刘果
- 作品数：25 被引量：75H指数：6
- 供职机构：国家林业局更多>>
- 发文基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项国家林业公益性行业科研专项国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- 39种桉树微卫星序列的遗传多样性分析被引量：2
- 2017年
- 为进一步研究桉树微卫星跨种的相似性及长度多态性,从基因组DNA遗传变异的角度探讨各个桉树种间的遗传多态性程度,本研究选用2个扩增结果稳定,微卫星完整的SSR位点进行PCR产物直接测序,从DNA序列的层次上对39种桉树进行遗传多样性分析和微卫星多态性分析。从SSR位点的层次上进行遗传多样性分析发现,2个SSR位点Nei's遗传多样性指数Hs平均为0.576,期望杂合度He平均为0.736,多态信息含量PIC平均为0.694,位点e SSR-GR124遗传多样性较高,位点g SSR-CA013序列相对更为保守。基于微卫星序列和侧翼保守序列的比对分析,微卫星重复次数的变化可能与属内各亚属间的分类相关性较大,微卫星序列的碱基替换可能与属间分类的相关性更大。由2个位点的综合序列进行相似性比较和系统发育树分析发现,位点e SSR-GR124和位点g SSR-CA013能够作为伞房属和桉属属间分类鉴定的依据。
- 刘果张党权谢耀坚陈鸿鹏罗建中吴志华
- 关键词：桉树SSR分子标记微卫星多态性亲缘关系
- 基于基因组DNA混合池的EST-SSR引物快速筛选方法研究
- 林木SSR标记的引物筛选工作量大，十分费时且消耗大量实验材料。本研究采用基因组DNA混合池技术，将研究对象的若干个基因组DNA样品等量混合后，作为单一模板进行SSR的PCR扩增，能显著降低实验的工作量和成本。以选择的15...
- 刘果谢耀坚张党权谷振军
- 关键词：引物筛选
- 桉树Genomic-SSR和EST-SSR分子标记的遗传差异性分析被引量：4
- 2017年
- 为探讨Genomic-SSR与EST-SSR标记在桉树种间的遗传差异,本研究利用两种不同来源的SSR标记对6种桉树进行遗传差异性分析。分析结果表明:Genomic-SSR标记在6种桉树中具有高的遗传多样性,EST-SSR标记在揭示不同基因型间遗传关系方面更具优势。对两种标记进行聚类分析发现,EST-SSR标记比Genomic-SSR标记能更准确地鉴别基因型。两种不同来源SSR标记的遗传差异性,为更有效利用SSR标记在桉树遗传多样性分析、种质鉴定等相关研究提供了理论支持。
- 刘果谢耀坚陈鸿鹏吴志华
- 关键词：桉树GENOMIC-SSREST-SSR
- 基于20种桉树叶绿体matK基因序列的系统发育分析被引量：4
- 2014年
- 随着公共数据库信息量的不断丰富,桉树基因组序列的公布数据也逐渐增多。本文利用NCBI数据库下载的21条桉树叶绿体matK基因序列进行分析研究,发现软件构建的系统发育树树与学术界承认和使用的Hill&Johnson形态分类学状态有一定的差异,可能与下载的序列数据不够全面、覆盖的信息量不能代表该种基因组序列有关。通过对MP法、ML法、NJ法、UPGMA法和Bayes法等5种方法构建系统发育树、序列信息位点分析和形态学分类状态的比较,UPGMA法构建的系统发育树与序列的信息位点分析结果较为一致,MP法构建的系统发育树较为可信,但进一步的信息确认还需后续的研究证实。
- 刘果谢耀坚张党权罗建中曾艳飞
- 关键词：桉树叶绿体MATK基因系统发育分析
- 基于基因组DNA混合池的EST-SSR引物快速筛选方法研究被引量：7
- 2012年
- 林木SSR标记的引物筛选工作量大,十分费时且消耗大量实验材料。采用基因组DNA混合池技术,将研究对象的若干个基因组DNA样品等量混合后,作为单一模板进行SSR的PCR扩增,能显著降低实验的工作量和成本。以选择的150对EST-SSR引物为对象,对6个桉树基因组DNA样品进行等量混合,进行PCR扩增筛选引物,结果表明,与常规筛选方法相比,基因组DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期,显著减少了基因组DNA的消耗,可用于大量林木SSR引物的快速高效筛选。
- 刘果谢耀坚张党权谷振军
- 关键词：引物筛选
- 基于Illumina HiSeq 2000测序技术对大花序桉根的转录组特性分析被引量：5
- 2018年
