min以后检测结果均为阴性。结论invA基因是致病性问号钩体所特有的基因。invA基因具有宿主细胞接触式表达及瞬时表达的特点，与问号钩体侵人宿主细胞密切相关。
- 罗依惠陈铭李立伟钱景严杰
- 关键词：问号钩端螺旋体
- 分子调控网络整合生物信息学研究
- 生命科学研究随着组学技术的不断发展和相关数据的不断积累,生物分子调控网络的生物信息学研究已从简单的基因调控网络建模发展到包括非编码RNA调控的各层次的分子调控网络、基于时间序列的动态调控网络以及全细胞水平的整合分子网络。...
- 陈铭
- 关键词：生物信息学非编码RNA
- 文献传递
- CircPro:一个识别具有蛋白编码潜能性环状RNA的工具
- 环状RNA(circRNA)作为一类内源性RNA,广泛存在于真核细胞中.它在不同生物学过程中不断涌现的作用表明,circRNA是RNA世界重要的成员之一.大多数circRNA是通过mRNA前体反向剪切产生,形成了没有5'...
- 孟宪文陈铭
- 关键词：核糖体高通量测序
- 大数据时代的整合生物信息学被引量：13
- 2022年
- 随着生物数据测量技术的不断发展,生物数据的类型、内容、复杂度不断增加,生物信息学已迈入大数据时代。面对大数据时代多模态、多层次、高维度、非线性的复杂生物数据,生物信息学需要发展相应的方法和技术进行有效整合生物信息学研究与应用。本文对大数据时代整合生物信息学所涉及的数据整合、方法整合、系统整合及相关问题进行梳理和探讨。
- 陈铭
- 关键词：生物系统大数据
- 基于R shiny框架的单细胞数据分析平台
- 流式细胞仪分析技术在细胞生物学、生物医学等多个领域的研究过程中发挥着至关重要的作用。随着CyTOF 技术以及单细胞测序技术的发展，高维度，大规模的数据分析方式成为了当下对细胞数据分析的一种硬性需求，因此快速高效地自动化细...
- 薛继统周银聪陈铭
- CircPro:一个识别具有蛋白编码潜能性环状RNA的工具
- 环状RNA(circRNA)作为一类内源性RNA,广泛存在于真核细胞中。它在不同生物学过程中不断涌现的作用表明,circRNA是RNA世界重要的成员之一。大多数circRNA是通过mRNA前体反向剪切产生,形成了没有5’...
- 孟宪文； 陈铭；
- 关键词：核糖体高通量测序
- 文献传递
- 水稻发育过程中的表达及代谢水平分析
- 稻整个生长周期可以分为三个时期：幼苗阶段、营养阶段和生殖生长阶段。以往的研究缺少对水稻全周期的整合分析,目前整个过程的表达调控变化还尚不清楚。为了探究水稻整个生长过程的生长代谢模式,我们选取水稻发育三个阶段的高通量RNA...
- 李梦婷孟宪文陈铭
- 关键词：基因表达模式代谢调控
- 多层网络模型在水稻与癌症蛋白质互作网络中的应用被引量：1
- 2017年
- 网络是研究系统间连接结构的学科方法与研究技术。本文介绍单层网络和多层网络模型的数学理论,以及多层网络中多重度、重叠度与激活度、重叠性、度关联函数、参与系数以及度相关系数的概念,并将这些分析方法运用到了水稻细胞、癌症细胞和正常组织的蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)中,研究它们的特殊结构与性质。在水稻的蛋白质互作网络中,发现它的重叠度与激活度呈幂律分布;通过参与系数的分析发现了与细胞整体功能相关的重要蛋白质;通过相关系数热图分析发现了关联性较强的细胞器以及关联性较弱的细胞器。在癌症组织PPI以及正常组织中,通过重叠性图谱分析和核心网络比对的方法,发现了癌症网络的核心网络的规模比正常组织大,且具有强核心结构、高度均质性以及不易受到攻击而崩溃的特点;发现了非平凡的重叠度和激活度分布,并分析了癌症与正常组织在结构和功能上的差异。
- 翁宇豪陈铭
- 关键词：多层网络水稻细胞癌症
