柯国涛
- 作品数：5 被引量：14H指数：3
- 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金国家自然科学基金博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：医药卫生理学生物学更多>>
- 用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的相互作用
- 蛋白质分子在细胞活动和生命过程中扮演着非常重要的角色,它通过与配体的相互作用和识别来发挥生物功能。因此,蛋白质受体与配体的相互作用研究,对于生物调控机制的理解以及细胞结构和功能的认识具有重要的意义,并为新药靶点的发现和药...
- 柯国涛
- 关键词：分子模拟HIV-1整合酶病毒DNA抗艾滋病药物
- 文献传递
- HIV-1病毒DNA与整合酶结合后的构象变化被引量：6
- 2008年
- 用分子动力学(MD)模拟方法优化了HIV-1病毒DNA与整合酶(IN)二聚体(IN2)复合物模型结构,并分析了HIV-1病毒DNA结合IN2后的构象变化.结果表明,按照HIV-1病毒DNA与IN2结合能力的强度,病毒DNA可分为五个区域:非结合区、强结合区1、弱结合区、强结合区2和反应区,并用结合自由能计算验证了该分区的合理性.与未结合IN2的病毒DNA相比,复合物模型中病毒DNA除了非结合区碱基外,其它四个区域的碱基构象变化较大.复合物模型中病毒DNA主链较大程度地偏离标准B型DNA以及结合部位的小沟变宽都是识别IN的结构基础.模拟结果与实验数据吻合较好,为基于HIV-1IN的药物分子设计提供了一定的结构信息.
- 胡建平柯国涛常珊陈慰祖王存新
- 关键词：病毒DNA整合酶分子动力学模拟构象变化
- 用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式被引量：9
- 2008年
- 用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.
- 胡建平柯国涛常珊陈慰祖王存新
- 关键词：HIV-1整合酶病毒DNA分子对接药物分子设计
- 虚拟原子受体表面模型法研究进展
- 2009年
- 有机物的定量结构-活性关系(QSAR)技术,在药物设计中起到了越来越重要的作用.本文总结了QSAR的基本原理与方法,以及虚拟原子受体表面模型法(quasar)的主要理论以及该法建立模型的步骤,及其在药物设计中的应用.本文对于促进面向药物设计QSAR技术的研究和发展,具有一定的指导意义.
- 王存新柯国涛谭建军陈慰祖
- 关键词：定量构效关系遗传算法
- 病毒末端DNA与不同长度HIV-1整合酶四聚体的对接研究(英文)被引量：3
- 2010年
- 整合酶(integrase,IN)是HIV病毒复制周期中的一个重要酶,一般认为,IN是以四聚体形式发挥其生物活性。本文用DOT软件包研究了IN四聚体与8个不同长度病毒末端DNA的结合模式,以及病毒DNA长度对二者识别的影响。结果表明,IN有3个DNA结合区域,其中两个是病毒DNA结合区域,另外一个是宿主DNA结合区域。模拟结果与实验数据吻合较好,本研究为基于整合酶结构的药物研发及整合酶整合机理的研究提供了良好的基础。
- 柯国涛李平胡建平谭建军陈慰祖王存新
- 关键词：分子对接HIV-1整合酶DNA
