刘国庆
- 作品数：33 被引量：38H指数：4
- 供职机构：内蒙古大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金内蒙古自治区高等学校科学研究项目更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术航空宇航科学技术化学工程更多>>
- 秀丽线虫基因组中的回文序列分布
- 2017年
- 回文序列在基因组既可以作为基因表达调控的模体,也能引起基因组的不稳定而导致疾病.本文通过全基因组范围的回文识别,揭示回文在线虫基因组上的总体分布模式,并结合回文丰度和分布特征,探讨回文的生物学功能.结果发现:(1)基因组不同功能区域(如编码区、内含子、基因间区)中,回文在内含子中分布最多,基因间区次之,在编码区分布最少;(2)回文的相对丰度随着回文长度的增加而增加,这反映了基因组对不同长度回文的使用选择性;(3)总体而言回文GC含量随着回文长度的增加而降低,而且在不同的基因组区域(编码区、内含子和基因间区)中回文的GC含量有很大差异;(4)搜索转录因子结合位点模体与回文模体,发现转录因子结合位点富含模体与回文模体,且转录因子结合位点模体中有很明显的回文模体,表明回文可能作为转录因子结合模体而调控转录.
- 冯芬刘国庆
- 关键词：回文序列GC含量转录因子结合位点
- 人类核糖体蛋白加工假基因在进化中的熵变
- 2007年
- 用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1)假基因序列的紧邻碱基关联随进化逐步增强;2)k-mer信息熵中,小k-mer(k=1,2,…,5)信息熵随进化减少,大k-mer(k=7,8)信息熵随进化先迅速减少,随后增加;3)关联信息熵随进化减少,其中紧邻碱基关联信息熵的减少幅度最明显.这些可能与背景突变压力作用有关.
- 刘国庆李宏王芳平应智强
- 假基因研究进展被引量：3
- 2010年
- 假基因是功能基因的缺陷拷贝,它在序列结构上与功能基因非常相似,但已丧失了正常的蛋白质编码功能.假基因曾被认为是一类典型的非编码"垃圾DNA",而如今人们发现假基因在基因表达调控和基因组进化过程中发挥着重要作用.从假基因的起源、序列结构特征、假基因的识别、假基因在染色体上的分布、分子进化规律,以及假基因功能等几个方面较为全面地介绍了该领域的最新研究进展.
- 刘国庆白音宝力高邢永强
- 关键词：假基因
- 基于k-mer组分信息的系统发生树构建方法被引量：4
- 2013年
- 随着越来越多基因组的测序完成,基于全基因组的非比对的系统发生分析已成为研究热点。不同的生物物种或个体基因组之间的核酸组分不完全相同。遗传语言-DNA序列的信息很大程度上反映在其k-mer频数中。基于基因组序列k-mer频数的系统发生树则从新的角度为我们提供物种之间的亲缘关系。本文定义基于k-mer频数的信息参数,并用它表征基因组序列,计算不同基因组之间信息参数的距离,用邻接法对84个病毒构建了系统发生树,发现构建的系统发生树很大程度上与已有的系统发生树相吻合。
- 刘红梅刘国庆
- 关键词：系统发生树距离矩阵
- 人类转录假基因序列碱基片段的分析研究
- 2012年
- 对人类201条转录假基因的2碱基片段、3碱基片段、4碱基片段、5碱基片段和6碱基片段进行了统计。发现所统计的碱基片段在相对频率小于2范围内的模式占总模式数的89%以上;长度较长的碱基片段(5碱基片段、6碱基片段)同三核苷酸碱基片段之间包含和被包含关系较明显;人类转录假基因序列里出现最多的碱基片段大多是由AG核组成的,稀有模式主要是以CG核组成的3碱基片段,这可能是因为转录假基因序列与其同源编码基因mRNA竞争去稳定蛋白所引起的;在人类转录假基因序列中每平均约26个碱基就有一个终止密码子模式(TAG、TAA和TGA),终止密码子的频繁出现可能是原功能基因编码区的一种容错机制。另外,进行了相对频率的统计分析,发现对于2碱基片段、3碱基片段、4碱基片段、5碱基片段和6碱基片段的研究是具有其统计意义的。
- 齐磊刘国庆
- 基于多信息融合的酵母重组冷热点预测
- 2014年
- 减数分裂重组并非均匀发生在基因组上,而是在一些区域有着较高的重组频率(重组热点),在另一些区域重组频率较低(重组冷点).重组的发生不仅与序列特征有关,还依赖于染色质的结构.准确鉴定重组热点和冷点对于认识重组发生的分子机制以及基因组进化规律具有重要意义.本文首先在实验数据的基础上识别2 kb尺度的重组冷热点,然后采用多样性增量结合二次判别分析(IDQD)和支持向量机(SVM)算法,基于一系列与DNA序列、结构及其热力学稳定性以及染色质结构相关的特征对酵母的重组冷热点进行了分类预测.结果表明,预测模型能够有效区分重组冷热点;从预测结果的敏感性、特异性和总精度来看,IDQD算法优于SVM算法.
