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陈沛全: 作品数：17 被引量：37H指数：5; 供职机构：南开大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金教育部高等学校骨干教师资助计划国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：理学化学工程农业科学更多>>

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杯[4]吡咯在不同溶液中的分子动力学模拟研究被引量：2: 2005年; 运用分子动力学 (MD)模拟方法对杯 [4]吡咯与不同溶剂之间的相互作用能、杯 [4]吡咯在不同溶液中的构象变化以及杯 [4]吡咯与溶剂分子之间的氢键相互作用进行了计算研究 .模拟发现 ,杯 [4]吡咯与不同溶剂间的相互作用能受溶剂分子偶极矩和杯 [4]吡咯 -溶剂分子间氢键相互作用影响 .杯 [4]吡咯在不同溶液中的构象发生翻转的主导因素是杯 [4]吡咯与溶剂分子间形成氢键相互作用 ,溶剂分子的偶极矩不是杯 [4]吡咯发生构象转化的主要因素 .; 陈沛全孙宏伟陈兰沈荣欣袁满雪赖城明; 关键词：杯[4]吡咯溶剂相互作用构象氢键

β-三氰基乙烯取代杯[4]吡咯与阴离子相互作用的密度泛函理论研究被引量：3: 2008年; 采用密度泛函B3LYP方法对β-三氰基乙烯取代杯[4]吡咯主体分子及其与阴离子(F-,Cl-,CH3COO-,H2PO4-)形成的复合物进行研究.结果表明,β-三氰基乙烯取代杯[4]吡咯可与阴离子以分子间氢键相互作用形成复合物,并且其与阴离子结合能力大小的顺序为F->CH3COO->H2PO4->Cl-,与实验结果基本一致;通过与杯[4]吡咯对比可见,强吸电子取代基的引入增强了主体分子对阴离子的结合能力.从几何构型、振动光谱、NBO分析及前线轨道等方面来阐述β-三氰基乙烯取代杯[4]吡咯与不同阴离子氢键相互作用的本质以及吸电子取代基的引入对杯[4]吡咯与F-和Cl-之间主-客体相互作用的影响.; 王腾李琼陈沛全孙宏伟陈兰沈荣欣赖城明; 关键词：吡咯阴离子识别主-客体相互作用氢键

酮醇酸还原异构酶(KARI)与其抑制剂间相互作用的分子模拟研究被引量：1: 2007年; 采用MCCE,Autodock及密度泛函方法对酮醇酸还原异构酶(KARI)与其抑制剂间相互作用进行了研究.计算结果表明,KARI活性位点中的Mg2+在活性位点残基的离子化状态、活性位点的静电性质以及与抑制剂结合等方面起重要的作用;同时,抑制剂在结合方式、前线轨道布居及静电势等方面与酶促反应中间体(HOIV)具有一定程度的相似性;可电离的羧基是当前发现的靶向KARI抑制剂一个重要的结构特征,进一步推广可认为潜在的抑制剂应该拥有可电离成负电荷的功能团.在药物设计中考虑到以上结论,将有利于发现和改造靶向KARI的抑制剂.; 陈沛全刘幸海孙宏伟王宝雷李正名赖城明; 关键词：抑制剂分子对接密度泛函理论

二酰胺吡啶修饰杯[4]芳烃与脂肪二羧酸主客体相互作用的理论研究被引量：2: 2006年; The interest in calixarenes has been related to their ability as receptors for neutral molecules.In the present paper,molecular mechanics and molecular dynamics simulations were used to investigate the molecular recognition of bis(amidopyridine)-linked calix\arene and a series of aliphatic dicarboxylic acids.The computational results indicate that multiple hydrogen bonds were formed between the amide of host molecule and dicarboxylic acids guest molecules with different chain lengths,the binding capacity increased with the chain length increasing.The further study results show that average binding energy obtained by molecular dynamic simulation can be in agreement with the experimental binding constants.Meanwhile,the binding energy,which was calculated from the stable conformation gained by dynamic simulation in vacuum and in solution,agrees with the result of the experiment as well.; 陈东辉孙宏伟陈兰沈荣欣袁静陈沛全袁满雪赖城明; 关键词：分子力学分子动力学杯[4]芳烃主客体相互作用

单嘧磺隆除草剂的晶体构象-活性构象转换的密度泛函理论研究被引量：5: 2006年; 应用密度泛函理论在B3LYP/6-31G(d)水平上对新型除草剂单嘧磺隆绕脲桥部分两个C—N键的内旋转势能面进行计算,然后对势能面上的驻点进行构型优化和过渡态搜索,得到单嘧磺隆4种稳定构象和构象转换过程所涉及的8个过渡态结构.研究结果表明,单嘧磺隆晶体构象-活性构象转换过程中涉及4种稳定构象和8条转换途径,脲桥部分NH基团与嘧啶环上N原子所形成的分子内氢键对于构象的稳定性及转换过程起着十分重要的作用.应用极化连续介质溶剂模型(PCM)在B3LYP/6-31++G(d,p)水平下进行溶剂化效应计算,结果表明单嘧磺隆从晶体构象转换成活性构象主要是在水相中进行的.; 陈沛全孙宏伟李正名王建国马翼赖城明; 关键词：单嘧磺隆构象密度泛函理论氢键

