天津师范大学生命科学学院生物信息与药物开发研究所
- 作品数：13 被引量：38H指数：4
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- 相关机构：辽宁大学物理系郑州大学化学与分子工程学院西北大学生命科学学院更多>>
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- 相关领域：理学生物学医药卫生更多>>
- 四聚甲基锂Li_4(CH_3)_4的电子结构的量子化学研究被引量：1
- 2004年
- 用Gaussian98W程序对四聚甲基锂Li4(CH3)4的电子结构作了量子化学计算,根据分子轨道能级、电子密度集居数分析、原子电荷、化学键键级等对Li4(CH3)4的缺电子多中心键的特点进行了理论解释.计算表明在Li4(CH3)4中每个碳原子与4个锂原子形成化学键,与一个距离较远的锂原子形成化学键的键级高于与3个距离较近的锂原子的键级,生成不对等的5中心2电子键(5c-2e);四聚甲基锂中Li-C键的平均键级是0.3749,平均键能为132.1kJ/mol.
- 刘亨杜奇石孙玉彬王树青
- 关键词：金属有机化合物分子轨道理论量子化学
- 蛋白质中氨基酸间的相关性研究被引量：3
- 2004年
- 计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)共计204个蛋白质中的20种氨基酸间的相关性.研究发现,氨基酸之间的相关性可分为强正相关、强负相关、弱相关和不相关.作为蛋白质的建筑构件,20种氨基酸在不同类型的蛋白质中的相关性反映了这些建筑构件间的匹配规则,代表了蛋白质的结构特征.本文分析了部分氨基酸间的相关性与蛋白质结构间的联系,从物理和化学性质上解释了氨基酸相关性的起源.
- 王树青杜奇石魏冬青李爱秀
- 关键词：氨基酸蛋白质结构生物信息学化学计量学
- 基于生物信息学与分子结构的SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV M^(pro))多肽类抑制剂研究被引量：1
- 2006年
- 用冠状病毒基因解析软件系统ZCURVE_CoV 2.0,从SARS冠状病毒(TOR2,NC_004718)的RNA基因序列出发,搜索出含有SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV Mpro)真实剪切位点的11个八肽,运用分子叠合和分子对接的方法,对11个八肽进行了分析,证明这11个八肽有相似的活性,而且11个八肽中,op4的活性最高.分析认为,op4有望成为抗SARS药物的理想前体.
- 孙浩李大鹏谢军民杜奇石
- 关键词：SARS多肽
- (R)-N-[[3-[3-氟-4-吗啉基]苯基]-2-氧代-5-噁唑烷基]甲醇的合成被引量：4
- 2005年
- 利奈唑酮是新上市的一种口恶唑烷酮类全合成抗菌药,本研究对其关键中间体(R)-N-[[3-[3-氟-4-吗啉基]苯基]-2-氧代-5口-恶唑烷基]甲醇(1)的合成方法做了改进.合成3-氟-4-吗啉基硝基苯时,用价廉易得的三乙胺代替二异丙基乙胺,反应时间由72h缩短到6h;合成3-氟-4-吗啉基苯胺时,将溶媒改为丙酮,采用Pd/C(10%)还原,反应液直接与氯甲酸苄酯反应制得N-苄氧羰基-3-氟-4-吗啉基苯胺,实现了两步合一,收率提高到93.2%;合成(1)时,反应温度提高到-50℃左右,实验条件较文献方法相对温和.
- 李云黄长江高慧高维娜刘登科徐为人杜奇石魏冬青
- 关键词：噁唑烷酮利奈唑酮
- 依据氨基酸残基的相关性预测蛋白质的结构类型被引量：7
- 2004年
- 作为蛋白质的建筑构件,各种类型的蛋白质的20种氨基酸残基之间存在着特定的相互关联,反映了氨基酸残基之间的制约性,并有深刻的物理和化学的内在因素.某些氨基酸残基对之间的相关系数可以作为一种类型的蛋白质区别于其它类型蛋白质的特征,用于蛋白质结构类型的预测.研究了4种类型的蛋白质204个样品的氨基酸残基对的相关性系数,找出了可作为蛋白质结构类型特征的氨基酸残基的相关对,并用于蛋白质结构类型的预测,对于α型、β型、α/β型和α+β型蛋白质的204个蛋白质样品的交叉测试,正确率分别为94%、89%、79%和89%,平均为88%,高于简单距离法和欧几里德距离法.
