叶文
- 作品数：35 被引量：159H指数：8
- 供职机构：长沙市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：湖南省医药卫生科研计划课题湖南省自然科学基金长沙市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生轻工技术与工程更多>>
- 长沙市柯萨奇病毒A2型和A5型全基因组序列特征分析
- 2022年
- 目的 了解长沙市柯萨奇病毒A2型(coxsackievirus A2, CV-A2)和A5型(coxsackievirus A5, CV-A5)的序列分子特征及进化趋势。方法 采用二代测序技术获得CV-A2和CV-A5的全基因组序列,进行同源性和进化树分析,使用SimPlot查看毒株序列重组区域。结果 获得长沙市2019年手足口病常规监测病例中CV-A2和CV-A5毒株全基因组序列。CV-A2毒株命名为S281/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 422 bp。CV-A5毒株命名为S272/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 425 bp。CV-A2全基因组序列与国内CV-A2毒株进行同源性分析发现,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。CV-A2毒株与原型株Fleetwood(NC038306)相比同源性为79.20%,与湖北省CV-A2毒株(MN419014)同源性最高为95.60%,但非结构蛋白3C和3D区同源性最低,分别为90.51%和92.06%。进化树分析发现3C和3D区位于CV-A4分支。非结构蛋白区新增多个氨基酸突变位点,结构蛋白区氨基酸序列保守。基因重组分析发现CV-A2毒株在3C和3D区存在重组现象。对CV-A5全基因组序列分析发现,与国内CV-A5毒株相比,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。全基因组序列与CV-A5原型株Swartz(AY421763)相比同源性为80.7%,与澳大利亚毒株(MH111030)相比同源性最高为97.43%,进化树分析发现与MH111030位于同一分支,证明CV-A5为输入型毒株。CV-A5毒株结构蛋白区氨基酸序列保守。结论 长沙市CV-A2毒株为重组毒株,CV-A5毒株为国外输入型。本研究可帮助了解长沙地区CV-A2和CV-A5的全基因组特征,为了解柯萨奇病毒的进化趋势及遗传特征提供理论数据,以便及时有效地阻断疾病传播。
- 徐明忠黄政欧新华姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：全基因组序列基因重组
- 长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析被引量：6
- 2011年
- 目的了解2010年长沙市手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）重症和普通病例肠道病毒71型（human Enterovirus 71,EV71）VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株（3254-TAI-98）的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性（分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%）;12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性：同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性（92.6%-93.3%和91.8%-92.7%）。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。
- 欧新华张如胜叶文宋克云孙边成陈法明
- 关键词：手足口病肠道病毒71型VP1
- 食品安全常见致病微生物快速检测方法的建立及应用研究
- 宋克云孙边成欧新华张如胜苏良姚栋叶文
- 研究背景、目的、意义：食品安全相关致病微生物的检测和监测主要依靠繁琐费时（3-7天）的传统病原体培养方法，无法满足暴发性食物中毒和食品安全事件快速检测的需要。该研究利用一种便捷、不需要特殊仪器、肉眼可以判断结果的环介导等...
