陶晓芳
- 作品数：7 被引量：3H指数：1
- 供职机构：中国科学院过程工程研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术一般工业技术化学工程更多>>
- GPU桌面机上的大规模分子动力学高性能计算
- 李晓霞郑默刘忠亮陶晓芳刘健袁小龙聂峰光郭力
- 关键词：GPU
- 基于GPU的邻居搜索性能改进
- 基于GPU (Graphics Processing Unit)的分子动力学是近年来分子模拟方法的高性能计算的热点,其快速发展使分子模拟的计算方式正在发生变革,以往在机群上运行的批处理任务将可在带有GPU卡的桌面工作站上...
- 陶晓芳李晓霞孔滨杨小震郭力
- 关键词：GPUCUDA
- GPU加速的主流MD程序计算性能
- GPU通用计算的出现为MD模拟计算性能的提升带来了一场技术革新。本文对支持MD模拟GPU加速的软件的计算性能进行了系统测试。以标准算例DHFR为测试基准,本文比较了三个典型MD软件在单GPU卡上的计算性能,其中,静电力计...
- 陶晓芳李晓霞
- 关键词：GPUMD
- 文献传递
- 聚合物纳米球结晶机理的计算机模拟被引量：1
- 2013年
- 本文基于位置有序参数(SOP)分析了利用图形处理器(GPU)加速的分子动力学程序GMD模拟含有4.5万和36万个CH2联合原子的聚乙烯纳米球的分子动力学结晶过程中结晶度的变化,并使用Avrami方程得到了不同温度下的结晶指数.与一般实验结果相同,该指数n不为整数.我们提出了二元混合模型,认为纳米线团的结晶行为由两种机理按一定比例组成.当结晶温度升高时,两种尺寸的纳米线团的Avrami指数均升高并接近4,结晶机理趋向三维生长和均相成核.当温度低时,晶核多在接近纳米球的表面生成,Avrami指数趋近于1.我们对体系结晶成核阶段结束时晶核沿纳米球的径向分布进行了分析.结果表明Tn=0.60时晶核的生成位置接近表面,而Tn=0.68时晶核出现一个接近纳米球内部的峰.该结果与二元混合模型的Avrami指数的分析结果相吻合.
- 王思邈王思邈陶晓芳石静余翔孔滨聂峰光余翔刘文志
- 关键词：高分子结晶分子动力学
- MD模拟GPU并行计算现状研究被引量：1
- 2017年
- 作为高性能科学计算的典型应用,利用GPU并行加速分子动力学模拟是2007年以来计算化学领域高性能计算的热点。本文概述了支持GPU加速的不同MD软件的特点和其研究进展,重点分析了Amber、GROMACS、ACEMD三个代表性软件的单GPU卡和多GPU卡计算性能,结果表明在配置相同数目GPU卡的情况下,单节点比多节点在计算性能上较有优势,桌面工作站配多块GPU卡是性价比相对较好的MD模拟计算模式。本文还考察了单精度和双精度GPU加速MD的模拟计算结果的准确性,与CPU的计算结果进行了比较,结果表明,GPU的计算结果总体而言是可信的。最后,本文对GPU并行加速MD模拟的研究现状进行总结并对未来发展做了展望。
- 陶晓芳李晓霞郭力
- 关键词：GPUMD
- 一种图像渲染方法、装置、电子设备及介质
- 本发明公开了一种图像渲染方法、装置、电子设备及介质，该方法包括：接收用户的渲染请求，所述渲染请求包括渲染参数；将所述渲染参数发送给服务器，并得到来自所述服务器的图像深度值和颜色信息；将所述图像深度值和颜色信息对应的三维复...
- 陶晓芳高国贤郭力夏诏杰张帆秦鹏飞
- 化学品数据信息搜索引擎ChemDB Portal被引量：1
- 2011年
- 化学品的性质、用途、安全使用等相关的知识是专业人员、特别是工业界的从业人员最大程度地降低健康和环境风险,合理地合成新化学品以及利用已有化学品的基础,也是公众消除对化学的误解、客观认识化学品在日常生活中功用和使用限度的前提。利用网络化、可公开访问的化学数据库资源获取化学品数据信息日益成为首选的途径,但目前对这些数据库的检索仍然是分散的单库检索,利用通用的文本搜索引擎如Google、百度还不能对这些库进行统一、有效的检索。最近几年来为解决网络化学数据库的统一检索问题出现了两种策略,一种基于information repository,另一种基于化学深层网的数据提取。本文简要介绍基于化学深层网的数据提取实现网络上多来源化学数据库统一检索的方法以及在此基础上建立的化学品数据信息搜索引擎ChemDB Portal(http://www.chemdb-portal.cn)。
- 李晓霞袁小龙夏诏杰聂峰光陶晓芳唐武成郭力
- 关键词：数据提取