- 王树青刘红杜奇石魏冬青
- 关键词：氨基酸残基蛋白质正确率生物信息学分子生物学
- SARS冠状病毒主蛋白酶可切割多肽的搜索与生物信息学的应用被引量：1
- 2004年
- 用新近发展的冠状病毒的基因解析软件系统ZCURVE -CoV 1 .0和ZCURVE -CoV 2 .0(http ://tubic .tju .edu .cn/sars/)分析了基因库 (NCBIRefSeqproject)中的 2 7个不同来源的SARS冠状病毒的RNA基因序列 ,找出了主蛋白酶 (CoVMpro)在聚蛋白pp1a和pp1ab中的 2 97个酶切位点 .在此基础上确定的 1 1个SARS冠状病毒主蛋白酶的可切割八肽 .这些八肽都含有SARSCoVMpro 的真实切割点 ,因而是发展SARSCoVMpro的多肽类抑制剂的适宜出发点 .计算了可切割八肽在特异性位点R2、R1、和R1上的氨基酸的分布概率 ,发现位点R4和R3也有一定的特异性 .分析了这些位点上的氨基酸的结构特征 ,找出了最有希望成为SARSCoVMpro的多肽类抑制剂的两个八肽NH2 -ATLQ↓AIAS-COOH和NH2 -ATLQ↓AENV -COOH ,并探讨了对可切割八肽作化学修饰的思路 ,为SARSCoVMpro的多肽类抑制剂和非肽类抑制剂的设计提供了基础 .同时把生物信息学用于药物开发 。
- 孙浩杜奇石王树青谢军民李大鹏
- 关键词：SARS抑制剂
- HIV蛋白酶多肽抑制剂的理论研究被引量：4
- 2006年
- 艾滋病病毒的发现距今已有二十多年的历史了.它仍然以很快的速度在全球范围速蔓延.研发抗艾滋病药物是当代药学的重大课题之一.在以往研究的基础上,我们利用分子叠合和分子对接这两种分子模拟手段,把从PDB数据库中得到的与HIV蛋白酶结合的12个肽类分子和已经上市的抗艾滋病的药物Saquinavir做比较.根据结构相同或相近的分子具有相同的活性原理,运用分子叠合初部判断分子活性,特别是药效团的特征比对揭示了分子活性的原因,为进一步的药物设计奠定了良好的基础.进而采用分子对接的分子模拟方法对这12个肽类分子的活性构象进行了深入的分析,预测出了这12个分子对HIV病毒蛋白酶的不同抑制作用.研究发现:P01、P05、P09、P12可能与已知药物Saquinavir在与HIV蛋白酶结合时具有相似的活性,其中P9的活性最强,有望成为抗HIV药物的理想前体,为下一步的HIV药物的设计研究提供了理论依据.
- 高慧高维娜李云徐为人李娜蒋志勤杜奇石魏冬青
- 关键词：HIV蛋白酶分子模拟
- 桥函数在统计力学积分方程理论3d-RISM-HNC的应用和溶剂化自由能计算的改进被引量：1
- 2004年
- 把氢 -桥函数和氧 -桥函数应用于统计力学积分方程理论的三维的参考作用点 -超链模型 ( 3d RISM HNC)中 ,用以改进极性和非极性溶质的水溶液的热力学性质的计算 .用三维和二维图形考察了溶剂水分子的氢原子和氧原子的桥函数在改进溶剂作用点的平均密度分布函数〈ρH(r)〉和〈ρO(r)〉 ,和平均超额化学势〈Δμ(r)〉的计算的效果 .计算结果表明 ,氢桥函数和氧桥函数极大地改进了 3d RISM HNC方法的精度 ,把这一方法提高到定量和半定量的水平 .研究表明 ,溶质分子的作用点的超额化学势的径向分布函数〈Δμ(r)〉比平均密度分布函数〈ρs(r)〉能够更灵敏地反映桥函数的改进效果 .研究表明 ,为提高 3d RISM HNC方法的精度 。
- 杜奇石魏冬青
- 关键词：桥函数统计力学积分方程理论
- 分子亲脂-亲水性的量子化学描述(Ⅰ)——分子的亲脂和亲水表面被引量：2
- 2004年
- 给出基于分子结构的“启发式”亲脂 -亲水势 HMLP ( Heuristic molecular lipophilicity-hydrophilicitypotential)的理论分析和有说服力的算例 .用量子化学计算其分子表面的静电势 V( r)的分布 ,通过与周围原子表面静电势的比较 ,构造表达分子静电势的极性和大小的函数 L( r) .亲脂势 L( r)保留了静电势 V( r)描述分子静电作用的能力 ,并把应用范围扩展到疏水性的描述 .HMLP不使用原子的经验参数 ,但在 L( r)的构造中使用了经验的函数形式 .经参数化和指标化后 ,HMLP有望用于蛋白质结构与功能的研究和药物分子配体与生物大分子受体结合自由能的估算 .
- 杜奇石魏冬青李爱秀
- 关键词：分子模拟生物信息学药物分子设计量子化学
- 分子亲脂-亲水性的量子化学描述 II.氨基酸侧链的亲水指标和亲脂指标被引量：2
- 2006年
- 在启发式亲脂势HMLP(heuristicmolecularlipophilicitypotential)的基础上提出了分子、分子片段和原子的亲水指标和亲脂指标.计算出了20个天然氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和亲水、亲脂表面积,并用线性自由能函数表达氨基酸侧链的溶剂化自由能,?Gsol,=b0+b1Li+b2Hi+b3Si+b4Si.应用线性自由能函数和氨基酸侧链的亲水和亲脂!+-i指标,计算了20个氨基酸残基的3种相转移自由能(蒸气-水、蒸气-正辛醇、正辛醇-水)和正辛醇-水分配系数logPow,取得了与实验值高度一致的良好效果.HMLP的亲水和亲脂指标是HMLP的指标化,扩展了这一方法的使用范围.氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和线性自由能函数有望用于生物大分子受体与配体的结合自由能的估算、蛋白质的结构与功能、蛋白-蛋白相互作用和识别的研究.
- 杜奇石刘朋军孙浩李大鹏谢军民
- 关键词：生物信息学
