刘李
- 作品数：30 被引量：181H指数：8
- 供职机构：四川省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项深圳市科技计划项目更多>>
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- 四川省阿坝州1起麻疹暴发疫情病毒分离株基因分型分析被引量：3
- 2018年
- 目的对四川省阿坝州发生的1起麻疹暴发疫情病毒分离株进行基因特征分析。方法在2017年3月16日至4月3日四川省阿坝州红原县某乡镇小学发生的1起麻疹暴发疫情中采集8份咽拭子标本，经Vero／SLAM细胞分离培养，通过逆转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒N基因羧基末端634bp片段，并对扩增产物进行序列测定和分析。结果8eft咽拭子标本共分离N3株麻疹病毒，均为H1a基因亚型，与H1a基因亚型参考株Chin9322的核苷酸和氨基酸同源性分别为98．9％和99．3％；与同时期四川省其他市州分离的麻疹病毒的核苷酸同源性为99．3％-100．0％，氨基酸同源性为98．6％-100．0％；与2017年度阿坝州分离的麻疹病毒的核苷酸同源性为98．9％-100．0％，氨基酸同源性为98．O％-100．0％。结论该起麻疹暴发疫情由H1a基因亚型麻疹病毒引起。
- 刘李何吉兰曹冉冉鄢碧蓉张小兵童文彬
- 关键词：麻疹病毒基因型
- 四川省40例境外输入新冠肺炎确诊病例病毒全基因组特征分析被引量：1
- 2022年
- 目的了解四川省2022年1—3月境外输入的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)分子特征。方法选取2022年1—3月经由成都双流国际机场入境的182例境外输入新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)确诊病例的样本进行变异株核酸检测和病毒全基因组测序及其序列分析。对病例的呼吸道样本提取病毒RNA,用突变核酸检测试剂盒进行变异株核酸检测;采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序,采用Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别,分析病毒的变异位点。与NCBI数据库中SARS-CoV-2参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析并构建系统进化树。结合病例的流行病学资料,分析病毒的来源和相关性。结果在182例确诊病例的样本中,检测出3例B.1.617.2突变和57例B.1.1.529突变。其余122例未检出上述两种变异突变。本研究共获得40条覆盖度>95%的SARS-CoV-2全基因组序列,Nextclade分型结果显示:3条属于21J型(Delta)、5条属于21K型(Omicron)、32条均属于21L型(Omicron);Pangolin分型结果显示:3条21J型(Delta)分别属于AY.4、AY.109和B.1.617.2,5条21K型(Omicron)均属于BA.1.1,32条21L型(Omicron)属于BA.2。这一结果与截至2022年3月GISAID SARS-CoV-2数据库中Omicron变异株的序列占比达到99.7%、具有绝对优势的结果一致。与参考株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,3条21J型(Delta)的核苷酸变异位点分别为45、47和42个,氨基酸变异位点分别为36、25和36个;5条21K型(Omicron)的核苷酸变异位点中位数为59个(26~64个),氨基酸变异位点中位数为48个(10~53个);32条21L型(Omicron)的核苷酸变异位点中位数为71个(66~76个),氨基酸变异位点中位数为53个(40~56个)。进化分析结果显示:40条SARS-CoV-2序列均与目前流行的需要关注的新冠病毒变异株相关。结论四川省持续对境外输入确诊病例的SARS-CoV-2基因组进行全序列测定,使之逐渐形成一套系�
- 徐佳楠冯玉亮刘晨霞杨慧萍潘明刘李
- 关键词：新型冠状病毒基因组序列分子特征
