陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室
- 作品数：16 被引量：22H指数：3
- 相关机构：宁夏医科大学公共卫生与管理学院流行病与卫生统计学系宁夏医科大学公共卫生与管理学院西安交通大学医学部更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金宁夏回族自治区自然科学基金陕西省中医药管理局科研基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 中西医结合疗法改善艾滋病患者免疫状况的meta分析被引量：1
- 2019年
- 目的对当前国内中西医结合疗法治疗艾滋病的治疗效果,应用meta分析的方法进行初步评价。方法通过计算机检索国内2005年1月1日—2017年12月31日发表的应用中西医结合治疗艾滋病的相关文献,同时采用Cochrane中心的Jadad评分法(5分法)对文献质量进行初步评价,用Revman 5.3软件对所选文献研究进行分析。结果满足标准可以纳入研究的随机对照试验研究文献共有9篇(病例共732例),Meta分析结果显示:两组治疗前后的CD4^+变化合并效应量标准组均数差(MD)=28.55(个/mm^3),95%CI:8.06～74.63(Z=2.97,P<0.01);两组治疗前后的CD8^+变化合并效应量MD=-10.33(个/mm^3),95%CI:-59.36～38.71(Z=0.41,P>0.05)。结论同单纯应用中医药治疗或西医治疗相比,在改善艾滋病患者CD4^+水平以及临床症状方面,中西医结合疗法有着明显的优势。
- 李凤英马婷罗文瑞刘美宁马波张荣强
- 关键词：中西医结合疗法META分析艾滋病
- 大气污染物对成人和儿童外周血基因表达谱的影响及生物信息学分析被引量：1
- 2018年
- 目的采用生物信息学研究方法分析大气污染物对成人和儿童外周血基因表达谱的影响,为后期开展有针对性的预防、诊断及治疗提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载一组来自不同大气污染暴露下成人和儿童外周血基因芯片数据,将此数据导入分析软件QOE、Gen Clip、GATHER等,分析基因表达谱、蛋白-蛋白相互作用网络、分子生物学过程及基因功能,寻找大气污染对成人和儿童影响的关键节点基因。结果在暴露源相同的情况下,儿童和成人差异基因不同,成人靶基因主要与细胞增殖、染色体修饰、DNA代谢和染色体组织有关,而儿童靶基因主要与血小板活化、细胞信号传导、有机生理过程等有关。进一步分析发现,FIGNL1、TUBB1、TPST1和SAMHD1基因为成人和儿童共同差异基因,这些基因主要与肿瘤的诱导及抑制有关。结论不同程度污染对成人和儿童基因产生的影响不同,且在暴露源相同的情况下,儿童和成人差异基因亦不同,成人和儿童共同差异基因主要与肿瘤的诱导及抑制有关。
- 孙娜刘启玲张荣强张帆李星慧李向文
- 关键词：大气污染外周血基因生物信息学
- 基于生物信息学探讨低剂量镉对人类正常前列腺上皮细胞基因表达谱的影响被引量：2
- 2019年
- 目的:分析低剂量镉作用于人正常前列腺上皮细胞后其基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为镉相关的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载19份基因芯片数据,其中经过低剂量镉处理的前列腺上皮细胞样本9例,对照10例,利用基因云-基因大数据分析(GCBI)实验平台、GenClip 2.0、Sytoscape 3.5.1等分析软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述低剂量镉作用于正常人前列腺上皮细胞后其基因分子网络改变情况,及其可能涉及的分子生物学功能。结果:与正常前列腺上皮细胞相比,共发现差异表达基因1 050(1.92%)个,主要涉及细胞生理过程、MAPK调节、细胞内信号转导的调控、免疫效应等生物学功能。HSP90AB1、BUB3和PRKAR1A基因为蛋白网络核心节点,且表达差异有统计学意义,均与正常细胞的恶性转化有关。结论:低剂量镉作用于正常人前列腺上皮细胞后,能够导致基因改变,差异基因主要涉及细胞生理过程、MAPK调节、细胞内信号转导的调控、免疫效应等生物学过程。