- 关键词：
- 关键词：食品安全检测试剂盒
- 2017年—2021年长沙市游泳池水微生物监测结果分析被引量：2
- 2022年
- 目的 了解长沙市游泳池卫生状况,为改善游泳池水质卫生提供科学依据。方法 据国家标准方法检测2017年—2021年长沙市游泳池水的菌落总数和大肠菌群,并对结果进行统计分析。结果 在2017年—2021年的游泳池水微生物监测结果中,水样共151份,总合格率为76.82%,其中细菌总数合格率为76.82%,大肠菌群合格率为99.34%,不同年份、不同月份合格率差异均无统计学意义(P> 0.05)。按不同区县进行分类比较,3个区县高于长沙市合格率,5个区县低于长沙市合格率,合格率最高的是望城区,合格率最低的是雨花区和高新区,差异有统计学意义(χ~2=16.12,P<0.05)。结论 长沙市近5年游泳池水的微生物污染情况未有效改善,需要进一步努力,做好监测依然是一件长期而艰巨的工作。
- 张玉娟袁洁叶文张福生刘晓蕾张劲夫
- 关键词：游泳池水细菌总数大肠菌群监测分析
- 一起水型暴发感染性腹泻的病原学检测结果报告被引量：5
- 2006年
- 目的水型暴发流行的病原菌检测。方法采集本次水型暴发流行的肛拭子10份,各种水样8份。参照GB/T4789-2003;GB17012-1997附录A;GB15984-1995;GB18466-2001进行检验。结果10份肛拭子中检出4份ETEC O_(25)K_(19)(L)占40%,8份水样中检出ETEC O_(25)K_(19)(L)2份,占25%。结论本次水型暴发流行是由产肠毒素大肠埃希氏菌ETECO25K19(L)引起的感染。
- 袁洁叶文苏良杨柳青李莎
- 关键词：病原学检测
- 长沙地区1株重组柯萨奇病毒A4基因型的全基因组序列分析被引量：2
- 2021年
- 目的对湖南省长沙市手足口病患儿咽拭子中分离的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株进行全基因组序列及分子进化特征分析。为手足口病的疫情防控提供理论数据支持。方法利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞对2019年6月长沙市常规监测的手足口病病例咽拭子标本进行病毒分离,提取病毒RNA序列进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),并利用Illumina二代测序技术对其进行全基因组序列测定,利用MEGA 6.0构建系统进化树,用BioEdit和Simplot软件进行重组和进化分析。结果手足口病患儿的咽拭子中分离的CV-A4毒株为1株重组毒株,毒株命名为S270/Changsha/CHN/2019(简称S270),序列全长为7454 bp。基于核苷酸序列的进化树结果表明,S270毒株的结构蛋白区域(P1)属于CV-A4分支,非结构蛋白区域(P2和P3)属于CV-A2分支。S270毒株与AY421762株(简称CV-A4代表株)对比,核苷酸序列P1区的同源性为85.05%;非结构蛋白P2和P3区的同源性为83.90%。全基因组氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为84.7%。VP1区氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为83.8%,氨基酸位点出现A55T和M229T两个突变。重组位点分析发现S270毒株全基因组重组位点发生在2B非结构蛋白区域,位于基因组序列位点约3849 bp位置。结论S270分离株属于CV-A4重组毒株,基因重组位点位于2B区内,属于GI基因群的GIB亚型。
- 欧新华黄政姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：基因重组全基因组序列
- 季节性流感病毒MDCK细胞培养特性研究被引量：2
- 2013年
- 目的了解季节性流感病毒在MDCK细胞上培养第一代血凝试验(HA)阴性的标本,全部盲传后增加的HA阳性毒株数量。方法采集2011年长沙市哨点和暴发疫情流感样病例的鼻咽拭子标本,在MDCK细胞培养第一代HA阴性的,全部盲传,再用HA试验确定增加的阳性毒株数量。结果 2011年766份流感样病例鼻咽拭子标本,MDCK细胞培养第一代HA阳性毒株59份,占全年阳性的56.19%(59/105);MDCK细胞培养第一代阴性,盲传后增加的HA阳性毒株46份,占全年阳性的43.81%(46/105)。流感病毒MDCK细胞培养第一代HA阴性标本经盲传后,流感病毒阳性毒株数可增加43.81%。经Pearson统计软件分析,差异有统计学意义(χ2=14.449,P=0.000)。
- 袁洁叶文欧新华张如胜
- 关键词：流感病毒HA
- 314例手足口病患者病原体检测结果报告被引量：11