- 成都市发热呼吸道症候群患者病毒感染调查被引量：12
- 2011年
- 目的了解成都市发热呼吸道感染病例常见病毒的感染状况,探讨发热呼吸道症候群的病原谱构成情况。方法 2010-07/2011-03,采集成都市3家哨点医院具备发热、咳嗽以及胸部X线片提示肺部炎性改变等临床症状的呼吸道感染病例标本302份;采用多重RT-PCR方法,对302份呼吸道标本同时进行流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、人偏肺病毒、人博卡病毒、人腺病毒、人鼻病毒和肠道病毒等常见呼吸道病毒核酸检测。结果 302份标本中检出阳性标本72份,核酸阳性率为23.84%(72/302),其中两种病毒混合感染6份,占阳性标本的8.33%(6/72);5岁以下儿童患者标本病毒核酸阳性检出率为39.33%(59/150),其中偏肺病毒的检出率最高;6～18岁患者标本病毒核酸阳性检出率为15.15%(5/33),其中呼吸道合胞病毒检出率最高;18岁以上患者标本阳性检出率为11.76%(14/119),其中流感病毒检出率最高。3月份病毒核酸检出率最高为74.36%(29/39),不同性别患者之间病毒核酸检出率差异无统计学意义。结论成都市发热呼吸道病毒感染病例的病原体以偏肺病毒、鼻病毒和呼吸道合胞病毒为主。
- 潘明李天舒刘李杨慧萍尹淸金郭华曹文萍吴海燕黄婷何树森栾荣生
- 关键词：传染病监测多重PCR法病毒病原学
- 深圳市副溶血性弧菌血清型及毒力基因特征研究被引量：9
- 2009年
- 目的了解从深圳市食源性疾病患者和环境中分离的副溶血性弧菌的血清型和毒力基因特征。方法2006～2008年从食源性疾病患者和海水、海产品等外环境分离到133株副溶血性弧菌,按GB/T4789.7-2008进行血清学鉴定,用PCR技术检测耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热直接溶血素相关溶血素基因(trh)。结果133株副溶血性弧菌中,以O3(43.6%)、O1(16.5%)、O4(16.5%)群为主。84.4%(76/90)的食源性疾病样本分离株携带毒力基因tdh,无单独携带trh基因的菌株;79.1%(34/43)的环境样本分离株不携带tdh和trh毒力基因,无同时携带两种基因的菌株。结论近年来引起深圳市食源性疾病的副溶血性弧菌主要为tdh阳性、trh阴性菌株,在外环境中检出的绝大多数副溶血性弧菌tdh基因和trh基因均为阴性;O3仍为主要的流行群。
- 刘李许欣段永翔鞠长燕
- 关键词：副溶血性弧菌食源性疾病聚合酶链反应
- 2011年上半年四川省麻疹病毒分离株N基因序列分析被引量：6
- 2012年
- 目的探讨四川省目前流行的麻疹病毒的基因型别和特征。方法采用Vero/SLAM细胞分离培养麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因羧基末端456 bp片段,并对PCR产物进行序列测定和同源性分析。结果 2011年四川省分离到10株麻疹病毒均为H1a基因亚型,与H1基因型代表毒株的同源性为97.1%～98.9%。结论 H1a基因亚型仍为四川省本土流行病毒株的优势亚型,近年来四川省流行的麻疹病毒无较大变异,优势病毒的持续传播与麻疹的发病有密切联系。
- 刘李孙莉何吉兰杨勇童文彬
- 关键词：麻疹病毒N基因基因型
- 2015年四川省麻疹病毒分子流行病学特征分析被引量：2
- 2016年
- 目的 分析四川省2015年流行的麻疹病毒的基因型别和核蛋白基因特征,了解不同基因型别麻疹病毒在省内流行情况.方法 采集疑似麻疹病例咽拭子标本,用Vero/SLAM细胞分离病毒.对分离培养阳性毒株,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增核蛋白N基因片段并进行序列测定和分析.结果 从971份疑似麻疹病例咽拭子标本中分离得到398株麻疹病毒.397株分离株为H1基因型,与H1基因型参考株核苷酸同源性为96.2％-98.0％;在进化树上呈现为2个分支,分支间平均核苷酸差异率为2.0％.1株分离株为A基因型,与A基因型参考株核苷酸同源性为98.0％.结论 H1基因型为2015年四川省本土流行麻疹病毒的优势基因型;近年来四川省内流行的毒株未发生较大变化,但存在一定核苷酸差异,呈现2个传播链,需进一步加强监测.