- 郭亚收徐晓峰李楠孙娜段丽芳
- 关键词：前列腺上皮细胞基因表达生物信息学
- 高危前列腺癌患者基因表达谱的变化及生物信息学分析被引量：5
- 2019年
- 目的:分析高危前列腺癌(high-risk prostate cancer)患者前列腺癌组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为高危前列腺癌的诊断及治疗提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载来自于丹麦一个人群队列(正常前列腺14例,前列腺癌36例)的前列腺组织基因芯片数据,利用基因云,基因大数据分析(Gene-Cloud of Biotechnology Informs,GCBI)实验平台、GenClip2.0、Sytoscape 3.5.1等软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述高危前列腺癌发展的分子机制。结果:与正常前列腺组相比,高危前列腺癌组共有4 828个(8.83%)差异表达基因;主要涉及细胞黏附、细胞运动、细胞发育等功能。SOCS3、VEGFA、TOP2A和FGFR2基因为蛋白网络核心节点,均与高危前列腺癌的发生具有密切关系。结论:SOCS3、VEGFA、TOP2A和FGFR2基因为蛋白网络核心节点,在高危前列腺癌组中差异表达,其功能主要涉及P450细胞色素通路、β信号通路、血小板通路、细胞连接组织通路、ECM受体通路等9条通路。
- 郭亚收徐晓峰李楠孙娜段丽芳
- 关键词：前列腺癌基因表达计算生物学
- 高脂饮食对小鼠前列腺基因表达的影响
- 2021年
- 目的:分析高脂饮食对小鼠前列腺组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为肥胖导致的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载两组C57BL/6J小鼠前列腺组织RNA(正常饮食组5只,高脂肪饮食组4只),利用基因云、基因大数据分析(GCBI)实验平台、GenClip2.0、Sytoscape 3.5.1等分析软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述高脂饮食对于前列腺组织基因分子网络改变情况及其可能涉及的分子生物学功能。结果:共筛选出134个差异表达基因,其中上调130个,下调4个,主要涉及染色体组织、细胞-细胞信号传导、小分子生物合成及白细胞激活等生物学功能。基因网络中Lck、Prkcb和Cd28基因Degree值较大,表明其与蛋白质的合成及其生物学功能有很重要的关系,为该蛋白-蛋白网络的核心节点,基Lck和Cd28预测能力较佳。结论:高脂饮食能够诱导前列腺组织基因发生改变,从而导致肿瘤发生。
- 郭亚收徐晓峰李楠孙娜段丽芳
- 关键词：高脂饮食前列腺组织基因表达生物信息学小鼠
- 谷胱甘肽过氧化物酶在胶质瘤患者中的表达及对生存预后的影响被引量：2
- 2022年
