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基于生物信息学分析微小隐孢子虫含WD40结构域的蛋白功能: 2014年; 目的对微小隐孢子虫中含WD40结构域的蛋白进行生物信息学分析,分析该蛋白家族的WD40结构并预测其功能,为微小隐孢子虫基因功能的研究提供一定的基础理论。方法通过隐孢子虫基因组数据库收集数据,获得微小隐孢子虫含WD40结构域蛋白家族的序列信息,搜索每个蛋白的CDD结构域并进行NCBI BLAST比对分析,确定为WD40结构域家族蛋白,分析结构域并预测功能。结果在C.parvum Iowa II中共搜索到50个含有WD40结构域的蛋白,其中cgd1_1930、cgd5_740和cgd4_3360含有CAF1C_H4-bd超家族结构,可能参与DNA修复和DNA复制过程;cgd4_260含有ACE1-Sec16-like超家族,可能参与囊泡的形成和物质运输;cgd1_2600含有TAF5_NTD2结构域,可能参与蛋白与蛋白的相互作用。结论在微小隐孢子虫中,WD40蛋白家族不仅可能单独发挥作用,而且还能通过相互辅助、结合发挥其生物效应。; 陈川荆春霞张鲍欢张丽菊黄伟煌井立鹏东方杨光; 关键词：微小隐孢子虫生物信息学分析

微小隐孢子虫CRIP基因克隆与分析: 2013年; 目的比对分析微小隐孢子虫南京(NJ)株亲环素-RNA相互作用蛋白(CRIP)与其他隐孢子虫株CRIP基因序列的差异。方法根据GenBank微小隐孢子虫IowaⅡ株CRIP基因序列设计并合成2对引物,应用巢式聚合酶链反应(PCR)技术从微小隐孢子虫NJ株基因组DNA中扩增CRIP基因,并将其克隆到pMD18-T载体上,将重组质粒pMD18-T-CpCRIP进行PCR和双酶切鉴定后测序,应用生物信息学方法分析微小隐孢子虫NJ株CRIP基因与其他种属的CRIP基因序列同源性。结果巢式PCR扩增获得的特异性CRIP基因序列,经PCR及双酶切鉴定确为pMD18-T-CpCRIP重组质粒;测序结果显示,该序列有119 bp,微小隐孢子虫NJ株CRIP基因全长为909bp,编码302个氨基酸;测序结果和同源性分析显示,中国微小隐孢子虫NJ株CRIP基因序列与国外的微小隐孢子虫Iowa II株同源性为98%;该隐孢子虫NJ株CRIP基因序列获GenBank登录号JQ396883。结论微小隐孢子虫NJ株CRIP基因与其他微小隐孢子虫株存在基因变异。; 王穗湘荆春霞陈川郭志云孙小会付芹芹张丽菊杨光; 关键词：生物信息学

微小隐孢子虫亲环素型肽脯氨酰顺反异构酶基因克隆与分析: 2012年; 目的克隆微小隐孢子虫(C.parvum)南京株(NJ)亲环素型肽脯氨酰顺反异构酶基因,测序并分析C.parvumNJ株与其他隐孢子虫分离株CyP-type PPIase基因序列的差异以及亲缘关系。方法根据GenBank上C.parvumIowa II株CyP-type PPIase基因序列,设计2对引物,应用巢式PCR扩增目的基因,并将其克隆入pMD18-T载体,对重组子进行双酶切和菌落PCR鉴定并测序,应用生物信息学方法分析C.parvum NJ株CyP-type PPIase基因与其它隐孢子虫株的核苷酸和氨基酸序列差异。结果巢式PCR扩增获得特异的目的基因,双酶切和菌落PCR鉴定获得正确的重组子,测序表明,扩增基因组DNA序列为746bp,含有目的基因ORF全长570bp,编码190个氨基酸。序列分析表明,我国C.parvum NJ株与国外分离的Iowa II株CyP-type PPIase基因的氨基酸序列具有99%的同源性。进化树分析表明,C.parvumNJ株与Iowa II株CyP-type PPIase基因之间的亲缘关系最近,与脑膜炎双球菌的亲缘关系最远。结论成功克隆C.parvumCyP-type PPIase基因,C.parvumCyP-type PPIase基因在氨基酸水平高度保守。; 付芹芹杨光王穗湘孙小会郭志云张丽菊陈川刘国宁荆春霞; 关键词：微小隐孢子虫克隆

微小隐孢子虫20K亲环蛋白基因克隆及分析: 2013年; 目的克隆微小隐孢子虫(Cp)南京株(NJ)的20K亲环蛋白(CyP)基因,并对其核苷酸和氨基酸序列进行分析。方法采用昆明种小鼠建立微小隐孢子虫NJ株感染模型,根据微小隐孢子虫Iowa II株20K CyP基因序列设计合成2对引物,应用巢式PCR技术从微小隐孢子虫NJ株基因组DNA中扩增20K CyP基因,并将其克隆到pMD18-T载体上,将阳性克隆重组质粒进行菌落PCR及双酶切鉴定;应用生物信息学方法分析微小隐孢子虫NJ株20K CyP基因与其他虫株核苷酸和氨基酸序列差异,并分析该基因蛋白结构域。结果巢式PCR扩增得到特异的20K CyP基因,经PCR及双酶切鉴定获得了正确的pMD18-T-20K CyP重组质粒;测序结果显示,微小隐孢子虫NJ株20K CyP基因全长519 bp,编码173个氨基酸,该基因已登录GenBank,登录号为JQ284431;氨基酸序列分析表明,微小隐孢子虫NJ株与Iowa II株20K CyP基因编码的氨基酸序列具有100%同源性;对20K Cyp基因进行蛋白结构域分析,显示该基因序列所编码的蛋白具有特异性类亲环蛋白A、B、H的肽脯氨酰顺反异构酶(PPIase)区域,该区域与人的亲环蛋白A、B、H具有相似性。结论成功克隆微小隐孢子虫NJ株20K CyP基因,该基因具有高度保守性。; 孙小会杨光王穗湘张丽菊付芹芹郭志云陈川荆春霞; 关键词：克隆生物信息学

2型糖尿病患者肾功能特征及糖尿病肾病危险因素分析被引量：8: 2014年; 目的了解2型糖尿病(T2DM)患者合并不同并发症时的肾功能特征及糖尿病肾病(DN)患病的危险因素,为DN的预防控制提供参考依据。方法收集3 149份T2DM患者的病历资料,根据并发症情况分为单纯T2DM组、T2DM微血管病变组、T2DM大血管病变组和T2DM同时合并微血管病变和大血管病变组;分析4组患者肾功能(尿肌酐、双肾小球滤过率、血尿酸、血肌酐)的特征及差异,并采用多因素非条件Logistic回归模型分析DN的主要危险因素。结果单纯T2DM组、T2DM微血管病变组、T2DM大血管病变组、T2DM同时合并微血管病变和大血管病变组血肌酐、血尿酸含量差异有统计学意义(P<0.05);3 149例T2DM患者中DN患病率为(17.1%);多因素Logistic回归分析结果表明,年龄、病程及肥胖是T2DM患者DN患病的危险因素。结论T2DM患者同时出现微血管和大血管病变时肾脏的代谢功能可严重受损;年龄、病程及肥胖是DN患病的主要危险因素。; 张丽菊聂立红黄伟煌梁文凯陈川东方井立鹏荆春霞; 关键词：2型糖尿病肾功能糖尿病肾病

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陈川