王海印
- 作品数：9 被引量：10H指数：2
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 肠杆菌科菌株基因组水平上的遗传差异(ANI)及其在菌种鉴定上的应用
- 2013年
- 本研究探讨了高通量测序方法在肠杆菌科菌种鉴定中直接应用的可能性,第一次提出并验证了基因组平均遗传相似度(ANI)指标在肠杆菌科鉴定中的有效性,为该技术的进一步发展提供了数据积累。
- 张雯杜鹏程王海印于伟文张媛媛陈晨
- 关键词：肠杆菌基因组菌种鉴定
- 基于16S rDNA数据库的细菌在线分类鉴定平台的构建被引量：4
- 2013年
- 目的利用且兼并简化现有16S rDNA基础数据库,建立可用于传染病预防控制及感染性疾病的临床诊疗的细菌快速分类的核糖体基因数据库,构建快速鉴定在线分析平台。方法收集整理已有的包括RDP、GenBank、SILVA、HOMD等国际公认、公开的16S rDNA数据库,进行整理、筛选和去冗余,重新构建16S rDNA数据库。利用生物信息学构建自动化分析流程,并利用先进的web 2.0、JAVAEE等技术开发设计数据库系统及网站,构建了自动化的在线细菌分类鉴定平台。结果通过核酸序列比较,将已公布的1 450 265条16S rDNA序列简化为具有代表性的96 138条序列,并构建了序列数据库。结合序列比较、序列聚类等生物信息方法,建立了基于web的快速检索系统(http://ssu.bioinfo-icdc.org)。结论通过构建基于16S rDNA序列的细菌分类鉴定在线分析平台,具有快速、简单、明确的特征,能够对病原菌进行快速、准确的分类学鉴定,有效提高传染病预防控制和感染性疾病临床诊疗中的病原菌鉴定和疫情溯源的速度,为及时实施有效治疗和控制措施赢得时间。
- 陈晨彭珂王海印杜鹏程张雯张媛媛于伟文
- 关键词：RDNA数据库
- 病原菌特异基因数据库系统的开发及应用
- 2013年
- 利用前期研究获得的病原菌各分类水平特有同源基因,构建了病原菌特异基因数据库,采用四层架构模型和单向依赖结构构建了在线展示及查询系统,为科研工作者提供了病原菌特异基因基础数据。可通过简洁直观的方式进行查询和展示,为分型位点筛选、检测芯片设计、核心基因组研究等工作提供相应位点选择依据,为病原菌相关研究工作提供了便捷工具,可加快相关病原菌检测和分型方法的建立。在目前新型病原菌不断出现、治疗愈加困难等越来越严峻的传染病预防控制形势下,具有重要应用价值和现实意义。
- 陈晨杜鹏程吴一雷王海印张雯闫鹏程张媛媛陈禹保于伟文
- 关键词：病原菌特异基因数据库
- 霍乱弧菌N16961超级整合子重复序列及基因盒分析
- 2010年
- 目的:确定O1群El Tor型霍乱弧菌N16961超级整合子(SI)中霍乱弧菌重复序列(VCR)的序列特点,以及VCR和基因盒的数量及位置。方法:用局部序列比对软件BLAST将VCR参考序列与霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体进行比对,用Artemis Comparison Tool查看比对结果获得比对区域的位置信息,并采用perl语言脚本获得霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体VCR相应区域的序列;用全局比对软件Clustal W将上一步获得的所有VCR序列进行多序列比对,采用perl语言脚本处理比对结果获得一致性序列;用MEGA4.0软件查看多序列比对结果,并采用perl语言脚本计算各位置变异频率,据此分析霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体上VCR和基因盒的特点。结果:在N16961的超级整合子中有158个VCR,其核苷酸长度为117～124 bp;其一致性序列有126个核苷酸,其中37个为保守核苷酸位点,89个为可变核苷酸位点;139个VCR与相邻的VCR之间至少有1个基因,19个VCR相互之间没有任何基因;N16961的SI中共存在146个基因盒,基因盒大小为390～5924 bp不等,每个基因盒中整合的基因数目为1～9个不等。结论:建立了SI中VCR和基因盒的分析流程,分析了SI中VCR的保守及变异位点,明确了霍乱弧菌N16961的SI中VCR和基因盒的信息,为霍乱弧菌和其他细菌中SI的研究提供了分析基础。
- 高艳逄波杜鹏程王海印阚飙
- 关键词：霍乱弧菌基因盒
- 猪链球菌GZ1基因组密码子使用分析被引量：1
- 2011年
