史晓丽 作品数:12 被引量:36 H指数:4 供职机构: 中国水产科学研究院黄海水产研究所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家现代农业产业技术体系建设项目 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 医药卫生 更多>>
中国明对虾FBA基因克隆及其在白斑综合征病毒感染中的表达及功能分析 被引量:4 2018年 醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5~′UTR长79 bp,3~′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节肢动物的FBA聚为一类,与卤虫(Artemia franciscana)、家蚕(Bombyx mori)、沙漠蝗(Schistocerca gregaria)的相似度分别是86%、79%和78%。荧光定量PCR结果显示,Fc FBA在肌肉中的相对表达量最高,肝胰腺中最低。WSSV感染后,该基因在鳃、肝胰腺和肌肉中呈现出不同的时空表达特点。ds RNA干扰24 h以后,抑制效率达到最大。与PBS对照组相比,Fc FBA干扰组(ds RNA组)加快了对虾染病后的死亡速度。本研究表明,Fc FBA基因可能参与了中国明对虾生物胁迫的应答反应。 史晓丽 孟宪红 孟宪红 栾生 孔杰 曹宝祥 栾生 陈宝龙关键词:中国明对虾 基因克隆 基因干扰 不同温度下凡纳滨对虾和中国明对虾对白斑综合征病毒(WSSV)耐受性比较 被引量:2 2018年 本研究分别对凡纳滨对虾"壬海1号"(Litopenaeus vannamei"Renhai No.1")和中国明对虾"黄海2号"(Fenneropenaeus chinensis"Huanghai No.2")在3种温度条件下(24℃、28℃和32℃),采用单尾定量口饲感染白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)的方法进行感染实验,比较2种对虾在不同温度情况下对WSSV的耐受性差异(L代表凡纳滨对虾,F代表中国明对虾)。结果显示,L-24℃和F-24℃组的平均存活时间分为(184.05±69.56)h和(101.68±38.45)h;L-28℃和F-28℃组的平均存活时间分别为(100.25±26.79)h和(73.38±22.22)h,相同温度组内均存在显著性差异(P<0.05);截至第15天,L-32℃和F-32℃组的存活率分别为45.74%和23.47%。3个温度组对虾在50%的死亡率时的存活时间分别为178 h和98 h、98 h和74 h、292 h和78 h;死亡高峰时间分别为第5天和第4天、第5天和第4天、第10天和第4天。另外,分别在感染后的12 h、1 d、2 d、3 d、4 d、5 d、6 d、7 d、15 d共9个时间点对每组对虾进行活体取样,利用实时荧光定量RT-PCR技术对其进行病毒载量检测,从对虾体内肌肉组织病毒载量的角度探寻不同对虾抗病性能的差异。6 d时,L-24℃和F-24℃组对虾肌肉内病毒载量分别达到(2.97×10~6±7.44×10~6)和(8.08×10~6±3.22×10~6)copies/ng DNA,差异极显著(P<0.01),L-28℃和F-28℃组分别达到(6.73×10~6±1.49×10~6)和(1.20×10~7±6.15×10~5)copies/ng DNA,差异极显著(P<0.01);15 d,L-32℃和F-32℃组分别达到(5.18×10~4±4.32×10~4)和(3.78×10~4±8.97×10~4)copies/ng DNA,差异显著(P<0.05)。研究表明,2种对虾在3种温度环境下感染WSSV后,凡纳滨对虾耐受WSSV能力要高于中国明对虾;不同温度下同种对虾肌肉体内WSSV的增殖能力从强到弱依次为28℃组、24℃组和32℃组。 冯亚萍 孔杰 孔杰 栾生 罗坤 史晓丽 栾生 王明珠 李旭鹏 董丽君 史晓丽关键词:凡纳滨对虾 中国明对虾 不同温度 耐受性 中国明对虾caspase2基因克隆及其在抗白斑综合征病毒中的表达分析 被引量:2 2016年 采用RACE技术克隆获得中国明对虾caspase2基因cDNA序列全长,并对该序列进行分析。结果显示,中国明对虾caspase2基因全长为1517 bp,开放阅读框长924 bp,5'非编码区长78 bp,3'非编码区长515 bp,命名为FcCasp2。推测该基因编码307个氨基酸,预测分子量为34.21 ku,理论等电点为7.62。同源性和系统进化分析发现,FcCasp2基因与凡纳滨对虾caspase2和斑节对虾caspase的相似性分别为88%和80%,与其他节肢动物caspase家族基因聚为一类。荧光定量RT-PCR结果显示,FcCasp2基因在肝胰腺中的相对表达量最高,在肌肉中表达量最低。