王琳楠
- 作品数：3 被引量：23H指数：2
- 供职机构：大连海洋大学水产与生命学院辽宁省贝类良种繁育工程技术研究中心更多>>
- 发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目国家高技术研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 中国帘蛤目16种经济贝类DNA条形码及分子系统发育的研究被引量：10
- 2013年
- 对中国帘蛤目主要经济贝类的分子系统发育进行了研究,应用DNA条形码通用引物扩增了6种中国近海帘蛤目经济贝类共计60个个体的COI基因片段,与GenBank收录的10种帘蛤目贝类50条同源序列进行比对。结果表明:帘蛤目贝类COI基因存在碱基插入和缺失现象,在16个物种中有6个物种存在103个插入和缺失位点,其中杂色蛤仔Ruditapes variegata、裂纹哥特蛤Katelysia hiantina插入和缺失位点均为30个,大竹蛏Solen grandis为27个;碱基的组成出现偏倚现象,A+T含量(64.2%)明显高于G+C含量(35.8%);基于K2P模型的计算,16个物种的种内平均遗传距离为0.010 6,种间平均遗传距离为0.388 4,后者是前者的21.34倍;系统发育树聚类分析表明,COI基因在科、属、种水平上的鉴定及其系统进化关系重构方面与传统的形态学分类一致性较高。研究表明,线粒体COI基因作为帘蛤目贝类DNA条形码在物种鉴定的适用性上提供了一定的依据,同时也为形态分类系统提供了必要补充。
- 王琳楠闫喜武秦艳杰聂鸿涛牛泓博张国范
- 关键词：COI基因系统发育DNA条形码
- 基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选被引量：11
- 2015年
- 以菲律宾蛤仔转录组测序所得拼接序列为基础,采用MISA软件进行微卫星分析,对其中的145个微卫星位点进行引物设计,得到具有清晰扩增条带的微卫星位点58个。对大连庄河野生蛤仔群体的扩增结果表明,18个位点显示单态性,40个位点表现为多态性。该群体40个多态性微卫星位点得到的等位基因数在2—6之间,平均等位基因数为3.4250±0.9718,观测杂合度和期望杂合度分别在0.0000—1.0000和0.0615—0.7996之间,平均值分别为0.2727±0.2272和0.4739±0.1902,群体平均Nei指数为0.4664±0.1872。多态信息含量(PIC)在0.0586—0.7529之间,平均值为0.4148±0.1707,其中16个微卫星位点的PIC值大于0.5,为高度多态性,15个位点0.25
- 闫路路秦艳杰闫喜武王琳楠毕成隆张津源
- 关键词：菲律宾蛤仔转录组微卫星
- 长牡蛎基因组微卫星引物的开发和特性描述被引量：2
- 2011年
- 长牡蛎于20世纪80年代从日本引进中国。在我国,长牡蛎已经成为重要的贝类养殖产业之一。本实验从全基因组上筛查微卫星序列,在微卫星筛查的范围、数目和类型上是传统的富集文库法开发微卫星所无法比拟的。利用基因组微卫星序列总共设计了104对引物,54对引物能扩增出目的片段,其中有34对引物显示多态性扩增,占32.7%,20对引物显示单态性扩增,占19.2%。在自然群体48个个体样本中分析了这些位点的多态性,结果表明:等位基因数目在2～8之间,观测杂合度和期望杂合度分别在0.065 2～0.795 5和0.063 8～0.853 4之间。34对微卫星分子标记中有7对符合哈迪-温伯格平衡,27对或多或少的偏离平衡。微卫星分子标记可以用作分子遗传育种、遗传连锁图谱的构建、种群遗传结构的分析、亲缘关系分析等方面。
- 韩斐斐亓海刚李莉张国范闫喜武李慧娟杨霏王琳楠
- 关键词：长牡蛎微卫星基因组