- 目的探讨谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)在胶质瘤组织表达变化与生存预后的关系,构建和评价GPX对胶质瘤患者生存预后的列线图预测模型。方法从肿瘤基因图谱计划数据库中下载胶质瘤患者数据集,获取663例患者的临床参数信息及其GPX表达水平,其中胶质母细胞瘤(GBM)153例、低级别胶质瘤(LGG)510例,分析GPX表达与患者生存之间的关系,利用单因素和多因素Cox风险回归模型筛选变量,并使用最小绝对收缩选择算子(Lasso)回归进行再次筛选验证,基于筛查结果构建列线图模型,采用一致性指数评价预测模型的区分度,校准曲线评价模型的校准度。结果与对照组相比,GPX1、GPX3、GPX4、GPX7、GPX8的表达在胶质瘤患者中显著升高(P均<0.001),且除GPX3外,GBM患者的表达显著高于LGG患者(P均<0.001);Kaplan-Meier分析显示,GPX1(P=0.013)和GPX4(P=0.040)高表达的GBM患者无进展生存期显著缩短,GPX1、GPX7和GPX8高表达的LGG患者总生存率、疾病特异性生存期和无进展生存期显著缩短(P均<0.001);单因素和多因素Cox及Lasso回归筛选出GPX7和GPX8为影响LGG患者预后的关键因素;利用该结果构建列线图显示,最终进入模型的危险因素为GPX7,一致性指数为0.843(95%CI=0.809~0.853),校准曲线显示预测值与实际值具有较好的一致性。结论GPX7是影响LGG患者预后的独立危险因素,利用其构建的列线图模型可以较好地预测LGG患者的生存率。
- 任晓梅张立辛宝钱文文夏曾润祁蒙杜小平史传道刘启玲张荣强
- 关键词：胶质瘤谷胱甘肽过氧化物酶预后模型
- 硒蛋白基因在人类免疫缺陷病毒感染和母婴传播中的表达水平及预测模型构建
- 2023年
- 目的探讨硒蛋白基因在人类免疫缺陷病毒(HIV)感染及其母婴传播中的表达水平,为艾滋病的预防及诊疗提供新的理论依据。方法在基因表达数据库检索下载数据集GSE4124,样本由HIV阳性组(n=25)和对照组(n=20)构成,其中HIV阳性组包括母婴传播(TR)组(n=11)和非母婴传播(NTR)组(n=14);采用t检验分析4组(HIV阳性组比对照组、NTR组比对照组、TR组比对照组、TR组比NTR组)硒蛋白基因表达水平的差异;随后采用单因素和多因素Logistic回归分析差异表达基因对HIV感染和母婴传播的影响;应用R语言构建列线图预测模型并验证其效能。结果与对照组比较,HIV阳性组、NTR组、TR组分别有8、5、8个差异表达硒蛋白基因为下调基因;与NTR组比较,TR组有4个差异表达硒蛋白基因为下调基因。单因素Logistic回归分析显示,GPX1、GPX3、GPX4、TXNRD1、TXNRD3、SEPHS2基因异常高表达对HIV感染均具有影响,而对母婴传播无影响作用。多因素Logistic回归分析显示,TXNRD3基因的异常高表达与是否HIV感染呈正相关(OR=0.032,95%CI=0.002~0.607,P=0.022)。列线图预测模型的预测效能显示,HIV感染者生存时间1、3年的受试者工作特征曲线下面积分别为0.840(95%CI=0.690~1.000)和0.870(95%CI=0.730~1.000)。结论多个硒蛋白基因差异表达水平下调,参与调控HIV感染和母婴传播过程;其中,TXNRD3基因异常高表达与是否HIV感染呈正相关,为艾滋病防治、诊疗提供了新思路。
- 戚燕张荣强张灵芝李晶陈雪芹付国涛李灵兰李秀芹
- 关键词：人类免疫缺陷病毒母婴传播LOGISTIC回归列线图
- 绝经后骨质疏松症患者基因表达谱的改变被引量：1
- 2018年