- 曹冉冉刘李来昱锟王顺东何吉兰
- 关键词：麻疹病毒核蛋白类基因型
- 2006-2008年深圳市食源性病例和外环境的副溶血性弧菌分离株分型特征比较被引量：10
- 2011年
- 【目的】比较深圳市食源性病例和外环境中分离的副溶血性弧菌在血清分布、毒力基因携带情况和分子分型方面的特征。【方法】血清凝集法检测菌株血清型,多重PCR检测毒力基因tdh和trh基因携带情况,脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析基因分型特征。【结果】98株食源性病例分离株的主要血清型为O3:K6(40.8%)、O1:KUT(7.1%)、O4:K8(7.1%),35株环境分离株中未发现O3:K6。83.7%(82/98)的食源性病例分离株携带tdh基因、不携带trh基因,88.6%(31/35)的环境分离株不携带tdh基因和trh基因。PFGE显示,最主要的克隆群是P1,包括全部的O3:K6(29株),O4:K68(4株),O11:K36(3株),O1:K25(2株),都是食源性病例分离株,没有环境分离株。环境分离株中未见明显的克隆群。【结论】深圳市食源性病例中分离的副溶血性弧菌多数具有溶血性、携带tdh基因,不携带trh基因,基因分型显示具有优势菌群,主要血清群为O3:K6;环境分离株血清群散在分布,多数不具溶血性,不携带tdh和trh基因,基因分布成多态性,没有发现优势菌群。
- 段永翔鞠长燕刘李俞慕华温群文曾玲荣
- 关键词：副溶血性弧菌细菌分型技术食源性疾病
- 2019年四川省风疹毒株分子流行病学特征分析被引量：1
- 2022年
- 目的分析四川省风疹病毒(rubella virus,RV)基因特征。方法采用Vero/SLAM细胞对2019年四川省疑似风疹病例咽拭子标本进行风疹病毒分离培养,通过逆转录-聚合酶链(reverse transcription-polymerase chain reaction,RTPCR)反应扩增编码风疹病毒E1基因的739个核苷酸片段,并对扩增产物进行序列测定和同源性分析。结果2019年四川省1372份疑似风疹病例咽拭子标本共分离到873株风疹病毒,获得865份毒株的有效序列,其中729株为2B基因型,136株为1E基因型,与四川省以前的风疹病毒分离株在不同的小分支上。2B基因型分离株之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.6%~97.6%和87.6%~93.8%;1E基因型分离株之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.4%~98.2%和92.1%~95.0%。结论2019年四川省风疹病例由输入型2B基因型和1E基因型风疹病毒引起。
- 刘李何吉兰曹冉冉徐朝花
- 关键词：风疹病毒基因型
- 2020年我国风疹流行病学和病毒基因特征分析被引量：13
- 2021年
- 为了解2020年我国风疹流行病学特征以及流行风疹病毒(Rubella virus,RV)的基因特征,本研究收集整理全国麻疹/风疹监测信息报告管理系统中2020年中国风疹发病数据,分析其流行病学特征;同时,依托全国麻疹/风疹实验室网络获得RV分离株,经鉴定后扩增并测定阳性RV分离株的靶基因序列——E1基因的739个核苷酸片段,并与WHO推荐的基因型参考株序列以及已发表的基因亚型参考株序列进行比对确定基因型和亚型,同时与我国2000-2019年间流行的RV进行亲缘性关系分析。结果显示,2020年中国风疹报告发病率为0.18/10万,继2018-2019年风疹的复发和暴发后出现大幅下降,发病人群年龄组主要为10-29岁无免疫史的青少年和成人;2020年我国RV流行的主要基因亚型为1E-L2与2B-L2c,为2018-2019年间检测到的境外输入性病毒。因此,在实施有效的风疹疫苗免疫后,我国本土流行的病毒逐渐被阻断,然而由于我国风疹易感人群的累积和输入性病毒的持续传播导致了我国近些年风疹疫情的回升。鉴于此,我国应根据现状制定更加切实有效的风疹疫苗免疫策略,消除青少年和成年人中的易感人群;同时应进一步加强风疹流行病学和病毒学监测,从而科学地阻断输入病毒的传播。
- 刘莹崔爱利郭晋源邓丽丽范丽霞魏欢刘李丛艳丽唐小敏雷玥周淑洁彭晓放周珺冯燕张燕毛乃颖许文波朱贞
- 关键词：风疹流行病学基因特征
- 新型冠状病毒抗原自测应用于隔离人员筛查的初步评价
- 2022年
- 目的对新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)抗原检测试剂盒(胶体金免疫层析法)进行临床评价,初步评价其应用于隔离人员筛查的效果。方法采集172位隔离人员的临床平行样本(分别用于核酸和抗原检测)共516份,由研究人员和隔离人员分别采用胶体金免疫层析法进行SARS-CoV-2抗原的快速检测,同时在实验室进行核酸检测,计算阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值。结果两种方法的总符合率为91.86%(95%CI:86.80%~95.09%),一致性分析Kappa系数为0.527(95%CI:0.318~0.736),0.4≤Kappa<0.8。研究人员和隔离人员自测结果的总符合率为99.42%(95%CI:96.78%~99.90%),一致性分析Kappa系数为0.944(95%CI:0.836~1.000),Kappa>0.8。结论胶体金免疫层析法检测SARS-CoV-2抗原在发病初期及病毒载量较高时有较好的检测效果,可应用于对隔离人员的现场筛查。但鉴于其方法的局限性,结果只能作为初步参考,最终的确认结果应以实时荧光PCR法结果为准。
- 杨慧萍徐佳楠刘李冯玉亮黄忠平潘明
- 关键词：新型冠状病毒抗原检测
