全宇
- 作品数：17 被引量：214H指数：8
- 供职机构：中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家科技重大专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 中国2007-2009年HIV-1耐药基因型检测质量评估结果被引量：3
- 2012年
- 目的对2007-2009年统一发放至各省,针对艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)蛋白酶和反转录酶基因的耐药突变基因型外部质控品的检测结果,进行分析和检测技术能力评价。方法对3年共5次由各省提交的,应用实验室自建方法(In house)、Viroseq(雅培公司,Abbott)和TruGene(西门子公司,Siemens)检测系统获得的耐药基因型数据进行综合分析。质控盘由6份血浆(HIV-1B及B/C重组毒株)组成,覆盖病毒的蛋白酶和反转录酶基因区的野生型和耐药突变型。每份序列与共享序列比较,使用扣分制对各实验室的结果进行评价。结果除3家核心实验室外,累计有19个省23家省市级疾病预防控制中心(CDC)或医院自愿参加,共提交了95份结果,其中3家实验室使用ViroSeq检测系统;提交了9份结果;1家使用TruGene检测系统;提交了1份结果;其余85份使用in-house检测系统。考核品总的序列阳性率(获得合格序列率)为97.7%,其中的低载量(1 000拷贝/mL)样本均得到阳性结果;根据累计提交的序列结果看,耐药位点判读的完全一致率为78.9%(75/95),序列编辑分析的一致率也有76.8%(73/95)。参加能力验证的省市级实验室由2007年的15家增加到2009年下半年的23家,合格率(001PT)由73.3%上升到(004PT)95.2%,3次以上优秀的实验室有13家。结论目前的检测方法均可成功扩增中国主要亚型流行毒株。所有检测结果在各实验室间的一致性均较高,因此基因型耐药检测技术是可靠的,但各实验室检测能力也存在差异。我国具备耐药基因型检测能力的实验室数量不断增加,检测水平逐年提高。
- 邢辉廖玲洁钟平李敬云尚红康来仪杨娟陈彬全宇赵全璧汪宁邵一鸣
- 关键词：基因型耐药
- 中国HIV-1主要流行重组株B/CTat基因第一外显子序列特征分析被引量：2
- 2006年
- 目的研究我国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)流行重组株B/CTat基因第一外显子变异特点,探讨这些变化对其功能的影响。方法从确诊的HIV-1感染者全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增和测序。使用GCG和Bioedit软件中的程序进行系统进化树和氨基酸变异分析,同时进行网上三级结构预测。结果总计154份样品中CRF07-BC为120份,CRF08-BC为34份,两种亚型有较广泛的分布,CRF07-BC与标准株的平均基因离散率为(5.748±1.352),CRF08-BC与标准株的平均基因离散率为(1.259±1.931)。结论我国流行重组株CRF07-BC比CRF08-BC有较长的流行时间,CRF07-BC与CRF08-BC基因第一外显子氨基酸相比,主要为半胱氨酸富含区和核心区的变化。在这两个区位点变化可能影响Tat与细胞因子如cyclinT1的结合能力,而成为CRF07-BC在我国流行中获得传播优势的原因。
- 黄海龙邢辉马鹏飞关琪魏民洪坤学陈建平梁浩司雪峰全宇谢必峰邵一鸣
- 关键词：HIV-1
- 人免疫缺陷病毒对不同黏膜上皮细胞系的感染能力的研究
- 2008年
