毕安定
- 作品数：18 被引量：19H指数：3
- 供职机构：复旦大学生命科学学院遗传学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家杰出青年科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 基于生物信息学的结核杆菌候选药靶基因的分析筛选被引量：3
- 2004年
- 结核分支杆菌(Mycobacteriumtuberculosis,MTB)是结核病的致病菌,MTB基因组和蛋白质组的研究为筛选新的抗MTB药物提供了可能.鉴于前人所做的工作,目前比较一致的意见是:与MTB细胞壁的合成相关的酶类,尤其是与脂肪酸合成和降解相关的酶类,是筛选抗结核杆菌药物的理想靶标.选取与脂肪酸合成、分解、转运相关的187个基因,分析blast结果,剔除与人和其他生物(如大肠杆菌等)蛋白序列相似性大于60%的基因.利用相关生物软件挑选出至少有一个糖基位点且具有溶剂可及性的抗原基因9个.本研究为以后分析药靶基因编码蛋白质的三维结构、利用现有的生物技术和有关的化合物对候选药靶进行功能研究、在细胞水平加以验证打下基础.
- 赖煦卉毕安定王洪海
- 关键词：药靶靶基因选药结核杆菌酶类
- 人 reticulon 4c(RTN4c)的cDNA克隆与组织表达谱分析
- 2000年
- ＲＴＮｓ（ｒｅｔｉｃｕｌｏｎｓ）是一个与神经内分泌细胞生长、分化有关联的基因家族，迄今已发现了ＲＴＮ１，ＲＴＮ２和ＲＴＮ３等３个成员，其中ＲＴＮ１和ＲＴＮ２已被证明分别具有３种不同长度的转录本以一个与小细胞肺癌发病机制有关的 ＲＴＮ１ｃ ｃＤＮＡ为信息探针，通过电子杂交辅助的新基因克隆技术，从人脑ｃＤＮＡ文库中分离到一个长 １６７７ｂｐ的 ｃＤＮＡ，它含有一个编码１９９个氨基酸残基的完整开放阅读框．它的推导蛋白质序列与 ＲＴＮ１Ｃ， ＲＴＮ２Ｃ和 ＲＴＮ３高度同源，同源度分别为６４．４％， ４５．８％和 ５０．０％，故将其命名为 ＲＴＮ４ｃ（ＧｅｎＢａｎｋ注册号为 ＡＦ０８７９０１）． Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交结果显示， ＲＴＮ４ｃ基因的转录本长约 １．８ ｋｂ，它在心、胎盘、肺、脾、胸腺、睾丸、卵巢、小肠和白细胞等组织中几乎不表达，在胰腺、前列腺和结肠中仅有极少量表达，但在骨骼肌、脑、肝、肾中大量表达．此外，Ｎｏｒｔｈｅｒｎ结果还显示，在除肝脏和骨骼肌之外的１４种组织中均存在另一种约２．３ ｋｂ的转录本；在脑、骨骼肌和睾丸组织中则还存在一种约 ５．０ ｋｂ的转录本．通过电子杂交步移，发现了两个与上述５．０和 ２．３ ｋｂ转录本长?
- 毕安定余龙张民周奕赵寿元
- 关键词：CDNA克隆组织表达谱肺癌
- 人类结缔组织生长因子相关基因Hu mCyr61的染色体定位与表达谱分析
- 2001年
- 程滨毕安定
- 关键词：结缔组织生长因子细胞因子基因表达谱分析染色体定位
- 人类细胞因子信号传导抑制因子基因humSOCS-2的分离与克隆
- 1999年
- 采用国际GenBankEST数据库同源筛选的策略 ,筛选到 1个与小鼠细胞因子信号传导抑制因子基因mmSOCS 2高度同源的EST( gb/AA1 1 5 2 39) ,在人胎盘cDNA分子库中PCR获得与之序列一致的cDNA片段 ,以该片段为探针在人胎盘cDNA分子库中步移获得一长1 0 1 1bp的cDNA片段 ,包含一个长 5 94bp的开放阅读框 ,编码了 1 98个氨基酸残基 ,经NCBI数据库检索是一个全新的基因 .同源比较发现其与mmSOCS 2的氨基酸同源性高达 93% ,其SH2 结构域及SOCS盒与相关基因的类似结构也具有较高的同源性 ,从而将其命名为hum SOCS 2基因 ,国际GenBank登记号为gb/AF0 2 0 5 90 .表达谱分析表明该基因在前列腺组织中表达量最高 ,但另 1
- 张民余龙屠强胡培蓉张琪毕安定姜春玲赵寿元
- 关键词：细胞因子信号传导克隆
- 胚胎性横纹肌肉瘤中下调表达基因HumCyr 61的分离与克隆
- 2000年
