朱玉风
- 作品数：6 被引量：5H指数：1
- 供职机构：山东师范大学物理与电子科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学农业科学经济管理更多>>
- The Study of Conformational Transition Characteristics of Intrinsically Disordered FlgM Protein of Hyperthermophile in Different Temperature
- Background: The homologous FlgM proteins have varieties of disordered degree and temperature adaptability, and...
- 朱玉风曹赞霞王吉华
- 关键词：THERMOPHILEPROTEINMOLECULARDYNAMICSDISORDEREDPROTEIN
- 固有无序超嗜热菌FlgM蛋白在两种不同温度下的构象变化特征被引量：1
- 2015年
- 基于分子动力学模拟方法比较了超嗜热菌FlgM蛋白在常温(293K)和生理温度(358K)下的结构特征.基于GROMACS软件包,采用OPLS-AA分子力场和TIP3P水模型,对超嗜热菌FlgM蛋白在293和358K进行了2组独立的长时间分子动力学模拟,每组体系模拟时间为1500ns.主要分析了两种温度下超嗜热菌FlgM蛋白的二级结构特征、整体构象变化及半无序化区域和结构化区域的构象特征.研究结果表明:在常温下,N端具有一定程度的螺旋成分,但在生理温度下,超嗜热菌FlgM蛋白的结构变得松散,螺旋结构减少,构象稳定性减弱,H1螺旋散开,FlgM蛋白构象灵活性增强,不稳定程度增加.这些不同温度的结构变化说明:半无序化区域(N端)在非结合状态下有一定的螺旋结构,但该段螺旋的稳定性随温度升高而降低.超嗜热菌FlgM蛋白会通过增加结构的无序程度使结构更加灵活,以适应高温,从而使该类固有无序蛋白更好地行使其功能,如提高同其他成分的结合速率等.
- 朱玉风曹赞霞赵立岭王吉华
- 关键词：分子动力学模拟结构特征
- 固有无序蛋白质-DNA复合物结合位点处核苷酸偏好性分析被引量：1
- 2013年
- 固有无序蛋白质是一种新的蛋白质类型,具有显著的序列结构特征,尤其在与DNA相互作用中发挥着重要功能.分别统计分析了固有无序蛋白质有序区和无序区与DNA形成的复合物中,位于结合位点处脱氧核苷酸的结合偏好性以及与氨基酸组成结合对的偏好性.结果发现,参与这种相互作用的脱氧核苷酸类型具有显著差异,其中鸟嘌呤脱氧核苷酸和胸腺嘧啶脱氧核苷酸较受欢迎,而腺嘌呤脱氧核苷酸和胞嘧啶脱氧核苷酸不受欢迎.我们还发现四种脱氧核苷酸都偏好与精氨酸和赖氨酸组成结合对,而很少与天冬氨酸和谷氨酸结合.因此,本文将为今后DNA与其它分子相互作用研究提供可靠的数据和方法支持.
- 郭珍珍朱玉风王吉华
- 关键词：DNA结合位点核苷酸
- 同源固有无序蛋白全无序和半无序区结构特征的计算机模拟研究
- 固有无序蛋白质在生理条件下没有稳定的三维结构，可以在多个不稳定构象之间动态转变。固有无序蛋白质的这种结构特征，依赖于序列特征，也影响其功能特征。固有无序蛋白质的能量势图，不同于有序蛋白质的漏斗模型，呈现锯齿状，而且具有多...
- 朱玉风
- 关键词：分子动力学计算机模拟
- 文献传递
- 固有无序蛋白质(IDPs)的预测和分子动力学模拟研究
- 2014年
- 固有无序蛋白质是一类在生理状态下没有固定三维结构,却可以发挥正常生物学功能的蛋白质.对这类蛋白质系统深入的研究丰富了人们对蛋白质生物学功能的认识.固有无序蛋白质预测经过十多年发展,已经成为发现新固有无序蛋白质的重要工具;而分子动力学模拟则为我们从微观上研究固有无序蛋白构象变化过程、分析固有无序蛋白与其他分子的相互作用,以及揭示这类蛋白质的特征等发挥了不可替代的作用.
- 朱玉风陈艳如曹赞霞王吉华
- 关键词：分子动力学模拟
- 固有无序蛋白质无序区和有序区氨基酸组成偏好性分析被引量：3
- 2014年
- 以固有无序蛋白质为研究对象,通过CD-HIT对数据进行去冗余处理,然后利用编程软件对数据进行统计而得到新的数据。对所有无序区及有序区的氨基酸含量进行对比,认为氨基酸Val、Ile、Leu、Phe、Trp、Asn、Tyr、His具有形成有序结构的偏好性;氨基酸Pro、Ser、Gln、Asp、Lys具有形成无序结构的偏好性。研究结论有助于进一步挖掘固有无序蛋白质的序列特征,并为固有无序蛋白质的预测提供一些借鉴。
- 王红梅武恩斯朱玉风
- 关键词：功能位点
