陈单丹
- 作品数：11 被引量：16H指数：2
- 供职机构：中国科学院上海有机化学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金王宽诚教育基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学化学工程医药卫生轻工技术与工程更多>>
- 基于生物合成的双环硫肽类抗生素结构改造进展
- 2020年
- 硫肽类抗生素是一类由微生物次级代谢产生的富含硫元素且结构被高度修饰的聚噻(噁)唑多肽类天然产物,具有良好的生物活性.由于水溶性差以及生物利用度低等问题,导致该类抗生素在临床上的应用受到限制.在了解其生物合成机制的基础上,通过合理的生物工程改造来获得硫肽类似物的方法成了生物学家们关注的焦点.以双环硫肽家族中的硫链丝菌素和那西肽为代表,综述了双环硫肽类抗生素结构改造的进展.
- 张鄂陈单丹王守锋刘文
- 关键词：生物合成那西肽
- 大环内酯类免疫抑制剂他克莫司的生物合成机制研究进展被引量：8
- 2013年
- 他克莫司(FK506)是一种来源于土壤链霉菌的大环内酯类免疫抑制剂,由典型的聚酮合酶(PKS)-非核糖体肽合成酶(NRPS)杂合系统负责催化其生物合成.他克莫司的化学结构特殊,包括骨架环的哌啶单元、4-羟基-3-甲氧基环己基官能团,以及甲氧基和烯丙基侧链.近年来,关于他克莫司的生物合成机制,特别是其特殊前体的形成途径的研究发展迅速.对他克莫司生物合成的酶学基础进行了系统性地综述,重点总结了其前体形成机制的研究新进展.
- 陈单丹岑沛霖刘文徐志南
- 关键词：他克莫司FK506生物合成聚酮合酶前体
- 新型氟代诺斯菌素及其制法和用途
- 本发明涉及新型氟代诺斯菌素及其制法和用途。具体地，本发明公开了一种基于大肠杆菌(Escherichia coli)发酵获得3-甲基-2-吲哚酸(3-methyl-2-indolic acid，MIA)及其氟取代类似物的方...
- 刘文张琪陈单丹
- CRISPR/Cas9基因编辑系统在获取放线菌天然产物中的应用被引量：2
- 2021年
- 作为临床药物的重要来源,放线菌天然产物及其衍生物已被大规模开发并应用于临床.为了实现放线菌来源活性天然产物的高效合成、新型天然产物的结构衍生以及未知天然产物的定向挖掘,往往需要聚焦于生物合成基因簇,运用生物学技术开展理性的遗传改造.规律性成簇间隔的短回文重复序列及相关蛋白(CRISPR/Cas)是部分细菌和古细菌在长期自然进化过程中发展而来的一种对抗外源遗传物质入侵的适应性免疫防御系统.以CRISPR/Cas9为代表的基因编辑系统已被广泛应用于脱氧核糖核酸(DNA)片段的靶向特异性切割,为生物技术领域的发展提供了无限可能.综述了CRISPR/Cas9系统在放线菌遗传改造中的应用情况,包括在基因簇抓取、编辑与重构、原位同源重组以及代谢调控方面的研究进展,涉及全新的CRISPR/Cas9介导的基因编辑方法以及代表性的成功案例,为高效利用CRISPR/Cas9系统获取放线菌天然产物提供了借鉴.
- 乔怡张庆林陈单丹刘美娜刘文
- 关键词：放线菌生物合成基因簇
- 以生物合成为基础的红霉素A的产量提高和结构改造被引量：4
- 2015年
- 红霉素A是一种广谱大环内酯类抗生素,在临床上应用广泛。其生物合成包括由聚酮合酶催化的十四元环骨架形成,以及羟基化、糖基化、甲基化后修饰。基于对红霉素A生物合成机制的认识,可以对产生菌种进行定向的遗传操作,达到产量提高和结构改造等目的。本文综述了近年来在红霉素A高产菌株改造和化学结构衍生方面所取得的研究进展,为相关研究人员提供参考。
- 陈单丹吴杰群刘文
- 关键词：红霉素生物合成
- 以活性结构单元的突变和修饰为思路的硫链丝菌素的生物合成途径改造被引量：1
- 2017年
- 硫肽类抗生素是一类富含硫元素并且被高度修饰的聚肽类化合物,具有良好的抗菌活性。硫链丝菌素作为一类典型的双环硫肽,受到了国内外研究者的广泛关注。本文介绍了硫链丝菌素的生物活性与作用机理、生物合成途径研究及最新进展,提出了以活性结构单元的突变和修饰为思路的硫链丝菌素的生物合成途径改造概念,由此特异性地获得活性更好的硫链丝菌素结构类似物。根据硫链丝菌素的生物合成特点,本文归纳出3种主要的结构改造策略,并对现有案例进行了综述,力求为硫肽类抗生素及相关天然产物的生物合成与结构改造研究提供新的视角。
- 陈单丹段盼盼刘文
- 关键词：生物合成
- 氟代诺斯菌素及其制法和用途
- 本发明涉及新型氟代诺斯菌素及其制法和用途。具体地，本发明公开了一种基于大肠杆菌(Escherichia coli)发酵获得3-甲基-2-吲哚酸(3-methyl-2-indolic acid，MIA)及其氟取代类似物的方...
- 刘文张琪陈单丹
- 文献传递
- 大环内酯类免疫抑制剂FK506的高产菌株改造研究
- 陈单丹刘文
- 新型硫链丝菌素类似物及其制法和用途
- 本发明公开了一种新型硫链丝菌素类似物及其制法和用途。具体地，本发明提供了利用双敲除负责硫链丝菌素生物合成基因获得突变株并结合化学喂养前体获得硫链丝菌素类似物。所获得的硫链丝菌素类似物对多种多重耐药菌的抗菌活性比硫链丝菌素...
- 王守锋陈单丹郑庆飞刘文
- 文献传递
- 基于吲哚酸单元的那西肽生物合成途径中酶底物容忍度研究被引量：1
- 2020年
- 那西肽(NOS)是硫肽类抗生素的典型代表,具有非常好的抗菌活性,但水溶性差以及生物利用度低等问题限制了其临床上的应用.由于其结构复杂,采用化学全合成方式获得理化性质改善的类似物难以进行.在前期那西肽生物合成研究的基础上,以侧环3-甲基-2-吲哚酸(MIA)类似物作为化学探针,通过探针分子与突变株共同发酵并结合发酵产物的高分辨质谱数据,探究了那西肽生物合成酶的底物容忍度.研究结果表明,那西肽生物合成酶对F, Cl, CH3取代的MIA类似物有一定的耐受能力,对大位阻取代基(NO2, CF3, Ph)的MIA类似物不能耐受,同时MIA上取代基团的结构大小和性质也影响了NOS生物合成途径中相关酶蛋白对其识别、转运和上载等步骤.不仅探究了NOS生物合成途径中相关酶蛋白的底物容忍度,有望通过生物合成途径工程获得NOS的类似物;同时为采用酶的定向进化技术以改善NOS生物合成过程中限速步骤酶的底物容忍度,拓展利用NOS产生菌获得更多类似物提供了借鉴.
- 范亚飞张鄂郭恒牟柠陈单丹王文贵王守锋刘文
- 关键词：那西肽
