丁德武
- 作品数：39 被引量：49H指数：4
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- 相关领域：自动化与计算机技术生物学农业科学自然科学总论更多>>
- 基于子图模式的巨强连通体局域结构特征(英文)
- 2011年
- 对代谢网络的"蝴蝶结"结构进行研究吸引了众多科研人员的关注。当前,基于复杂网络理论的全局拓扑结构特征已经被广泛用于研究这种"蝴蝶结"结构的组织原则,然而基于局域结构特征的研究相对较少。本文分析了10种有机物代谢网络及其相应的巨强连通体部分的网络模体(即频繁的子图)。结果显示代谢网络及其相应的巨强连通体部分的网络模体非常相似,这从局域结构特征的角度论证了代谢网络巨强连通体部分的重要性。
- 丁德武黄海生何小青彭秀芬
- 关键词：蝴蝶结代谢网络
- 基于链接聚类的代谢网络社团结构研究被引量：2
- 2011年
- 社团结构分析有助于识别代谢网络中的功能模块,有助于理解代谢网络的结构和功能关系,是代谢网络研究领域的一个重要研究课题。然而,当前的社团结构分析方法均依赖于对网络中的节点进行聚类分析,导致每个节点只能属于某一个社团。采用了一种对复杂网络中的链接进行聚类分析的方法,对高质量金黄色葡萄球菌代谢网络模型的巨强连通体进行了社团结构分析,得到了10个具有生物学意义的功能模块,结果表明链接聚类可用于识别新陈代谢网络中的功能社团。
- 丁德武吴璞计博婧王汝传
- 关键词：社团结构功能模块链接聚类代谢网络
- 复杂网络的中心化及其在代谢网络中的应用(英文)被引量：14
- 2008年
- 分析基因组规模的生化网络是后基因组时代的一项重要研究任务.由于缺乏详尽的热力学参数,近年来科研人员已经开发出了大量基于网络拓扑结构的分析方法.其中,中心化指标可用于确定网络中的重要节点,因而有助于理解代谢网络的交互和调控机制.本文首先比较地分析了10种不同的中心化指标,随后将它们运用于分析苏云金芽孢杆菌的代谢网络,确定了其代谢网络巨强连通成分中的10个关键节点并分析了它们的生物学功能意义.
- 丁德武刘涛陆克中
- 关键词：中心化代谢网络系统生物学
- 基于Gillespie算法的生化随机Petri网演化分析
- 2013年
- Petri网既有严格的数学表达方式,又有直观的图形描述形式,是当前生物化学系统模拟和定性分析的一个有力工具。作为标准Petri网的一个重要扩展,随机Petri网使得可以定量地分析生物化学系统。建立了两个典型的生物化学系统的随机Petri网模型:Schlogl系统和转录调控系统,并使用Gillespie随机仿真算法模拟了这些生化随机Petri网模型的状态演化。
- 丁德武
- 关键词：随机PETRI网
- 苏云金芽胞杆菌代谢网络的重构与结构分析被引量：13
- 2008年
- 代谢网络的研究是当前的一个新热点,越来越多的证据表明对代谢网络的拓扑结构进行分析有助于理解细胞的行为和生命现象。本研究首先从KEGG数据库中获取了苏云金芽胞杆菌的基因组与所有代谢途径信息,构建了基因-酶以及酶-反应的列表,并参照Ma和Zeng所建立的数据库对所得的列表进行必要的修正。然后,用节点表示代谢物,连线表示代谢物之间的反应,即用代谢物图来表示所得的代谢网络,该网络包含了830个节点,1132条连线。随后,基于代谢网络的蝴蝶结结构对该网络进行模块划分并提取了网络的最重要组成部分:巨强连通体。最后,分析了巨强连通体及其10个关键节点的生物学功能意义。
- 丁德武刘丽陈守文须文波
- 关键词：代谢网络蝴蝶结
- 代谢网络结构与功能的Petri网分析被引量：1
- 2012年
- 发展基因组尺度代谢网络模型的模拟和分析方法有助于学习这些网络的结构与功能关系,是当前计算系统生物学领域的一个重要研究主题。由于具备严格的数学描述,直观的图形表达,外加存在众多的算法和工具,Petri网可能成为代谢网络模拟和分析的有力工具。应用位置/变迁网来分析代谢网络的结构与功能特征,首先建立了巴斯德毕赤酵母代谢的Petri网模型,随后计算了该模型中的P、T不变量,并讨论了它们的生物学意义。
- 丁德武李文泽
- 关键词：PETRI网代谢网络系统生物学
- 基于QPSO算法的3D多模医学图像配准被引量：4
- 2011年
- 基于互信息的配准方法具有精度高、鲁棒性强的特点。但基于互信息的目标函数存在许多局部极值,给配准的优化过程带来了很大的困难。把量子行为的粒子群优化算法(QPSO)应用到了3D医学图像配准中。QPSO不仅参数个数少,其每一个迭代步的取样空间能覆盖整个解空间,因此能保证算法的全局收敛。实验结果表明,该算法能够有效地克服互信息函数的局部极值,大大提高了配准精度,与美国Vanderbilt大学的"金标准"比较,达到了亚像素级的精度。
- 丁德武李慧孙俊须文波
- 关键词：图像配准互信息
- 基于边过滤的代谢网络社团结构分析被引量：1
- 2014年
- 社团结构分析有助于理解新陈代谢网络的结构和功能关系,是新陈代谢网络研究领域的一个重要研究主题。然而,直接将复杂网络方法应用到新陈代谢网络中时,很难得到具有实际生物学意义的社团。本文首先构建了高质量人类代谢网络模型的巨强连通体,然后采用一种基于边过滤的技术研究了该巨强连通体,得到的8个主要社团均具备较好的生物学意义。研究结果表明:基于边过滤的技术可用于识别新陈代谢网络中的社团。
- 丁德武
- 关键词：社团结构复杂网络代谢网络
- Linux与人类代谢的自相似性实证研究
- 2012年
- 对现实世界复杂网络的自相似性进行实证分析是当前该领域的一个热点问题。文章首先介绍了复杂网络自相似性的基本概念,随后阐述了自相似指数及其计算方法盒覆盖算法的基本原理和方法,最后对Linux与人类代谢这两种不同类型的复杂系统进行自相似性实证研究。研究结果表明,它们都是自相似的。
- 丁德武
- 关键词：复杂网络代谢网络自相似
- ROS 网络中的功能模块和关键蛋白质(英文)被引量：1
- 2012年
- 视杆细胞(Rod cells)可检测进入眼内的光亮程度,其灵敏度依赖于视紫红质(rhodopsin)的数量。由于视杆细胞 ROS 区域的蛋白质活性较高,加之视紫红质也高度集中在 ROS 区域。文章从网络生物学的角度研究了视杆细胞 ROS 区域的蛋白质交互作用。首先,获取,修订和构造了一个 ROS 区域蛋白质交互的复杂网络模型。随后,研究了该模型的重要网络性质。最后,研究的重点集中在 ROS 网络的模块化和中心化分析上,通过使用链接聚类分析方法和多种中心化分析方法,我们确定了 ROS 网络的生物功能模块和关键蛋白质。
- 丁德武何向荣彭秀芬
- 关键词：蛋白质相互作用网络系统生物学
