复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系
- 作品数：12 被引量：33H指数：2
- 相关作者：董欣然王潇孙慧倪琦王新格更多>>
- 相关机构：南京林业大学理学院应用数学系南京林业大学理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学理学医药卫生更多>>
- 基于相关个体拷贝数变异数据的趋势检验及在孤独症数据中的应用
- 2020年
- 拷贝数变异是人类基因组遗传多样性的重要组成部分,是当前的研究热点.然而相应的关联研究方法不多,尤其是个体有血缘关系时.本文基于相关个体,在Cochran-Armitage趋势检验的基础上,针对拷贝数变异数据是可基因分型和不可基因分型两种情形,推导出检验方法MTT.随机模拟结果表明:MTT方法具有良好的功效表现,适用范围更广.同时,本文比较了不同数据采集方案对MTT功效的影响,结果表明相关病例不相关对照具有较高的性价比.运用MTT分析孤独症真实数据,检测出与疾病显著相关的拷贝数变异位点和相关基因,基因功能富集分析和文献检索说明了结果的可靠性,这为后续研究提供了指引.
- 吕梦轩王昱泉胡跃清
- 关键词：拷贝数变异孤独症
- 小鼠心脏发育中RNA编辑的动态变化及影响
- 2021年
- 目的探讨RNA编辑在小鼠心脏发育过程中的动态变化并对其功能影响进行分析预测。方法从ArrayExpress数据库获取小鼠心脏发育的转录组数据(E-MTAB-6798),使用SPRINT和ANNOVAR工具识别和注释RNA编辑位点,从编辑酶表达水平、编辑位点数、样本编辑水平和编辑指数方面描述RNA编辑的动态变化,并通过差异编辑及共编辑网络分析探究RNA编辑的功能和意义。结果在55个样本中共识别出122554个非冗余的RNA编辑位点,样本的编辑水平和编辑指数在小鼠心脏发育过程中变化明显,且出生两周后样本中的RNA编辑更加特异。心脏发育过程中差异编辑的位点可能通过影响miRNA与mRNA的结合调控着免疫相关基因的表达。与心脏整个发育过程显著相关的共编辑模块显示与趋化因子配体2的产生和编码心脏肌球蛋白α重链亚基的Myh6基因有关。结论RNA编辑可能影响着小鼠心脏发育过程中的免疫活动,并且影响着Myh6等基因的正确编码。
- 彭瑛张峰
- 关键词：RNA编辑心脏发育转录组腺苷脱氨酶
- 阿尔茨海默症靶基因及其药物的预测研究被引量：2
- 2018年
- 阿尔茨海默症(AD)是一种起病隐匿的进行性发展的神经系统退行性疾病.目前用于治疗AD的药物主要改善患者的认知功能,延缓疾病的进展.目前,这类药物的研制和开发方兴未艾,新药层出不穷.遗憾的是,几乎所有的药物都未能使患者广泛受益.本文一方面从现有用于治疗AD的药物出发,利用DrugBank数据库挖掘AD的靶基因,通过使用DAVID、GenePANDA等数据资源和生物工具,预测得到30个用于治疗AD的靶基因或与AD直接相关的基因,如目前未被充分研究的AD靶基因GPER1、SSTR4、GALR2等.另一方面,基于预测靶基因方法,通过DrugBank数据库预测的可潜在用于AD治疗的药物,如神经类治疗药物中的阿米替林、奥氮平、氯氮平、阿莫沙平、α-氨基异丁酸和组胺6种药物,在非神经类治疗药物中有地塞米松、吲哚美辛、舒林酸和酮洛芬4种药物.
- 侯吉侯吉李小林
- 关键词：阿尔茨海默症靶基因网络
- 罕见变异关联分析中的统计方法研究进展
- 2017年
- 二代测序数据的持续增多以及全基因组关联分析存在着只关注常见变异对表型影响的缺陷,使得研究人员开始考虑罕见变异对表型表达的影响。近年来,涉及罕见变异关联分析的统计方法研究成为一个活跃的领域,大批统计检验方法被相继提出。然而,大多数方法没有得到全面详细的比较和分析。因此,缺乏对现有方法的评价以及对它们如何使用的指导。本文对该领域的一些具有代表性的方法做一全面的综述,并介绍一些最新的研究进展。
- 朱德刚刘应安夏业茂韩秋红
- 关键词：全基因组关联分析
- 基因功能富集分析的研究进展被引量：9
- 2016年
- 基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段,对于揭示生物医学分子机制具有重要意义.目前已有上百种基因功能富集分析的方法和工具.根据所解决的问题和算法的原理,这些方法可大体分为过代表分析、功能集打分、基于通路拓扑结构和基于网络拓扑结构4大类.本文对这4大类方法的原理及其中的典型方法进行了综述,并讨论了基因功能富集分析结果的冗余性问题及建立标准数据集的必要性.