- 目的利用基因芯片公共数据库中RNA标本芯片数据,分析绝经后骨密度降低程度不同的骨质疏松症患者外周血基因表达谱及分子网络变化。方法从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载美国奥马哈20名绝经后妇女的外周血RNA标本基因芯片数据,利用基因云、基因大数据分析(Gene-Cloud of Biotechnology Informs,GCBI)实验平台、Gen Clip2.0、Sytoscape 3.5.1等软件,筛选差异表达基因。结果差异基因主要涉及MAPK调节、细胞内信号转导的调控、细胞运动、免疫效应等生物学功能。基因网络中以MAPK3、ARRB2、STK11、USP9X、MYO1C、GTF2H1等基因degree值较大,基因MAPK3、ARRB2、STK11、MYO1C、GTF2H1在不同骨密度人群中表达差异有统计学意义(P<0.05),其中基因MAPK3、ARRB2、STK11和MYO1C诊断价值有统计学意义(P<0.05)。结论 MAPK3、ARRB2、STK11和MYO1C基因为蛋白网络核心节点。MAKP3和ARRB2基因与骨质疏松的发生关系密切。
- 孙娜史传道张荣强张帆李星慧张章
- 关键词：骨质疏松基因表达生物信息学
- 陕西省咸阳市健康人群麻疹抗体水平监测及免疫效果流行病学评价被引量：3
- 2017年
- 目的动态监测咸阳市健康人群麻疹抗体水平,并对麻疹相关疫苗的免疫效果进行流行病学评价。方法 2012-2015年,随机抽取咸阳市1 135例健康人群,采用酶联免疫吸附试验(enzyme-llinked immunosorbent assay,ELISA)检测麻疹抗体光密度(optical density,OD)值;并收集调查对象的免疫史情况,采用Logistic回归对麻疹相关疫苗进行流行病学评价。结果 2012-2015年调查对象的麻疹抗体OD值随年份略有下降趋势,在男女之间差异均无统计学意义(均有P>0.05),OD值在2~3岁最高,随年龄增长有下降趋势;2012-2015年咸阳市健康人群麻疹抗体阳性率分别为:98.91%、96.81%、96.46%、85.11%;经Logistic回归分析,麻疹疫苗和麻腮风疫苗联合使用及麻疹疫苗单独使用对机体均具有明显的保护作用(麻疹疫苗+麻腮风疫苗+:OR=0.123,95%CI:0.046~0.328;麻疹疫苗+麻腮风疫苗-:OR=0.109,95%CI:0.043~0.281)。结论咸阳市健康人群中虽已建立起免疫屏障,但麻疹抗体监测及查漏补种工作仍不能松懈;麻疹疫苗是基础疫苗,对麻疹抗体的形成是必要的,麻腮风疫苗可作为强化疫苗,不能单独使用。
- 张荣强谭姣韩莉欣刘启玲孙娜李凤英
- 关键词：麻疹麻疹疫苗抗体
- 人类免疫缺陷病毒合并结核杆菌感染者外周血差异表达基因的生物信息学分析被引量：1
- 2017年
- 目的分析人类免疫缺陷病毒(HIV)/结核杆菌(TB)感染者外周血基因的生物学网络调控机制及关键蛋白,为HIV/TB感染者的早期诊断和临床治疗提供新依据。方法从基因芯片公共数据库GEO中下载了22例南非HIV感染者和22例HIV/TB感染者的外周血基因芯片数据,将数据导入分析软件QOE、STRING、PANTHER、GenClip等,分析两组患者的基因表达谱、蛋白相互作用网络、分子生物学过程、基因功能等,寻找区别两类患者的关键节点基因。结果两组患者15 529个基因的表达谱相似,44名受试者的基因表达谱具有高度关联性;251个(1.62%)差异表达基因对诊断HIV/TB感染具有良好的诊断能力;RPLP1是蛋白-蛋白相互作用图谱子网络的核心节点;差异表达基因与正向调节外界刺激、细胞内信号通路的转导、中性粒细胞的迁移、人体免疫等有关,主要参与自由基相关凋亡、炎性反应等通路的活化。结论共发现251个差异表达的基因可将单纯HIV感染和HIV/TB感染进行区别,其中差异表达的前40个基因的蛋白-蛋白相互作用网络中所包含的RPLP1基因可能与HIV/TB感染密切关联,主要涉及正向调节外界刺激、细胞内信号通路的转导、中性粒细胞的迁移、人体免疫等生物学功能,为HIV/TB感染的诊断和治疗提供了一定的参考依据。
- 张荣强刘启玲孙娜康武林袁普卫
- 关键词：人类免疫缺陷病毒结核杆菌差异表达基因生物信息学
