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赵慧芳
作品数:
2
被引量:10
H指数:1
供职机构:
复旦大学公共卫生学院
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发文基金:
国家自然科学基金
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相关领域:
医药卫生
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合作作者
周晓明
复旦大学公共卫生学院
赵根明
复旦大学公共卫生学院
姜庆五
复旦大学公共卫生学院
徐眉
复旦大学公共卫生学院
陆嘉良
复旦大学公共卫生学院
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赵慧芳
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甲型流感病毒基因变异与生存选择压力研究
2010年
目的研究甲型流感病毒基因变异与生存选择压力的关系,指导保守疫苗靶位点的寻找。方法选择相同HA血清型具有全基因组序列的分化距离较近的多个流感病毒株系,利用Blast2程序计算各株系之间的核酸保守性、蛋白质保守性、变异核苷酸在密码子序位中的频率以及生存选择压力指数,分析与生存选择压力指数的相关性。结果HA基因较其它基因的核酸保守性为显著低;HA抗原蛋白质保守性与NS基因同为较低;HA基因受生存选择压力作用;NS、PB1基因受选择压力较小;NA、NP基因受选择压力较大;生存选择压力指数与核苷酸第3密码字位点变异频率完全相关。结论流感病毒基因变异受复制机制形成差异和生存选择压力淘汰差异双重作用影响;各基因在流感病毒生物功能中地位不同,NA、NP基因保守性较强,适宜作为疫苗靶位点候选,HA基因相比较具有一定的保守性,有望寻找到保守区段,NS、PB1基因保守性较弱,不宜作为靶位点。
周晓明
徐眉
赵慧芳
陆嘉良
赵根明
姜庆五
关键词:
甲型流感病毒
甲型流感病毒基因变异与生存选择压力相关性分析
被引量:10
2005年
目的研究甲型流感病毒基因变异与生存选择压力的关系,指导保守疫苗靶位点的寻找。方法选择相同血凝素(HA)血清型具有全基因组序列的分化距离较近的多个流感病毒株系,利用Blast2程序计算各株系之间的核酸保守性、蛋白质保守性、变异核苷酸在密码子序位中的频率以及生存选择压力指数,分析与生存选择压力指数的相关性。结果HA基因较其他基因的核酸保守性为显著低;HA抗原蛋白质保守性与NS基因同为较低;HA基因受生存选择压力作用;NS、聚合酶B1(PB1)基因受选择压力较小;NA、核蛋白(NP)基因受选择压力较大;生存选择压力指数与核苷酸第3密码子位点变异频率完全相关。结论流感病毒基因变异受复制机制形成差异和生存选择压力淘汰差异双重作用影响;各基因在流感病毒生物功能中地位不同,NA、NP基因保守性较强,适宜作为疫苗靶位点候选,HA基因相比较具有一定的保守性,有望寻找到保守区段,NS、PB1基因保守性较弱,不宜作为靶位点。
周晓明
赵慧芳
陆嘉良
潘浩
徐眉
赵根明
姜庆五
汪华
俞顺章
关键词:
流感病毒A型
疫苗
密码子
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