- 2010年
- 目的了解长沙市HFMD流行的时间分布和年龄分布特征、不同标本对手足口病实验室诊断的影响,为防治HFMD提供依据。方法用RT-PCR检测EV、CA16和EV71核酸,并应用SPSS16.0统计软件包对数据进行分析。结果 314例病例中男180例、女134例,平均年龄(3.04岁±2.72)岁。共检出EV核酸阳性236例,阳性率75.2%(236/314);CA16阳性73例、EV71阳性88例,占EV阳性的30.9%(73/236)和37.2%(88/236);非EV71和CA16感染的其他肠道病毒感染75例,占EV阳性的31.8%(75/236)。2009年4月-2010年2月HFMD疑似病例和EV感染处于较低而平缓的流行趋势,且CA16和EV71感染水平相当并处于交替上升状态,但在2010年3-4月间HFMD疑似病例、EV、CA16、EV71均较前几个月有约十倍的增长,且EV71的罹患率明显高于CA16(χ2=14.36,P<0.01)。结论 HFMD感染多以婴幼儿为主,尤其以6岁以下多见占95.9%,但成人也可罹患HFMD。不同标本对HFMD病原体EV71和CA16的实验室核酸检测有一定的影响,采样以粪便为主,有利于提高HFMD实验室诊断效率。
- 刘业英田斌叶文张如胜
- 关键词：肠道病毒RT-PCR
- 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA及NS基因进化分析被引量：4
- 2017年
- 目的分析2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)及非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进化特征。方法从2014年长沙市活禽市场采集501份环境标本,利用Real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,并对单一H5阳性标本进行核苷酸测序,病毒HA、NA和NS基因测序结果进行在线BLAST分析,利用Mega5和Bioedit软件构建核苷酸进化树和氨基酸(Amino acids,aa)比对。结果从501份环境标本中检出A型H5亚型病毒阳性标本177份(检出率35.33%),其中8份标本经核苷酸测序鉴定为H5N1亚型病毒,进化分析表明大部分H5N1病毒HA基因位于2.3.2分支内,聚集形成一个新亚分支,NA及NS基因位于2.3.2.1b亚分支。HA蛋白受体结合位点aa为QSG,表现为禽流感病毒受体特征;NA蛋白未出现H275Y及N295Saa替换,对神经氨酸酶抑制剂敏感;HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为高致病性的分子特征。结论 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA和NS基因表现为高致病性的分子特征,但不具有对人易感的受体特征,需要进一步监测。
- 张如胜孙边成姚栋叶文陈静芳黄政刘晓蕾欧新华陈发明
- 关键词：活禽市场禽流感病毒H5N1亚型基因
- 2013—2018年长沙市流感病原学监测结果分析被引量：4
- 2021年
- 目的分析2013—2018年长沙市流行性感冒(流感)病例的病原学监测数据,了解长沙市流感活动水平和流行趋势,为流感防控提供科学依据。方法采用SPSS 13.0统计软件对2013—2018年长沙市哨点医院流感样病例(influenza-like illness,ILI)的病原学监测数据进行统计分析。结果2013—2018年长沙市共检测流感样病例咽拭子标本10602份,通过流感病毒分离培养出881株毒株,阳性率为8.3%,两家哨点医院采样阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=15.17,P<0.05)。其中H1N1亚型毒株占25.2%、H3N2亚型毒株占32.6%、B型Yamagata系(BY)毒株占25.8%、B型Victoria系(BV)毒株占16.5%。男性流感病毒分离阳性率(8.3%)稍低于女性(8.4%),差异无统计学意义(χ^(2)=0.029,P>0.05)。0~<5岁组流感病毒分离阳性率最高,为16.3%,60岁以上组分离阳性率最低,仅1.1%,不同年龄组检测阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=388.03,P<0.05)。结论2013—2018年长沙市季节性流感的流行有冬春和夏季两个高峰,高峰时间持续2~3个月,各亚型流感交替成为优势型别。应持续开展流感监测,并加强婴幼儿和老年人疫苗接种。
- 刘晓蕾袁洁叶文裴瑞青欧新华徐明忠
- 关键词：流行性感冒流感样病例病原学监测咽拭子流感疫苗