- 以猪链球菌GZ1为研究对象,利用Codon W在线工具、对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等方法研究其基因组的密码子使用情况及影响因素。猪链球菌GZ1基因组中GC含量为41.4%,偏爱使用以U或A结尾的密码子,其密码子使用具有一定的偏好性。对应分析表明,第1条向量轴与CAI(R=-0.749,P<0.01)、G+C(R=-0.216,P<0.01)呈显著相关,表明基因的表达水平是影响其密码子使用偏好的主要因素,碱基组成对猪链球菌GZ1基因组水平上密码子使用偏好有一定的影响。此外,芳香族蛋白质也对其密码子使用偏好有一定的影响。而蛋白质的疏水性对猪链球菌GZ1基因组水平上密码子使用偏好无影响。这些结论将为进一步研究猪链球菌的基因组学奠定一定的基础。
- 罗雪莲王海印叶长芸
- 关键词：猪链球菌同义密码子
- 454 GS Junior测序平台用于细菌基因组de novo测序的评价
- 2013年
- 目的评价454 GS Junior测序平台在细菌基因组测序中的应用价值。方法利用454 GS Junior测序平台测定1株霍乱弧菌的基因组序列,组装注释后,与参考序列霍乱弧菌O1埃尔托生物型菌株N16961基因组序列进行比对。结果共获得37Mbp数据,平均读长为322bp。数据组装后,得到170个序列重叠群,总长为3.96Mbp。与参考序列相比,测定序列对于参考序列的覆盖度达到99.49%,参考序列96.76%的基因被完整测出同源基因。结论 454 GS Junior测序平台可以用于细菌基因组的快速测定。
- 陈晨张媛媛王海印
- 关键词：GS
- 病原菌基因组岛的预测及相关基因的功能研究
- 2013年
- 目的通过对病原菌基因组进行预测和对相关基因功能进行研究,探讨病原菌基因组岛对其基因组结构及功能的影响。方法通过生物信息学方法,根据GC含量异常预测基因组岛,对相关基因进行COG功能注释,对基因组岛的分布特点和相关基因功能进行分析。结果在276株病原菌基因组上预测得到了2945个基因组岛,相关基因9219个,以"细胞壁、细胞膜、包膜的生成"、"复制、重组和修复"、"预测的功能蛋白"及"转录"功能最多。结论病原菌基因组岛与水平基因转移密切相关,是病原菌获得新功能特性的重要来源,通过对基因组岛及其相关基因的功能特点进行深入研究,能够极大推动细菌致病性、耐药性的机制研究,对疾病的治疗和预防控制具有重要意义。
- 陈晨杜鹏程王海印张雯张媛媛
- 关键词：病原菌
- 单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用分析被引量：1
- 2011年
- 目的以单增李斯特菌EGD-e为研究对象,分析其密码子使用模式及影响因素。方法利用Codon W在线工具分析单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用情况;利用对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等推测影响单增李斯特菌EGD-e密码子偏性的因素;利用高表达优越密码子分析法确定单增李斯特菌EGD-e基因组的主要偏爱密码子。结果单增李斯特菌EGD-e基因组中G+C含量仅为37%,偏爱使用以U或A结尾的密码子;对应分析显示第1条向量轴与G+C(R=-0.182,P<0.01)、CAI(R=-0.740,P<0.01)呈显著相关,且与后者的相关程度明显高于前者。结论单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用具有一定的偏性;推测基因的表达水平是影响单增李斯特菌EGD-e基因组密码子使用的主要因素。同时,基因组密码子使用偏性还受到碱基组成的影响,而基因长度对密码子的使用偏性影响不大。最后确定了UUC、UUA等27个密码子为单增李斯特菌EGD-e的最优密码子。这些结果将为进一步研究单增李斯特菌的基因组学提供基础。
- 罗雪莲王海印叶长芸
- 关键词：同义密码子
- 利用网络爬虫技术分析我国活禽贸易与H7N9禽流感病毒传播的关系被引量：4
- 2014年
- 采用网络爬虫技术分析2013年中国各省份通过活禽贸易携带H7N9禽流感病毒活禽的可能传播方向和范围，并预测疫情发展趋势。数据分析显示，有18个省份存在高感染风险，其中13个省份截止2014年2月已有报告病例。预测5个无感染风险的省份迄今未报告病例。
- 卢珊陈晨于伟文王海印杜鹏程阚飙徐建国
- 关键词：网络数据