- 目的研究人免疫缺陷病毒（HIV-1）对不同黏膜上皮细胞系的感染能力。方法用实验室株HIV-1 SF33和2株原代HIV-1（02010561，02010141）分别感染Caco-2、T-84和HeLa3株黏膜上皮细胞和MT-4细胞。接种病毒后间隔3～4d采集培养上清检测P24并用实时定量RT-PCR检测病毒载量；采集细胞提取DNA并用PCR法检测感染细胞中病毒DNA和整合入细胞基因组内的病毒DNA。结果所用3株病毒都可以产毒性地感染阳性对照细胞MT-4，对整合病毒DNA的PCR检测发现它们均能够整合到MT-4细胞基因组内；实验室适应株HIV-1 SF33虽然能够感染所有3株上皮细胞，但它不能整合入Caco-2细胞的基因组中；虽然2株原代分离病毒均能感染T-84细胞，但只有HIV-1 02020141能够整合入T-84细胞的基因组中，原代分离病毒HIV-1 02010561能够感染HeLa细胞，但不能整合到其基因组中。结论虽然HIV-1的实验室毒株和原代分离毒株都可能感染黏膜上皮细胞，但它们在黏膜上皮细胞中建立稳定产毒性感染（感染并产生病毒）的能力因细胞和毒株不同而异。
- 李悦赵辉杜军全宇邢辉陈启民邵一鸣杨贵波
- 关键词：人免疫缺陷病毒黏膜上皮细胞
- 北京HIV抗体阳性MSM中HLA-A-B-DRB1基因多态性与病毒载量相关性的初步研究被引量：2
- 2009年
- 目的从基因水平了解北京艾滋病病毒(HIV)抗体阳性的男男性行为者人群(MSM)中,人类白细胞抗原(HLA)-A、-B、-DRB1位点的等位基因频率,分析其与HIV感染者自身病毒载量的关系。方法应用聚合酶链反应-序列特异性引物技术(PCR-SSP),对北京32例HIV阳性MSM进行了HLA-A、-B、-DRB1等位基因分型。结果鉴定了12个HLA-A等位基因,21个HLA-B等位基因,12个HLA-DRB1等位基因。最常见的等位基因分别为A*02(26.56%)、B*40(17.19%)和DRB1*15(20.31%)。含有A*02等位基因组者的血浆病毒载量,较不含有此等位基因组者低(P=0.002),而含有HLA-B*40和HLA-DRB1*15等位基因组者的血浆病毒载量,较不含有对应等位基因组者高(HLA-B*40:P=0.799;HLA-DRB1*15:P=0.021)。结论北京HIV阳性MSM人群HLA-A、-B、-DRB1基因多态性较高。HLA-A*02等位基因在该人群中可能与延缓AIDS疾病进程相关,而HLA-DRB1*15等位基因可能与加速该人群AIDS疾病进程相关。
- 王万海姜树林全宇王晨洪坤学张晓曦张凤民张晓燕邵一鸣
- 关键词：艾滋病病毒男男性行为人群病毒载量
- 早期HIV-1感染env基因的动态变异研究
- 2008年
- 目的追踪观察HIV-1新发感染者体内CRF07-BC重组毒株膜蛋白基因的变异性。方法从HIV-1感染者血浆中提取总RNA，通过逆转录多聚酶链反应（RT-PCR）获得HIV-1gp120全长及C2-C5区段基因。纯化后装入T载体，转化至Top10大肠埃希菌内增殖，通过蓝白斑筛选获得阳性克隆，运用PCR方法进行鉴定，最后对所获得的目的克隆测序。结果从两个感染者血浆样品中获得感染后半年到2年半间多个时间点的gp120基因克隆共135个及gp120基因C2-C5区段克隆15个，分析显示这些克隆均为HIV-1cRFlD7_BC亚型。随感染时间的延长，HIV-1env基因的离散率与多样性均有增加的趋势。env基因同义突变与非同义突变比较结果显示，C1、C3与V4区段非同义突变比率比gp120基因的其他区域都高。基因多态性分析的结果显示，同-时间点内不同毒株基因在不同区段的变异是不同的，基因多样性介于0与0．066±0．028之间。结论随着患者感染时间的推移，HIV-1膜蛋白基因的变异逐渐增大。C1、C3和V4区的高突变率提示，该基因区可能是HIV-1病毒生存与宿主免疫压力相互作用的主要位点。
- 刘胜牙邢辉张远志阮玉华全宇朱家鸿邵一鸣
- 关键词：HIV-1准种多样性
- 我国部分地区未治疗HIV感染人群的病毒载量趋势分析被引量：9
- 2009年