- 王潇尹天舒李柏逸江熹霖孙慧窦亚光倪琦田卫东
- 关键词：冗余性
- 调整协变量的多位点关联分析方法及其在酗酒数据中的应用
- 2021年
- 复杂疾病的发生与个体的遗传变异和环境协变量密切相关.在进行遗传位点与性状的关联分析时,环境协变量起着重要作用.如果处理它们的方法不当,可能会带来分析结果的偏差或是检验功效的降低.针对多位点遗传变异信息,我们在整合连锁不平衡信息的检验方法SLIDE的基础上,提出了对基因型用倾向得分进行逆概率加权的调整协变量关联分析方法SLIDE_(a).随机模拟结果表明,当协变量既与基因型相关又与性状相关时,SLIDE_(a)可以有效控制住第一类错误率.同时,当致病位点包含常见变异,多位点对性状效应方向不一致或位点与协变量存在交互作用时,SLIDE_(a)具有优越性.随后我们将SLIDE_(a)应用于COGA酗酒相关数据分析中,找到了OPA3,OXTR等数个与酒精成瘾性相关的基因,这展示了SLIDE_(a)的有效性并为后续的生物学研究提供理论指引.
- 邓舒方王昱泉胡跃清
- 初始编码及最大序列号均未知时总体容量的估计被引量：1
- 2019年
- 实际生活中,很多产品的序列号是连续的,估计出最大序列号就知道产品的总产量.例如二战中德军坦克数量的估计就是初始编码为1时最大序列号的估计.但在很多商业活动中,需要估计某产品在某个时间段的产量.本文研究这种初始编码及最大序列号均未知时总体容量的估计问题,从不同角度提出6个估计量:有放回抽样时极大似然估计量以及它的Jackknife法、近似法、迭代法及区间长度法得出的相应估计量及无放回抽样时的最小方差无偏估计量,然后通过大量随机模拟来评价这6个估计量的无偏性和均方根误差的相对大小.模拟结果表明:极大似然估计在小样本时表现欠佳,Jackknife法确实可以改进偏倚,后4个估计量的表现不论是有放回还是无放回抽样均相差不大,最小方差无偏估计量在无放回抽样时表现最佳.
- 李亚男王昱泉陈国蓝胡跃清
- 关键词：极大似然估计最小方差无偏估计
- 一种基于基因组甲基化探针的肺腺癌诊断模型
- 2017年
- 由于肺腺癌早期病征不够明显,传统的检测方法难以达到早期临床诊断的要求.目前,基于甲基化分子标记进行癌症的早期诊断则展现出很好的发展前景.本研究在训练集中筛选出在肺腺癌与正常样本中甲基化差异度最大的10个甲基化探针,并基于此构建广义线性诊断模型,同时引入Lasso方法进行模型的变量选择.最终得到由4个探针(分别对应于基因TRIM58、HOXA9、HOXB4、PRAC)作为变量的诊断模型,并提供了合理的分类阈值区间.在3个测试集使用该模型都表现出很好的诊断效果,ROC曲线的AUC均在0.99以上.
- 窦亚光田卫东
- 关键词：肺腺癌甲基化探针广义线性模型
- 基于病例对照组的检验差异甲基化基因功能区域的方法
- 2017年
- DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰,能够参与基因表达调控从而影响生理活动.在病例-对照组研究中,利用甲基化水平定位与疾病相关联的基因功能区域,有助于了解甲基化调控基因表达的机制,为后续研究提供疾病关联基因的线索.目前检验甲基化差异区域的方法存在一定不足:一是缺乏定义差异甲基化区域的统一标准;二是检测结果存在横跨多个基因功能区域的现象,难以进行生物学解释.本文基于得分检验(Zscore test)提出了以基因功能区域为单位的检验差异甲基化水平的方法cZST.该方法的特点是依靠位点物理距离和染色体全局信息修正协方差矩阵.模拟研究表明cZST在亚硫酸氢盐测序数据样本量小、读数低、扰动位点多的情形下具有高功效,且优于现有方法.将cZST运用到乳腺导管癌真实数据中,检测出与疾病显著相关的661个基因功能区和81个单位点.基因注释分析说明了cZST方法的有效性,并发现Dbl、Pleckstrin基因家族及Rho调控基因的甲基化与乳腺导管癌紧密相关,为后续研究提供指引.
- 马欣宇王婵胡跃清
- 用基因互作网络识别胰腺导管腺癌基因生物标记
- 2016年
- 胰腺导管腺癌(PDAC)是全球高致死率癌症中的一种.PDAC基因生物标记的识别可以通过构建基因互作网络完成.利用蛋白质互作网络来分析与研究基因表达芯片数据,构建出PDAC基因互作网络并对其划分基因模块,进而筛选出在模块中的PDAC差异性表达基因.通过筛选在癌症样本和正常组织样本中共表达的基因对,并利用STRING蛋白质互作网络评估基因功能相关性,构建出具有PDAC特异性的基因互作网络.利用iNP算法进行网络模块化分,在每一个模块中,模块内基因都具有强的共表达特性和模块功能相关性.通过筛选,获得了34个基因模块,其中20个在癌症样本中表达明显上调,14个在癌症样本中表达明显下调.从这些模块中又筛选出在PDAC样本中表达上调的10个基因生物标记,如DMBT1、DSC3等和表达下调的10个基因生物标记,如DLG5、NRCAM等.
- 王新格田卫东
- 关键词：胰腺导管腺癌
