周大为
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：江南大学生物工程学院更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 16S rDNA序列关键位点的信息论分析被引量：3
- 2010年
- 16S rDNA中含有较多的菌种特异性信息,但是如何使用这些信息进行菌种鉴定却因不同菌种间序列的特征变化缺少规律而变得困难。作者使用信息论方法对那些种内较保守,种间变异明显的关键位点进行研究。结果表明,16S rDNA序列中仅有少数位点对菌种的分类是重要的。基于少数关键位点的相似度比传统的全序列鉴定有着更好的统计学特性。
- 周大为于雪飞周少刚李炜疆
- 关键词：RDNA
- 利用蛋白质序列模式识别改善谷氨酸棒杆菌基因组注释
- 2014年
- 即使细菌基因组的基因结构较为简单,但在注释过程中也可能出现基因遗漏的现象。当潜在基因在高质量数据库中没有显著同源序列时,基于知识库的基因预测方法就会遇到困难。本文希望通过系统扫描基因组所有可能ORF的蛋白质序列模式来搜索遗漏基因。为验证该方法的可行性,作者系统分析了重要的工业发酵微生物谷氨酸棒杆菌的基因组,发现了25个候选疑似基因。它们具有显著的蛋白质序列模式,但在Swiss-Prot中元显著同源序列,并且在GenBank中仍未注释。深入分析发现,25个候选疑似基因中19个为可能基因,3个为可能假基因,3个为疑似基因序列。这些结果说明本文的分析方法可以有效地用于无显著同源序列基因的搜索。
- 周大为李炜疆
- 关键词：谷氨酸棒杆菌基因组注释
- 利用蛋白质同源性搜索检验细菌预测基因的起始位点
- 2012年
- 细菌基因组中基因密度高、结构相对简单,基因预测可以达到较高的准确度。细菌基因预测的一个重要问题是难以准确判断基因起始位点,目前应用最广的基因组自动注释方法给出的结果中,占总数约1/5的基因的起始位点有分歧,尚无利用基因结构的统计特征改进起始位点预测的有效方法。通过蛋白质同源性搜索,为推断起始位点提供新的线索。对氧化葡萄糖酸杆菌Gluconobacter oxydans 621H全基因组的分析表明,这种方法可以实质性改善起始位点预测结果。
- 夏伟周大为李炜疆
- 关键词：基因组注释基因预测
