冯冰冰 作品数:17 被引量:127 H指数:8 供职机构: 上海海洋大学 更多>> 发文基金: 上海市教育委员会重点学科基金 国家高技术研究发展计划 上海市高校选拔培养优秀青年教师科研专项基金 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
用SRAP标记分析三疣梭子蟹4个野生群体的遗传多样性 利用新型分子标记SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)对我国沿海三疣梭子蟹4个野生群体(青岛群体、连云港群体,象山群体、莆田群体)进行遗传多样性研究,从不同引物组合中筛... 冯冰冰 王树亮 牛东红 李家乐关键词:三疣梭子蟹 SRAP 文献传递 缢蛏种质资源发掘与利用 李家乐 沈和定 吴洪喜 牛东红 沈玉帮 陈慧 刘承初 柴雪良 冯冰冰 林国文 郑润玲 姜志勇 刘达博 刘广丰 章承军 该项目所属水产养殖领域.缢蛏为中国重要滩涂贝类,是中国四大海产养殖贝类之一.据统计,中国贝类养殖产量占海水养殖总产量的82%.滩涂贝类年产量近200万吨,其中缢蛏产量达70万吨,占中国滩涂贝类养殖总产量的30%以上.随着...关键词:关键词:缢蛏 水产养殖 种质资源利用 厚壳贻贝养殖群体与野生群体线粒体DNA的遗传分析(英文) 被引量:17 2009年 采用线粒体DNA COI基因序列对厚壳贻贝2个养殖群体与2个野生群体的遗传多样性进行了研究。4个群体共获得 30个单倍型。结果显示:在养殖群体中单倍型的数量和遗传多样性要比野生群体的低,可能是由于只有少量的有效父母本对养殖群体的遗传变异有贡献所致。养殖群体与当地野生群体之间也未发生显著的遗传分化,可能是因为它们之间存在基因流。在今后厚壳贻贝养殖过程中,本研究可以用在对养殖群体进行遗传监测,从而保证养殖群体的遗传多样性水平。 沈玉帮 李家乐 冯冰冰关键词:厚壳贻贝 群体分化 线粒体DNA COI基因 上海海洋大学水产动物种质资源与创新团队简介 2009年 水产动物种质资源与创新团队是上海海洋大学水产养殖国家重点学科的骨干研究力量,也是省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室的基本研究队伍。上海海洋大学是国内最早开展水产动物种质资源与创新研究的单位,世界水产养殖终身成就奖获得者——李思发教授80年代初回国后创建了这个研究领域,至今已有近30年的历史,在国内外产生了广泛的学术影响。 — 沈玉帮 李家乐 冯冰冰关键词:种质资源 水产动物 教育部重点实验室 国家重点学科 水产养殖 浙闽沿海缢蛏群体遗传结构的微卫星和线粒体COⅠ序列分析 被引量:12 2011年 我国缢蛏养殖规模不断扩大,而缢蛏主产区苗种的遗传结构却缺乏系统的分析研究。利用微卫星标记和线粒体COⅠ序列分析了我国浙闽沿海8个缢蛏群体的遗传多样性和遗传分化水平。基于微卫星标记的遗传多样性分析结果显示,群体的平均有效等位基因数(Ne)为6.2~9.0,期望杂合度(He)为0.806~0.875;基于线粒体COⅠ标记的遗传多样性结果显示,单倍型多态性(Hd)为0.942~1.000,核苷酸多样性指数(P)为0.005 6~0.011 5。基于微卫星标记的群体间遗传分化值(FST)为0.001 4~0.063 8,除NH和SM群体外,其他群体间均具有显著性差异;基于线粒体COⅠ标记的群体间遗传分化值(FST)为0.000 9~0.368 0,部分群体间具有显著性差异。基于微卫星标记和线粒体COⅠ标记的聚类结果表明,位于同一海湾内的群体首先聚类在一起,但是浙江和福建沿海8群体并不符合地理距离隔离模式的聚类方式,而呈现出浙江群体和福建群体的交叉聚类。由此可见,我国缢蛏主产区浙闽沿海群体仍具有较高的遗传多样性水平,但是异地群体间产生了基因交流,并形成了新的地方性种群。 牛东红 冯冰冰 刘达博 沈和定 李家乐关键词:缢蛏 微卫星 线粒体DNA 缢蛏种群遗传多样性的周年变异分析 被引量:4 2012年 利用线粒体COI标记分析了福建省宁德市漳湾镇横屿村滩涂5个月份缢蛏群体(S3,S5,S7,S9,S11)的遗传结构,以期评估不同月份时期种群的遗传多样性差异。基于线粒体COI基因的结果表明,5个缢蛏群体的平均核苷酸差异数位于2.7836-3.6894之间,核苷酸多样性指数位于0.0050-0.0066之间,遗传多样性水平大致表现为S3和S5群体较高于S7和S9群体,明显高于S11群体。AMOVA分析结果显示,群体间遗传变异量占总变异的7.18%,而群体内变异达到了92.82%,说明遗传差异主要来自于群体内部。由此可见,从3月份到11月份,缢蛏群体的遗传多样性水平呈现出下降趋势,尤其是在11月份,差异最为明显。 牛东红 刘达博 陈慧 冯冰冰 林国文 李家乐关键词:缢蛏 遗传分化 线粒体DNA 缢蛏ScHsc70 cDNA的分子特性和表达分析 被引量:11 2012年 从缢蛏(Sinonovacula constricta Lamarck)cDNA文库中筛选出一条热休克蛋白70(Heat shock protein 70,HSP70)同源序列,采用EST扩增和5′RACE(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增方法获得全长cDNA序列,共2 335 bp,包括76 bp的5′非翻译区和309 bp的3′非翻译区,以及1 950 bp的开放阅读框。