- 大花序桉(Eucalyptus cloeziana)是中国重要用材林树种,但目前对其生物信息学研究缓慢,在一定程度上限制了大花序桉分子育种以及品种改良。采用Illumina Hi Seq TM 2000高通量测序平台对1年生大花序桉根系转录组测序和de novo组装,将得到的Unigene与公共数据库比对,同时进行转录组分析。结果显示,组装获得53 433条Unigene,其平均长度890 bp,N50长度为1 587 bp;有34 700条Unigene获得注释信息,占全部Unigene的64.94%,其中19 327条Unigene注释到KOG数据库,被分到25个类别中,共得到32 302个KOG功能注释信息;有11 197条Unigene注释到GO数据库中,共获得了54 971个GO注释功能,归于细胞组分、分子功能和生物学过程三大类;有12 181条Unigene得到KEGG注释,其中6 493条Unigene归入128条代谢途径,发现有57条Unigene参与氮代谢途径。通过软件查找获得13 290个SSR位点,二核苷酸重复类型占的频率最高,其次是三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸,五核苷酸重复频率最低。本研究首次对大花序桉转录组进行分析,为深入开展大花序桉分子生物学研究提供基础数据来源。
- 朱林生刘果何沙娥李慧刘学锋陈少雄
- 关键词：大花序桉ILLUMINA基因注释
- 一种结合长短周期经营的桉树复合栽培方法
- 本发明公开一种结合长短周期经营的桉树复合栽培方法，该方法包括：选择适合长短周期经营桉树树种、区域和林地，依据树种确定合适的1个长周期，在长周期经营中，同时套有2‑3个短周期经营。本发明的桉树采用长短周期经营相结合的复合栽...
- 吴志华谢耀坚陈少雄尚秀华陈鸿鹏刘果
- 文献传递
- 基因组DNA混合池技术在SSR引物筛选中的可靠性分析被引量：1
- 2018年
- SSR-PCR产物的重测序是SSR标记技术开发和应用的必要步骤。本研究以6个桉树DNA样品为对照组,1个基因组DNA混合池为试验组进行基因组DNA混合池在SSR引物筛选中的可靠性性分析。通过SSR-PCR产物的重测序分析,6个桉树单一DNA样品与基因组DNA混合池的扩增序列比对结果分析显示,两种模板扩增结果差异不显著,即基因组DNA混合池可以替代多个单一DNA样品进行SSR引物的高效筛选。利用20对SSR引物在6种桉树DNA样品中的扩增序列进行多态性分析发现,同一位点不同桉树种间的扩增序列存在长度多态性和核苷酸多态性,从而证实了SSR序列的多态性和复杂性,为SSR标记技术在桉树遗传育种研究中的应用提供了理论依据。
- 刘果谢耀坚张党权陈鸿鹏吴志华
- 关键词：SSRDNA测序桉树
- 巨桉HEX基因家族的生物信息学分析
- 2018年
- 己糖激酶(hexokinase,HEX)是催化己糖磷酸化生成6-磷酸己糖的酶,是植物呼吸代谢的过程中的关键酶,在植物糖信号的感受与转导过程中发挥重要作用,亦对植物纤维素生物合成至关重要。为研究桉树HEX基因在纤维素生物合成过程中的生物学功能,本研究从巨桉(Eucalyptus grandis)中筛选出10个HEX基因家族成员(EgrHEX1~EgrHEX10),利用生物信息学方法对其基因特征与表达模式进行综合分析。结果显示,EgrHEX基因分布在5条染色体之上,亚细胞定位均在细胞质膜上。EgrHEX基因家族的各个基因的结构存在明显的差异,外显子数量为7~15个。EgrHEX编码的蛋白质由α-螺旋、延伸链、无规卷曲、β-转角组成。进化分析结果表明,EgrHEX蛋白同与毛果杨HEX蛋白的进化关系接近。10个EgrHEX基因在巨桉未成熟木质部、成熟叶片、韧皮部、茎尖、木质部以及幼叶组织中均检测到了表达,但表达模式存在差异。本研究为进一步深入探索巨桉HEX基因家族的生物学功能提供理论依据。
- 詹妮陈鸿鹏刘果谢耀坚
- 关键词：巨桉生物信息学分析
- SSR标记在桉树树种精准鉴定中的应用分析被引量：1
- 2018年
- 为精准鉴定桉树种质,利用4个在种内完全保守的SSR位点对28种桉树(Eucalyptus)进行鉴定。根据这4个SSR位点的微卫星重复次数和侧翼序列特异核苷酸组合,构建了28种桉树种间种质资源的鉴定条码,能够精准鉴定9种桉树。这为桉树杂交育种工作提供了生物学依据。
- 刘果谢耀坚吴志华陈鸿鹏
- 关键词：桉树SSR标记微卫星序列种质鉴定