- 目的了解中国艾滋病病毒(HIV)感染者体内病毒载量状况,及病毒载量与临床指征之间的相互关系;为中国艾滋病的预防和抗病毒研究提供基础数据。方法回顾性分析中国2003-2005年间检测的HIV感染者的病毒载量和CD4计数等数据,用SAS9.1进行统计分析,非参数检验。结果中国未治疗的HIV感染人群其病毒载量的最大浓度区域,2005年为104-105拷贝/ml,浓度从2003年的11.2%,2004年19.7%上升到2005年33.6%。中国未治疗的HIV感染人群的病毒载量随着CD4数的升高而减小,病毒载量的中位数,CD4<200时为5.16lg/ml,CD4>500时为2.77lg/ml(P<0.0001)。未治疗组男性病人的病毒载量中位数为4.52lg/ml,高于女性的3.84lg/ml(P<0.0005),差异有统计学意义。结论病毒载量是监测HIV感染者的病程,评估抗病毒治疗的重要指标。中国未治疗的HIV感染人群的病毒载量呈现逐年上升的趋势,应尽早开展抗病毒治疗。
- 赵全壁邢辉马鹏飞全宇冯毅彭虹阮玉华邵一鸣
- 关键词：艾滋病病毒病毒载量逆转录-聚合酶链反应
- 山西某县农村外来嫁入女性及配偶中HIV感染者病毒序列特征分析被引量：21
- 2007年
- 目的分析山西省某县农村外来嫁入女性及配偶中感染艾滋病病毒(HIV)的毒株分布和传染源,为制定有效的艾滋病防治措施提供科学依据。方法采集17名感染HIV的农村外来妇女及这些外来妇女的4例阳性配偶的外周血,提取前病毒DNA,应用套式PCR进行艾滋病病毒gag基因检测,使用GCG软件包对扩增序列进行分析,并对这些HIV感染者进行相关流行病学调查。结果在送检的21份HIV确认阳性的样本中,共获得18份gag基因序列。基于gag基因区的序列分析结果表明:其中13份为CRF01 AE亚型(占72.2%),1份为B’亚型(占5.6%),2份为B’/C重组型(占11.1%),1份为C亚型(占5.6%),另有1例样本不确定。B’/C重组与新报告的云南瑞丽发现的B/C重组亚型相似性最大。18份样本中有3对为HIV双阳性的夫妻,系统树分析表明,每对夫妻感染毒株在系统树上聚在一起,处于一个分支,彼此间的基因距离均很小(0.007～0.009),推测为近期的家庭内传染。结论山西以往的HIV感染者的主要来源为采供血途径,近年外来高危人口的大量输入,已是山西HIV感染人群的重要毒株来源,使该地区的流行毒株从单一型向多样化发展,并已有家庭内传播的发生。这种形式使该省艾滋病的防控工作更加复杂,今后外来高危人口应纳入当地省艾滋病疫情的重点监测对象,降低传播情况的发生。
- 邢辉卫军马鹏飞乔晓春全宇邵一鸣
- 关键词：艾滋病病毒基因分析
- 我国人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区及其临近区域的特征性氨基酸分析被引量：7
- 2005年
- 目的鉴定我国HIV-1主要流行毒株亚型的envV3-V4区及其临近区域的特征性氨基酸,并阐明其在追踪传染源和研究疫苗中的作用。方法应用nested-PCR对157份来自我国12个省份的HIV-1毒株env区序列进行扩增,并使用ABI377型测序仪测序,然后应用BLAST、GCG、MEGA和VESPA等生物学软件或程序对env基因V3-V4区及其临近区域序列进行基因型鉴定、系统树分析及特征性氨基酸鉴定。结果157份样本包括54份B′(34·40%)、61份B′/C(38·85%)和42份CRF01-AE(26·75%)毒株。系统树分析结果显示,B′亚型毒株序列均与B·CN·RL42十分接近,B′/C毒株主要与97CN54A和97CNGX6F聚成一簇。而CRF01-AE序列与THCM240和97CNGX2F聚在一起,而且分别聚成明显不同的两个亚组。特征性氨基酸分析发现,我国B′和B′/C毒株分别具有8个保守的特征性氨基酸,而且与代表株的相同位点氨基酸基本一致。而CRF01-AE重组毒株具有11个保守的特征性氨基酸,其中有9个位点与97CNGX2F和TH·CM240不一致。包括这9个特征性氨基酸的样本主要来自除云南省以外的其他省份。结论目前流行于我国的B′和B′/C毒株具有单一的共同传染源,而CRF01-AE毒株可能是通过不同输入源或不同传播途径先后从泰国传入我国的。这将对我国艾滋病防治策略的制定和正在进行的疫苗研究具有重要的指导意义。