WSSV感染后该基因在中国明对虾肌肉、肝胰腺和鳃丝中的表达量有不同的时空表达趋势,表明FcCasp2基因可能参与中国明对虾生物胁迫的应答反应。 邓康裕 史晓丽 张莹雪 孟宪红 孔杰 罗坤 栾生关键词:中国明对虾 基因克隆 基于454高通量转录组测序数据的中国对虾抗WSSV相关SNP筛选及基因克隆 采用Roche454GS FLX测序系统,对中国对虾'黄海2号'新品种进行了WSSV抗性和敏感个体(各3尾)转录组的高通量测序。共获得451,637条高质量序列,平均长度212bp。利用CAP3软件对序列进行拼装,共获得... 孟宪红 孔杰 逄锦菲 李旭鹏 史晓丽 罗坤 栾生关键词:中国对虾 SNP 基因克隆 利用高密度基因芯片发掘中国对虾与WSSV侵染相关基因 以1355尾"黄海2号"中国对虾为实验对象,进行WSSV人工口饲感染(专利ZL201210107377.8),分别在感染初期(48-96 h)、高峰期(168-192 h)和后期(264-288 h)对病毒含量低的存活对... 孟宪红 史晓丽 孔杰 罗坤 栾生 卢霞关键词:WSSV 基因芯片 热灭活WSSV诱导的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)在不同温度下的免疫致敏反应 被引量:4 2017年 本研究拟探究经热灭活的白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)能否诱导中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)产生免疫致敏反应。将具有典型白斑综合征症状的对虾肌肉剁碎后经60℃灭活1h,采用单尾定量口饲的方法,连续6d投喂不同水温条件(15℃、23℃、28℃、32℃)下的实验组对虾(E_(15℃)、E_(23℃)、E_(28℃)、E_(32℃);同时设置常温(23℃)条件下阳性对照组C_(23℃)(投喂未经灭活的WSSV毒饵)、对照组CF_(23℃)(只投喂商业配合饲料)。在实验第13天对存活个体进行第二次人工WSSV感染,结果显示,WSSV经60℃处理1h可彻底失活,表现为连续投喂6d至第二次人工感染期间无对虾死亡,而阳性对照组C_(23℃)死亡率为100%。截止实验第19天,E_(15℃)、E_(23℃)、E_(28℃)、E_(32℃)各组存活率分别为80.41%、33.29%、8.47%、16.43%,CF_(23℃)组的存活率为8.89%,E_(15℃)组与其他各实验组差异极显著(P<0.01),E_(23℃)与CF_(23℃)、E_(28℃)、E_(32℃)组差异显著(P<0.05),E_(28℃)和E_(32℃)组差异不显著(P>0.05);对各组实验材料进行WSSV绝对荧光定量检测,结果显示,经热灭活WSSV诱导的中国明对虾二次感染WSSV后,28℃环境下病毒增殖速度最快,高温(32℃)和低温(15℃)都会不同程度抑制WSSV的增殖速度。实验表明,热灭活WSSV可以诱导中国明对虾产生免疫致敏反应,对受WSSV感染的中国明对虾具有一定的保护作用;温度与WSSV的增殖速度密切相关。 曹家旺 孔杰 罗坤 栾生 曹宝祥 史晓丽 卢霞 冯亚萍 王军 王明珠 孟宪红关键词:白斑综合征病毒 中国对虾甘氨酸脱羧酶的基因克隆、表达及其与抗WSSV的关联分析 被引量:1 2019年 本研究采用RACE技术克隆获得中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)甘氨酸脱羧酶基因(Fc GLDC)的全长cDNA及DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,FcGLDC基因的cDNA全长为3481 bp,其中,ORF为2829 bp,5¢UTR长17 bp,3¢UTR长86 bp。完整的阅读框编码942个氨基酸,分子量为104.66 kDa,预测的理论等电点为6.51。FcGLDC基因DNA序列全长共4964bp,包含12个外显子和11个内含子。同源性及系统进化分析显示,FcGLDC基因与节肢动物的GLDC基因聚为一类;氨基酸序列比对发现,Fc GLDC基因的蛋白序列与节肢动物的相似度最高,与内华达白蚁(Zootermopsis nevadensis)、体虱(Pediculus humanus corporis)和白纹伊蚊(Aedes albopictus)的相似度分别为71%、68%和68%。在鳃、肝胰腺和肌肉中的荧光定量PCR结果显示,FcGLDC在肌肉中的相对表达量最高,鳃中最低。WSSV感染后,该基因在鳃、肝胰腺和肌肉中呈现出了不同的时空表达特点。使用直接测序法结合质谱法,在该基因内部发现4个SNP位点,但是各位点与抗WSSV性状均不相关(P>0.05)。本研究表明,FcGLDC基因在对虾感染WSSV后的应答反应中或起一定作用。 