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焦文倩: 作品数：10 被引量：9H指数：1; 供职机构：中国海洋大学更多>>; 发文基金：国家公益性行业科研专项国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术更多>>

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测序错误和重复序列对无参照基因组单核苷酸多态性分型的影响: 2013年; 单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism—SNP)被认为是揭示遗传变异理想的分子标记,近几年来一系列针对高通量测序平台的技术如RAD,GBS,RRLs,2b-RAD等成为非模式生物尤其是水生动物的de novo SNP标记规模开发和大样本群体遗传研究的有利途径。本文从理论上讨论了测序错误和重复序列因素对de novo SNP分型的影响,并利用模式生物拟南芥RAD模拟数据对理论分析进行了验证。通过理论推导和模拟验证发现测序数据量在15～20X左右时单拷贝区域内SNP被检测的概率大于95%,等位基因的支持度不小于2时能够有效屏蔽掉测序错误对SNP分型的影响(假阳性低于2%),这些为实际数据的de novo SNP分型提供了理论上的指导。; 窦锦壮赵熙强付晓腾焦文倩王南南张玲玲胡晓丽王师包振民; 关键词：DE SNP分型

一种高通量、多种类型分子标记通用的分型技术: 本发明公开了一种高通量、多种类型分子标记通用的分型技术，属于分子生物学领域。采用5’末端生物素标记的杂交模板制备方法，可实现对有单核苷酸多态性，简单重复序列，插入缺失，拷贝数变异等包含不同类型分子标记的目标区域以及外显子...; 包振民王师焦文倩张玲玲胡晓丽郭浩冰陆维; 文献传递

一种基于ADMIXTURE-MCP模型估计水产动物基因组品种组成的新方法: 本发明提供一种基于ADMIXTURE‑MCP模型估计水产动物基因组品种组成的新方法，属于水产动物品种组成领域，方法包括步骤：获得未知品种水产动物基因组SNP标记数据；对参考水产动物进行筛选；估计水产动物基因组品种组成。针...; 王扬帆任强倪萍胡晓丽黄晓婷邢强焦文倩张玲玲王师胡景杰包振民; 文献传递

一种高通量、多种类型分子标记通用的分型技术: 本发明公开了一种高通量、多种类型分子标记通用的分型技术，属于分子生物学领域。采用5’末端生物素标记的杂交模板制备方法，可实现对有单核苷酸多态性，简单重复序列，插入缺失，拷贝数变异等包含不同类型分子标记的目标区域以及外显子...; 包振民王师焦文倩张玲玲胡晓丽郭浩冰陆维

渤海海域褐潮期微型浮游生物多样性的初步研究被引量：9: 2015年; 2009年以来每年夏季在河北省渤海海域爆发大面积的褐潮,致使当地海洋生态系统和水产养殖业遭到严重破坏。褐潮优势藻个体微小(约2μm),难以通过传统的形态学观察进行藻种鉴定,因此可借助于分子生物学方法对其进行鉴定。本研究收集了2011年褐潮爆发期山海关、新开口、乐亭海域3个站位的微型浮游生物样品,建立了微型浮游生物的18S rDNA可变区V9的克隆文库并进行测序,BLAST比对确定序列的分类信息。结果表明,各海域浮游生物的多样性组成不同,山海关海域物种丰富度低于新开口和乐亭。同时发现,抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)在3个站位中均具有较高的丰度,占山海关海域测序总量的74%;多形微眼藻(Minutocellus polymorphus)在3个站位中也均可检测到,在新开口和乐亭海域的丰度较高。以上结果表明,渤海海域的褐潮可能是由这2种褐潮生物共同形成的。; 于杰张玲玲孙妍张璐焦文倩窦怀乾郭浩冰包振民; 关键词：微型浮游生物

一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法: 本发明提供了一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法，包括如下步骤：提取生物基因组DNA，并对其进行生物素标记；设计位点特异性杂交引物LSP1和LSP2，并将LSP2进行5’磷酸化；将LSP1混合物和LSP2...; 包振民王师焦文倩窦锦壮于茜荀小罡张玲玲胡晓丽陆维; 文献传递

由太阳和风供能的汽车防晒防冻两用罩: 一种由太阳和风供能的汽车防晒防冻两用罩，其特征是有一壳体，壳体内装有半导体制冷制热板，它的热端板与壳体内右部的蓄电池的正负极连接；壳体外左侧顶上固定一太阳能板，它与蓄电池的正负极连接。壳体外右侧上部有一小型风向杯，它的三...; 孙烨琪王璐邓安平张议文石婷婷潘莹任霁雯任贾娜赵伟玮郭磊荣小至焦文倩申新黄慧冯翠刘宁周丽聂琰刘宗广廖洪柱孟杜娟李晓宇欧建丽李琳贾敏唐曼关丽莎田芳李相宜王方兴毕鹏鹏王琳牙超韩洋韩洋; 文献传递

一种大量样本同时分型的方法: 本发明提供一种大量样本同时分型的方法，能够通用于多种测序平台的SNP筛查和分型。本发明选用II B型限制性内切酶对提取的基因组DNA进行酶切，并在酶切片段的两端加上接头，且其中一个接头从5'至3'端包括有测序平台的通用测...; 王师焦文倩包振民吕佳付晓腾张玲玲胡晓丽; 文献传递

一种基于ADMIXTURE-MCP模型估计水产动物基因组品种组成的新方法: 本发明提供一种基于ADMIXTURE‑MCP模型估计水产动物基因组品种组成的新方法，属于水产动物品种组成领域，方法包括步骤：获得未知品种水产动物基因组SNP标记数据；对参考水产动物进行筛选；估计水产动物基因组品种组成。针...; 王扬帆任强倪萍胡晓丽黄晓婷邢强焦文倩张玲玲王师胡景杰包振民; 文献传递

一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法: 本发明提供了一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法，包括如下步骤：提取生物基因组DNA，并对其进行生物素标记；设计位点特异性杂交引物LSP1和LSP2，并将LSP2进行5’磷酸化；将LSP1混合物和LSP2...; 包振民王师焦文倩窦锦壮于茜荀小罡张玲玲胡晓丽陆维; 文献传递