- 梁浩邢辉Jonathan Z.Li魏民洪坤学冯毅赵全壁陈建平全宇滕涛邵一鸣
- 关键词：人类免疫缺陷病毒-1氨基酸分析特征性外膜蛋白基因流行株亚型毒株
- 人免疫缺陷病毒1型CRF07-BC毒株准种间的重组被引量：2
- 2006年
- 目的通过研究人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus1,HIV-1)感染者个体内准种间的差异,探讨HIV的系统进化的发生模式。方法从HIV-1感染者血浆中提取总RNA,通过逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)获得HIV-1gp120全长基因,纯化后装入T载体,转化至ToP10大肠埃希菌内增殖,通过蓝白斑筛选获得阳性克隆,对所获得的目的克隆测序并分析。结果获得同一患者的16个克隆的gp120全长基因序列,通过系统进化树分析,克隆序列均为CRF07-BC亚型,但在系统进化树上16个克隆可明显分为A、B两群,其中13个克隆属于A群,2个克隆属于B群,1个克隆(编号XPD7)位于A、B群之间,通过simplot软件的重组分析,发现XPD7克隆为A群和B群的重组株。结论发现了我国广泛流行的HIV-1CRF07-BC毒株准种间的重组现象,准种间的重组作为HIV进化的一种有效手段将导致HIV毒株的快速进化的发生,可能更易逃脱宿主的免疫监控。
- 刘胜牙邢辉张远志全宇朱家鸿邵一鸣
- 关键词：HIV-1种特异性克隆
- 我国HIV-1主要流行株外膜蛋白(env)基因V3～V4区变异及其与生物学特性的关系被引量：30
- 2005年
- 目的 研究我国HIV 1主要流行毒株亚型的envV3～V4区变异与生物学特性的关系。方法 应用nested PCR对 1 57份获自我国 1 2个省份的HIV 1毒株env区序列进行扩增 ,并使用ABI 377型测序仪测序 ,然后应用BLAST、GCG和MEGA等生物学软件或程序对env基因V3～V4区序列进行分析。结果 B′亚型毒株V3顶端四肽存在着 4种类型 :GPGR ( 54% )、GPGQ ( 2 8% )、GPGK( 1 6 % )和GPGA( 2 % ) ,B′/C重组毒株全部为GPGQ( 1 0 0 % ) ,CRF0 1 AE重组毒株呈现GPGQ( 95% )和GPGR( 5% )两种类型 ;B′/C和CRF0 1 AE重组毒株V3～V4区及其临近区域N 糖基化位点比B′亚型毒株N 糖基化位点保守。而B′亚型毒株V3环的净电荷分别显著高于B′/C和CRF0 1 AE毒株 (P <0 .0 1 ) ;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况的结果显示 :B′亚型毒株有 9.2 6 %可能使用CCR5,7.4 1 %可能使用CXCR4 ,其余 83.33%不能对辅助受体的使用作出预测。所有B′/C重组毒株被预测可能使用CCR5。CRF0 1 AE重组毒株有 90 .4 8%被预测可能使用CCR5,没有被预测为使用CXCR4的序列 ,9.52 %不能作出预测。结论 B′亚型毒株大部分可能为NSI型 ,少部分可能为SI型 ,而B′/C和CRF0 1 AE重组毒株绝大部分为NSI型。我国主要流行株的V3～V4区尤其是V3环的氨基酸?
- 邢辉梁浩洪坤学魏民赵全壁冯毅陈建平全宇滕涛邵一鸣
- 关键词：生物学特性流行株NESTED-PCRHIV-1毒株亚型毒株ENU
