卫海滨
- 作品数：8 被引量：22H指数：1
- 供职机构：上海市农业生物基因中心更多>>
- 发文基金：上海市自然科学基金中国博士后科学基金上海市科委科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生更多>>
- 上海市农业种质资源信息共享服务平台设计与应用
- 2024年
- 上海市农业种质资源信息共享服务平台是对上海市保护单位的农业种质资源进行规范管理和共享利用的服务体系。为了解决当前规模化和多样化的种质分散于不同保护单位,不利于资源信息共享与利用的问题,本研究根据农业种质资源库(圃)的工作流程研发了以保护单位、资源用户和主管单位为主要角色的一站式共享服务平台,为保护单位建立了管理系统模块,保护单位管理员可进行本单位的种质资源数据管理、资源共享信息发布、申请审核和利用成效管理,促进各保护单位种质资源数据的规范化和共享服务。为资源用户创建了申请共享和利用反馈机制,主要提供种质资源信息查询服务、申请利用服务、利用成效反馈服务等,可同时申请多个保护单位的种质。为主管单位提供全面调查的统计汇总信息,包括全市资源存量、资源分发利用、资源利用成效等信息,实时掌握资源共享动向和利用成效。种质资源信息共享服务平台将为保护单位、资源用户和主管单位提供便捷的服务,有助于提高农业种质资源保存与利用效率。
- 王国军卫海滨杨华李天菲林田龙渡刘鸿艳冯芳君石群芳牛婷婷周丽王飞陈亮罗利军龙萍
- 关键词：种质资源共享服务信息管理
- 利用水稻抗旱种质研究驯化和育种对遗传多样性的影响被引量：1
- 2016年
- 利用高通量测序获取SNP标记技术对上海市农业生物基因中心99个水稻抗旱种质进行全基因组重测序,分析其遗传多样性和遗传基础。结果表明:在所有SNPs位点中,多态性比率为68.98%(1 927 238/2 793 702),SNPs标记密度在12条染色体上分布范围为4.5—6.2个SNP/kb;供试品种间的遗传距离分布具有两个密度高峰;邻接法构建系统发育树将99个品种划分为籼稻和粳稻两个类群。综合SNPs和进化分析结果表明:水稻在自然选择和人工驯化过程形成复杂进化史,99个抗旱种质在DNA水平上的差异呈现两个极端,遗传距离分布范围较大(0.003—0.998),具有较宽遗传基础和丰富的遗传多样性。本研究以期为水稻节水抗旱新品种选育的亲本选配提供理论依据。
- 卫海滨夏辉楼巧君冯芳君马孝松梅捍卫罗利军
- 关键词：水稻抗旱性育种
- 叶用莴苣NAC基因家族的鉴定与热胁迫表达分析被引量：1
- 2021年
- NAC基因家族是植物特有的一类转录因子家族,在植物响应高温等非生物逆境胁迫中发挥重要作用。本研究通过对叶用莴苣基因组数据库进行查询鉴定,共有99个LsNAC基因,编码NAC蛋白161个。LsNAC基因在1号到9号染色体上均有分布,2个LsNAC基因未能定位在染色体上,其中6号染色体上编码的基因最多,8号染色体上编码的基因最少。叶用莴苣NAC蛋白有着相似的motif组成,分析表明,NAC总共有9个保守的motif,前8个motif分布在保守的N端,只有第9个motif位于序列不保守的C端,而且第9个motif仅存在于9个Ls NAC蛋白中。LsNAC基因的重复性鉴定分析表明,7对为片段重复基因,6对为串联重复基因。系统进化分析表明Ls NACs可以分为6个亚家族,通过对叶用莴苣热胁迫下的转录组数据进行分析,鉴定出13个对热胁迫响应的LsNAC基因,这些LsNAC基因在除第六亚家族之外,在其他五个家族中均有分布,其中第三个亚家族含有的热响应基因最多(4个LsNAC基因),RT-qPCR实时荧光定量分析进一步验证表明10个NAC基因在耐热材料中上调表达,3个下调表达。本研究为今后LsNAC基因在叶用莴苣中的耐热机理研究和相关抗逆育种提供了重要的理论基础。
- 杜莉杨晓徐凯卫海滨魏仕伟韩颖颖韩颖颖
- 关键词：NAC热胁迫叶用莴苣
- 水稻中胚轴延长特性相关的分子标记及其应用
- 本发明属于农业生物技术领域，涉及与水稻中胚轴延长特性相关的分子标记，该分子标记的SNP位点对应水稻基因组参考日本晴序列3号染色体上第315682836个核苷酸位点G>A突变，该位点的突变与水稻中胚轴延长特性有显著的...