- 分离和克隆胚胎性横纹肌肉瘤中下调表达基因 ＨｕｍＣｙｒ ６１。方法：利用计算机辅 助的同源扩增策略，成功克隆一个长１８８７ｂｐｃＤＮＡ，并与ＤｅｎＢａｎｋ核酸数据库比较。结果：该基因 与鼠生长因子诱导早期表达的 Ｃｙｒ６１基因同源度为８２％，在蛋白质水平上的同源度高达 ９２％，其 中对高级结构有重大贡献的半胱氨酸和脯氨酸等氨基酸残基高度保守。查新结果还显示，它包括 在胚胎性横纹肌肉瘤细胞系ＲＤ中表达呈下调表达的ｃＤＮＡ片段（ＧｅｎＢａｎｋ接受号Ｚ５０１６８）和前列 腺癌患者良性组织中表达的ｃＤＮＡ片段（ＧｅｎＢａｎｋ接受号Ｙ０９８５９）。此外，该基因与鸡ＣＥＦ－１０基因 和人结缔组织生长因子（ＣＴＣＦ）基因都具有较高的同源度。结论：推测这个新基因很可能是人类的 Ｃｙｒ６１基因，故命名为 ＨｕｍＣｙｒ ６１（ＧｅｎＢａｎｋ注册号 ＡＦ０３１３８５）。
- 程滨毕安定
- 关键词：胚胎性横纹肌肉瘤基因克隆
- 人类Cyr61基因的组织表达谱分析被引量：1
- 2000年
- 目的 预测HumCyr6 1基因的变异剪接转录本 ,并通过分析其在不同组织中的表达谱进行验证 ,以便初步探讨HumCyr6 1基因的功能。 方法 应用计算机辅助的电子杂交步移策略 ,通过对比查询数据库返回的ESTs序列和先前克隆的HumCyr6 1cDNA序列 ,预测了HumCyr6 1基因的变异剪接转录本。将HumCyr6 1基因片段制备探针后与含有人体 8个组织mRNA的MTNI膜杂交 ,进行表达谱分析。结果 计算机预测HumCyr6 1基因存在 3个潜在的变异剪接位点 ,暗示该基因可能具有 3种不同的转录本。Northern杂交结果显示 ,此基因在所检测的 8种组织中除脑组织不表达外 ,其他 7种组织中均存在一种大小基本一致的转录本 ,约 2 .4kb ,该转录本在肾脏和骨骼肌中高度表达 ,在胎盘、心脏、肺脏中中度表达 ,在胰腺、肝脏中低度表达。杂交结果还显示 ,此基因在胰腺和胎盘组织中存在一种约 3.5kb的条带 ,在骨骼肌中存在另一种约 5 .0kb的条带。结论 电子杂交步移预测及Northern杂交结果证实了HumCyr6 1基因变异剪接位点的存在。
- 陈政傅风云毕安定蒋滢张宏来蒋菊香
- 关键词：NORTHERN杂交横纹肌肉瘤
- 人丝氨酸/苏氨酸激酶Ⅱ编码序列、其编码的多肽及制备方法
- 本发明涉及一种新的人基因核苷酸序列。更具体地说,本发明涉及一种新的人丝氨酸/苏氨酸激酶STK2的cDNA序列,该蛋白是Rac蛋白的同系物。本发明还涉及由该核苷酸序列编码的多肽,这些多核苷酸和多肽的应用,以及所述多核苷酸和...
- 余龙戴方彦毕安定范玉新赵寿元
- 文献传递
- 在胚胎性横纹肌肉瘤中呈下调表达的新基因HUMCyr61的分离与克隆被引量：1
- 1998年
- 毕安定余龙张民孙喜元范玉新赵寿元
- 关键词：胚胎性横纹肌肉瘤基因表达
- 人类β-1,4-半乳糖苷转移酶Ⅲ基因的分离与克隆
- 1999年
- 以人、牛、鼠、鸡、蜗牛的β-1,4-半乳糖苷转移酶催化区的编码核苷酸序列为探针,在NCBI GenBank EST数据库中进行同源搜寻,获得若干有高度同源的EST.在拼接序列的两端设计引物,以从人胎盘cDNA文库中PCR扩增获得的片段为探针,在人胎盘cDNA分子库中步移获得一个长1,907bp的cDNA片段,包含一个长1,179bp的开放阅读框(ORF,open reading frame),编码393个氨基酸残基。该基因与已知的人类β1,4-GalTI的氨基酸同源性为43.8%,在蛋白质催化区的同源性更高达60.9%。表达谱分析发现该基因在人体16种组织中均有不同程度的表达,转录本大小约为2.4kb.通过该cDNA人/啮齿类杂种细胞株DNA Southern杂交将该基因定位在1号染色体。
- 张民王小柯胡培蓉屠强毕安定余龙赵寿元
- 关键词：半乳糖苷基因分离基因克隆
- 人类β-1,4-半乳糖苷转移酶基因家族中1个新成员的克隆与表达谱分析
- 1999年
- 应用从EST出发克隆基因家族新成员的策略 ,在人类睾丸组织cDNA文库中分离出 1个新的全长cDNA片段 ,它编码的蛋白产物与 (UDP 半乳糖苷 :N 乙酰基葡萄糖胺 )半乳糖苷转移酶 (GalT)有较高的同源度 .分析表明 ,在其 2 173bp的序列中含有 1个长 10 3 2bp的开放读框 ,编码 3 44个氨基酸 .基于该基因与半乳糖苷转移酶基因家族各成员的同源关系 ,尤其是与G .gallusβ 1,4 半乳糖苷转移酶Ⅰ型(CKⅠ )的关系密切 ,这个基因的蛋白产物被命名为人类 β 1,4 半乳糖苷转移酶同源蛋白Ⅰ型 .Northern杂交发现它在被检测的人体 16种组织中均有表达 ,但丰度各异 .通过与含人单条染色体的人 /啮齿类的杂种细胞DNA进行Southern杂交 ,证明该基因位于 3号染色体上 .
- 范玉新余龙张琪江萤戴方彦陈驰原屠强毕安定许月芳赵寿元
- 关键词：半乳糖苷转移酶克隆