- 张冰洁刘国庆蔡禄
- 关键词：热力学稳定性
- 人类基因组中加工假基因分布与重组率和基因密度的关系被引量：4
- 2008年
- 分析了人类加工假基因在染色体上的分布,发现加工假基因密度与重组率负相关,而与基因密度正相关。加工假基因在低重组区的积累与插入有害模型和异位重组模型相吻合:在插入有害模型下,低重组区的选择强度由于Hill-Robertson干涉而变弱,所以加工假基因较多地插入到低重组区;在异位重组模型下,同源加工假基因家族(包括同源祖先基因)之内可能发生异位重组而对机体造成危害,所以加工假基因在高重组区的插入受到较强的负选择,导致加工假基因较多地分布在低重组区。除以上两种模型以外,加工假基因还可能通过降低重组率的方式对加工假基因密度与重组率的负相关有所贡献。加工假基因偏好分布在基因密区,这可能与异位重组在该区较少发生有关。
- 刘国庆李宏
- 关键词：重组率自然选择
- 人类基因组中减数分裂重组对二核苷偏好性的影响被引量：5
- 2009年
- 二核苷相对丰度谱是反映基因组整体水平上的选择压力或突变偏好性的"基因组指纹",它在基因组进化研究、系统发生分析中发挥着独特而重要的作用.因此,揭示基因组指纹的形成和进化的压力是基因组进化研究的重要内容之一.本文着重研究人类基因组中二核苷偏好性和减数分裂重组率的关系.结果发现,在整个基因组范围内编码序列的总体二核苷偏好性与重组率显著负相关,而对非编码序列来说却显著正相关.另外,本研究给出了特定二核苷偏好性与重组率的关联模式,并讨论了重组率与二核苷偏好性的相互作用机理.结果表明,重组对基因组指纹的形成与进化有着重要的作用.
- 刘国庆李宏
- 关键词：重组率基因转换自然选择
- 一种户外牛体体尺检测方法与装置
- 本发明涉及养殖技术领域，尤其涉及一种户外牛体体尺检测方法与装置，装置用于实施检测方法，装置包括位于测量通道两侧的通道侧边栏，正上方摄像机位于两个通道侧边栏中心线上方，位于一侧的摄像机位于通道侧边栏外侧，两个红外触发装置分...
- 贾根莲金其余张福元王玥刘国庆刘邵楠
- 文献传递
- 一种户外牛体体尺检测方法与装置
- 本发明涉及养殖技术领域，尤其涉及一种户外牛体体尺检测方法与装置，装置用于实施检测方法，装置包括位于测量通道两侧的通道侧边栏，正上方摄像机位于两个通道侧边栏中心线上方，位于一侧的摄像机位于通道侧边栏外侧，两个红外触发装置分...
- 贾根莲金其余张福元王玥刘国庆刘邵楠