- 梅捍卫严明冯芳君吴金红卫海滨罗利军
- 文献传递
- 上海地区HPV分型及高危型HPV负荷量与宫颈病变的关系被引量：19
- 2013年
- 目前发现已鉴定出的100多种HPV亚型在不同国家与地区的流行病学分布不同,而HPV负荷量的高低与宫颈病变的严重程度存在相关性.为了探讨上海地区HPV亚型的分布特征及高危型HPV负荷量与宫颈病变的关系,收集了就诊于上海市浦东新区公利医院宫颈疾病门诊患者515例,采用导流杂交基因芯片技术(HybriMax)对HPV进行基因诊断和分型;并使用实时荧光定量PCR方法检测HPV负荷量,统计分析负荷量与宫颈病变程度的相关性.结果表明,上海地区共检测出18种HPV亚型,检出率大于5%的HPV亚型(HPV-16,58,33,52,31,18)均属于高危型;4种高危型HPV(16,58,33,52)与宫颈病变严重程度呈显著相关;Spearman等级相关分析显示,HPV负荷量与宫颈病变级别呈正相关(r=0.318,P=0.000);两种高危亚型HPV-16和HPV-33的负荷量为这种正相关性的主导因素.本研究确定了上海地区HPV流行的主要亚型及HPV负荷量与宫颈病变程度的关系,这为开发预防中国人群(特别是上海地区)常见HPV亚型的多价疫苗提供了有效证据,为高HPV负荷量作为高级别宫颈上皮内瘤样病变及宫颈癌筛查的有意义指标提供了佐证.
- 舒慧敏陈华卫海滨卿志荣姚海宏王智丰熊苗王丽杨宾烈
- 关键词：病毒负荷量
- 水稻SBP基因家族的全基因组研究
- 2023年
- 【目的】水资源紧缺严重威胁我国的粮食安全,优化水稻的节水抗旱性状是推广旱作农业节水的最为经济有效的方法。Squamosa promoter binding protein(SBP)基因家族是一类具有重要应用价值的植物特异性转录因子,它们可以影响植物的株型、产量和抗逆性,为节水抗旱育种提供了重要资源。然而,SBP家族成员在水稻发育和胁迫响应中的功能目前还未全部鉴定,调控抗逆性研究也未进行。【方法】利用SBP结构域一致性序列搜索水稻基因组,再进行基因结构和系统发育分析、共线性分析及基因表达模式分析。【结果】鉴定出19个SBP-like(OsSPL)基因,分布于10条染色体上,编码蛋白序列长度为217~1141 aa。基因结构和系统发育分析表明水稻OsSPL基因可分成4组。共线性分析表明,水稻基因组内OsSPL-4和OsSPL-5形成1个串联重复基因簇,11个OsSPL,形成7个跨染色体分布的重复基因对。水稻和拟南芥SPL形成5个同源基因对,与玉米形成45个同源基因对。Evorepro数据库中OsSPL基因表达模式分析表明水稻叶片冷胁迫下OsSPL-1和OsSPL-3表达下调,OsSPL-2和OsSPL-9表达上调;干旱胁迫下OsSPL-1、OsSPL-4和OsSPL-8转录水平下调;OsSPL-2和OsSPL-14(IPA1)转录水平上调。【结论】OsSPL基因在水稻基因组中广泛分布,并形成多个跨染色体基因对;同时在逆境如寒冷、干旱等胁迫下可做出较大反应,从而表现可调控水稻的耐逆、抗逆性。研究结果可为节水抗旱稻育种改良和机理解析提供理论依据。
- 庄可卿杜娟翁雅萍许雅琴熊娟邓志龙刘昊霖刘豫宋惠李华杨婷宁德正刘利莎夏海林卫海滨张琳胡颂平
- 关键词：水稻SPL抗逆性
- 水稻ECT基因家族的全基因组研究被引量：1
- 2022年
- 真核生物mRNA转录后修饰可调控许多基因的遗传信息,植物m^(6)A甲基化研究正成为关注的新热点。m^(6)A结合蛋白(m^(6)A readers)调节m^(6)A修饰的特异性,通常具有YTH(YT521-B homology)结构域,在拟南芥中被命名为ECT结构域(evolutionarily conserved C-terminal region ECT domain)。目前ECT基因已在拟南芥和水稻等植物中检测到,但该基因家族在水稻中的成员及生物学功能还缺乏研究。本研究通过水稻ECT基因家族的全基因组分析,鉴定出12个OsECT基因,具有1个保守的基序,多位于蛋白质氨基酸序列C-端。共线性分析表明,在水稻基因组内OsECT-c与OsECT-e发生了重复事件,在物种间ECT同源基因对可能是在双子叶和单子叶植物分化后形成。同源基因对OsECT的Ka/Ks<1,表明OsECT基因家族在进化过程中可能经历了较强的纯化选择压力。表达模式分析显示,OsECT-b、OsECT-c、OsECT-e和OsECT-j在水稻生长初期各个组织均保持较高的表达水平,OsECT-g在干旱处理后表达量显著下调。因此,OsECT基因在水稻生长发育和逆境胁迫中可能发挥着重要作用。本研究为今后OsECT基因在水稻的节水抗旱机制研究和相关抗逆育种提供了重要的理论基础。
- 宁德正庄可卿张巧玲李华张婉桐张桁源胡颂平卫海滨
- 关键词：水稻
- 水稻中胚轴延长特性相关的分子标记及其应用
- 本发明属于农业生物技术领域，涉及与水稻中胚轴延长特性相关的分子标记，该分子标记的SNP位点对应水稻基因组参考日本晴序列3号染色体上第315682836个核苷酸位点G>A突变，该位点的突变与水稻中胚轴延长特性有显著的...
- 梅捍卫严明冯芳君吴金红卫海滨罗利军
- 文献传递