史晓丽 张莹雪 张莹雪 孔杰 孟宪红 罗坤 孔杰 曹家旺 栾生关键词:中国对虾 基因克隆 聚β-羟基丁酸酯对中国明对虾抗WSSV能力的影响 被引量:9 2014年 为探索聚β-羟基丁酸酯(PHB)对感染白斑综合征病毒(WSSV)的水生动物存活率、病毒含量的影响,实验采用单因子浓度梯度法,对感染WSSV的中国明对虾投喂添加了不同浓度聚β-羟基丁酸酯(0.0%、0.5%、1.0%、2.5%、5.0%、10.0%)的饵料,统计相同时间点对虾死亡数量、存活率、相对免疫保护率(RPS),并利用real-time PCR测定死亡对虾体内病毒绝对含量。结果显示,PHB对中国明对虾存活率、平均存活时间及体内病毒拷贝数均有一定影响,主要表现在与对照组(0.0%)相比,随PHB浓度的升高,实验组对虾存活率和平均存活时间呈现先上升后下降趋势。各组平均存活时间为82.23、90.71、95.55、91.15、85.56及79.40 h,1.0%浓度组实验对虾平均存活时间与0.5%及2.5%浓度组无显著差异(P>0.05),但是显著高于其余各组(P<0.05);各组累计死亡率均为100%。另外还发现各组平均病毒拷贝数为1.08×107,1.15×107,4.75×107,1.27×107,1.14×107,3.29×106个/ng DNA;对照组与1%浓度组病毒含量具有显著差异(P<0.05)。结果表明,PHB能提高中国明对虾抗WSSV的能力且1%PHB浓度为最适浓度。 邓康裕 孔杰 孟宪红 罗坤 曹宝祥 刘宁 栾生 史晓丽 李旭鹏 曹家旺关键词:中国明对虾 聚Β-羟基丁酸酯 存活率 白斑综合征病毒 实时荧光定量 基于转录组分析筛选凡纳滨对虾低温胁迫下的差异表达基因 被引量:14 2019年 凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina HiSeq 2500测序,对测序原始数据进行拼接、注释,以及筛选分析低温胁迫下的差异表达基因。结果显示,测序共获得50921条基因(unigene),平均长度为828 bp, N50为1589 bp,其中28.13%为已知基因。基因差异表达分析共筛选得到243个低温胁迫相关基因,其中89个上调表达, 154个下调表达。功能富集分析发现,差异表达基因多富集在生物结合和催化过程、过氧化物酶、溶酶体、精氨酸和脯氨酸的代谢以及氨基酸的生物合成途径中。进一步根据Q-值共筛选出10个差异表达最显著的基因,其中ATP结合盒B亚家族6转运蛋白基因(ATP-binding cassette sub-family B member 6, ABCB6)、C型凝集素基因(C type lectin)、谷氨酰胺合成酶基因(glutamine synthetase, GS)在低温胁迫下均呈下调表达,推测可能参与了凡纳滨对虾低温应答反应。利用Real time RT-PCR验证转录组数据,结果证明基于转录组测序筛选低温胁迫下的差异表达基因是可行的。本研究为揭示凡纳滨对虾耐低温分子调控机制提供了基础数据和理论依据。 董丽君 孟宪红 孟宪红 罗坤 孔杰 史晓丽关键词:凡纳滨对虾 转录组 低温胁迫 差异表达基因 聚β-羟基丁酸酯对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)非特异性免疫力及氨氮胁迫后免疫基因表达量的影响 被引量:7 2015年 以凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)为研究对象,探讨饲料中添加聚β-羟基丁酸酯(Poly-β-hydroxybutyrate,PHB)对其非特异性免疫能力的影响。采用单因子浓度梯度法,在基础饲料中分别添加1.0%、2.5%和5.0%的PHB配制成实验饲料,饲喂21 d后测定对虾免疫酶活性,选择最佳浓度组与空白对照组进行氨氮胁迫实验,测定对虾丙二醛(MDA)含量,同时利用RT-PCR技术测定氨氮胁迫48 h内对虾免疫基因表达水平,观察PHB对免疫基因表达量的影响。结果显示,总抗氧化能力(T-AOC)随PHB浓度升高呈现先上升后下降的趋势,血液、肝胰腺及鳃丝中T-AOC分别在2.5%、2.5%及1.0%PHB浓度时达到最高;PHB对肝胰腺中超氧化物歧化酶(SOD)活力无显著影响,血淋巴及鳃丝中SOD活力在最高浓度组(5.0%PHB)与对照组之间差异显著(P<0.05);过氧化物酶(POD)和溶菌酶(LZM)在鳃和肝胰腺中的活力于PHB浓度为1.0%和2.5%时达到最高,其中POD相对于对照组分别提高了7.63倍和0.68倍,LZM活力分别提高了0.88及0.18倍。氨氮胁迫实验结果显示,对虾经PHB饲喂后,体内免疫基因表达量高于对照组,且体内MDA含量低于对照组。综上结果说明,PHB能提高凡纳滨对虾非特异性免疫能力。 邓康裕 孟宪红 孔杰 张恒恒 史晓丽 曹家旺 罗坤 栾生 曹宝祥 刘宁关键词:凡纳滨对虾 聚Β-羟基丁酸酯