阅读框共编码649个氨基酸,推算的分子量约为70.89 kD,理论等电点为5.28。氨基酸序列分析结果表明,该基因的氨基酸序列含有HSP70家族的3个签名序列,2个糖基化位点,1个ATP-GTP结合位点,且C末端具有GGXP四肽重复序列以及细胞质特异性调控基序EEVD。该基因是组成型HSC70(Heat shock cognate 70)亚家族基因成员,被命名为ScHsc70。基于氨基酸序列的双壳贝类聚类分析表明,缢蛏与南极帽贝(Laternula elliptica)、文蛤(Meretrix meretrix)的亲缘关系最近。荧光定量表达分析显示,ScHsc70 mRNA在缢蛏水管、鳃、斧足、外套膜、肝和性腺等组织中以不同水平存在,其中在外套膜中的表达量最低,而在水管和肝中的表达量最高。经副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和副鳗弧菌(V.anguillarum)诱导后,ScHsc70 mRNA在缢蛏肝中的水平呈现先升高后下降的变化趋势,且分别在感染后的第20小时和第30小时达到最高。结果提示,缢蛏ScHsc70基因可能参与了对细菌感染的防御反应。 冯冰冰 牛东红 钟玉民 陈慧 林国文 李家乐关键词:缢蛏 热休克蛋白70 基因表达 我国四大海域三疣梭子蟹线粒体控制区基因片段序列比较分析 被引量:19 2008年 通过对我国四大海域野生三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个群体线粒体DNA控制区基因片段进行扩增和测序,得到长度为530 bp的片段。分析结果表明:83条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为36.6%、16.1%、36.6%、10.7%。共检测到91个变异位点,其中缺失/插入位点2个,转换位点76个,颠换位点3个,转换、颠换同时存在位点10个。83个个体具有66种单倍型(hap lotype),单倍型比率为79.5%,对9个群体用MEGA3.1构建NJ分子树,聚类结果显示黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚在了一起,南海3个群体相对遗传距离比较近,单独聚在一起。我国四大海域的野生三疣梭子蟹不同群体间有一定遗传分化。 冯冰冰 李家乐 牛东红 陈琳 周志强 郑岳夫 郑凯宏关键词:三疣梭子蟹 线粒体DNA 控制区 缢蛏SRAP-PCR体系的正交优化 2011年 运用L_(16)(4~5)正交设计对影响缢蛏SRAP-PCR反应的5个因素:Taq酶浓度、Mg^(2+)浓度、模板DNA浓度、dNTPs浓度和引物浓度在4个水平上进行了优化试验,PCR结果采用SPSS v16.0软件分析。结果表明,各因素对SRAP-PCR反应的影响依次为:引物>Taq酶>模板DNA>Mg^(2+);缢蛏SRAP反应最佳体系为:在20μL PCR反应体系中,引物0.3μmol/L、Taq酶0.5 U、模板DNA 50 ng、dNTPs 0.2 mmol/L及Mg^(2+)2 mmol/L。用不同缢蛏的基因组DNA两次SRAP-PCR扩增,8对引物均能扩增出清晰且重复性好的谱带。因而建立的缢蛏反应体系稳定可靠。 钟玉民 刘达博 冯冰冰 陈慧 林国文 李家乐关键词:缢蛏 SRAP 正交设计 我国沿海三疣梭子蟹9个野生群体线粒体CR和COⅠ片段比较分析 被引量:16 2008年 通过对我国沿海三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个野生群体线粒体DNA控制区(putative control region,CR)基因片段和细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段进行扩增和测序,分别得到长度为530bp和584bp的片段。分析结果表明:CR83条序列A+T平均含量为73.2%,共检测到91个变异位点,83个个体具有66种单倍型(haplotype) COⅠ94条序列A+T平均含量为62.2%,共检测到34个变异位点,94个个体具有34种单倍型(haplotype)。用MEGA3.1软件构建9个群体NJ分子树,聚类结果显示,黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚为一大支,南海3个群体相对遗传距离比较近,聚为一大支。AMOVA分析表明,群体间的遗传分化指数(Fst)为-0.07454-0.27087,其中部分群体间达到显著差异(P〈0.05)与极显著差异(P〈0.01),说明我国三疣梭子蟹不同野生群体间存在一定遗传分化。 冯冰冰 李家乐 牛东红 陈琳 郑岳夫 郑凯宏关键词:三疣梭子蟹 线粒体DNA 控制区 遗传分化