杯[4]吡咯-阴离子体系相互作用的理论研究——杯[4]吡咯-卤素阴离子体系的密度泛函研究被引量：10: 2004年; 用密度泛函 B3 LYP/LANL2 DZ方法对自由杯 [4]吡咯的最低能量构象和卤素阴离子 -杯 [4]吡咯复合物进行了计算研究 .结果表明 ,杯 [4]吡咯与卤素离子能通过彼此间的相互作用形成复合物 ,并且这种相互作用在本质上应为分子间的氢键相互作用 ;杯 [4]吡咯与卤素阴离子形成的复合物在构型变化、电荷转移、前线轨道及其作用方式、成键布居以及能量和热力学参数等方面均按元素周期律有规律地变化 ,杯; 陈沛全孙宏伟陈兰沈荣欣袁满雪赖城明; 关键词：杯[4]吡咯卤素阴离子相互作用氢键

除草剂靶酶AHAS和KARI与抑制剂的相互作用及虚拟筛选研究: 分子间的相互作用在超分子体系、生物大分子体系及生理过程中起着重要的作用。超分子体系主体．客体的识别、酶的催化作用、基因的复制与突变、配体一受体的识别与结合等过程都与分子间的相互作用有关。配体一受体相互作用的研究有助于阐明...; 陈沛全; 关键词：抑制剂分子模拟药物设计; 文献传递

酵母AHAS酶与磺酰脲类抑制剂作用模型的分子对接研究被引量：4: 2007年; 基于酵母乙酰羟酸合成酶(AHAS)与磺酰脲类抑制剂复合物的晶体结构,用分子对接方法对AHAS与5个磺酰脲类抑制剂相互作用的方式进行了系统的分子对接研究.晶体复合物对接和假复合物对接两种模式对接的结果基本相同,并与实验结果吻合.在进一步的对接中逐级考虑了辅酶FAD和TPP的影响,结果表明,辅酶FAD和TPP的加入,对AHAS酶与磺酰脲类抑制剂的结合顺序基本没有影响.其中FAD的加入使AHAS与抑制剂的结合更加稳定,这主要是由于抑制剂的R2取代基与FAD中的平面基团Flavin环间存在的范德华相互作用所致;抑制剂与TPP间存在的静电相互作用可能是加速TPP降解的原因.; 李琼陈沛全陈兰孙宏伟沈荣欣赖城明李正名; 关键词：对接磺酰脲

KARI酶抑制剂的虚拟筛选、合成及生物活性研究: 2009年; 在菠菜KARI酶复合物0.165 nm高分辨率晶体结构基础上,利用分子对接方法对ZINC/drug-like小分子三维数据库进行虚拟筛选,得到了1 000个与KARI酶结合能较低的小分子结构信息,并从中选取部分小分子化合物进行合成或购买,进而测试其除草生物活性。结果表明,17个化合物中,化合物2,3,14和15在100μg/mL浓度下对油菜胚根的生长抑制率可达72.1%～93.9%,而化合物2和3对双子叶植物油菜和单子叶植物稗草均具有较好的生长抑制活性。初步离体测试表明化合物在100μg/mL浓度下大多具有一定程度的KARI酶抑制活性。; 王宝雷陈沛全刘幸海李永红李正名; 关键词：生物活性

β-卤素取代对杯[4]吡咯构象及主-客体相互作用的影响(Ⅰ)——分子力学/分子动力学研究被引量：9: 2004年; 通过分子力学 /分子动力学模拟 ,获得 4种游离杯 [4]吡咯以及杯 [4]吡咯 -卤素阴离子主 -客体复合物的稳定构象 ,用偶极子模型解释了β位卤素取代对游离杯 [4]吡咯稳定构象、杯 [4]吡咯 -卤素阴离子复合物的结构及其结合能的影响 ,指出造成这些影响的主要因素是不同卤素取代导致杯 [4]吡咯的吡咯环基团偶极大小不同 .计算了不同杯 [4]吡咯与卤素阴离子的结合能 ,当杯 [4]吡咯 β位上的 H原子被卤素阴离子取代后 ,杯; 陈沛全孙宏伟陈兰沈荣欣袁满雪赖城明; 关键词：杯[4]吡咯构象主-客体相互作用分子力学分子动力学

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