郝沛
- 作品数：9 被引量：11H指数：2
- 供职机构：中国科学院上海生命科学研究院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划上海市科学技术委员会资助项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 生命科学研究中生物信息学技术的开发和应用——组学数据分析中工作流技术的研究和开发
- 生命科学的发展已经进入到了一个建立在各种“组学”基础上的系统生物学时代，为了更快、更全面地进行大规模、特色数据分析，引入了先进的数据挖掘技术一工作流技术。工作流技术是一个能够实现了流程逻辑与业务逻辑的分离，支持业务流程的...
- 郝沛
- 关键词：生命科学生物信息学工作流基因组注释
- 文献传递
- 药物靶标蛋白在蛋白网络中的分布被引量：1
- 2010年
- 药物靶标发现是目前生物学研究领域的热点和难点问题。从已有药物靶标中寻找规律可以为新靶标的发现总结规律,提供依据。随着功能基因组学的发展,这种组学数据的积累为这一问题的研究提供了契机。本文研究了已有靶标在蛋白网络中的分布,并分析了它们的蛋白功能域组成情况。结果显示靶标基因倾向位于网络的核心区域,并且集中在一些特定蛋白家族中。这些规律的总结将对药物研发过程中药物靶点的选择提供一定的帮助。
- 盛嘉郑思远郝沛
- 关键词：药物靶标功能域
- 猪链球菌全基因组序列比较分析被引量：8
- 2006年
- 1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.
- 魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学
- 一种利用跨物种相似性的元分析方法
- 本发明涉及一种利用跨物种相似性的元分析方法。首次开发出一种基于跨物种基因模块相似性比较的方法，通过该方法，仅需比较待测药物刺激作用下的转录组芯片数据就可以推断出该待测药物的功能，作用机制等。该方法在药物作用机制，疾病机理...
- 李亦学于洋郝沛李轩李芸俞书皓
- 文献传递
- 生命科学研究中生物信息学技术的开发和应用
- 生命科学的发展已经进入到了一个建立在各种“组学”基础上的系统生物学时代,为了更快、更全面地进行大规模、特色数据分析,引入了先进的数据挖掘技术—工作流技术。工作流技术是一个能够实现了流程逻辑与业务逻辑的分离,支持业务流程的...
- 郝沛
- 关键词：基因组注释
- 文献传递
- 顺式调控元件对“头对头”基因对共表达的影响
- 2008年
- 转录调控是生物学过程中最关键的环节之一,其中顺式调控元件在基因表达调控中发挥了极其重要的作用.本研究通过对公共顺式调控元件的活性和行为进行分析,从而推断"头对头"基因对共表达的原理.用网络组分分析法估测顺式调控元件在不同条件下对基因启动子及其活性的影响.结果揭示了生物系统如何利用这些调控元件调控"头对头"基因对的表达模式和整个转录调控系统.
- 郝沛余曜张晓艳屠康范海威钟扬
- 关键词：转录调控顺式调控元件
- 一种利用跨物种相似性的元分析方法
- 本发明涉及一种利用跨物种相似性的元分析方法。首次开发出一种基于跨物种基因模块相似性比较的方法，通过该方法，仅需比较待测药物刺激作用下的转录组芯片数据就可以推断出该待测药物的功能，作用机制等。该方法在药物作用机制，疾病机理...
- 李亦学于洋郝沛李轩李芸俞书皓
- 文献传递
- SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测被引量：2
- 2004年
- 张原郑楠郝沛钟扬
- 关键词：SARS冠状病毒S基因SPIKE蛋白适应性严重急性呼吸系统综合症
- SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测
- 本文研究了SARS冠状病毒SPIKE蛋白的适应性进化。SARS-CoV跨种传播过程中,Spike蛋白的非保守性氨基酸置换可能使该病毒适应新宿主是一个重要的假说。为了检验该假说,我们收集了GenBank数据库中共计108条...
- 张原郑楠郝沛钟扬
- 关键词：SARS冠状病毒SPIKE蛋白适应性进化
- 文献传递
