葛健
- 作品数：3 被引量：16H指数：3
- 供职机构：东北大学信息科学与工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 基于二分频率变换的序列相似性查询处理技术被引量：8
- 2006年
- 作为基因功能预测的主要手段,序列相似性查询技术是生物信息学领域的研究热点.基因序列和结构的相似性往往决定了基因功能的相似性,因此可以通过基因序列的相似性查找来预测新基因的功能.分析了MRS索引中频率变化和小波变换等相关技术,讨论了它们的缺点和不足,提出了一种基于二分频率变换2-PFT的序列相似性查询处理技术.首先,设计了二分频率变换和相应的距离函数,使得系统较之频率变换和小波变换具有更高的过滤能力,极大地提高了系统的性能;其次,解决了处理任意长度查询的问题.理论证明和实验结果均表明,2-PFT系统的性能远远优于MRS系统.
- 王国仁葛健徐恒宇郑若石
- 关键词：范围查询生物信息学
- 并行后缀树的构造及查询算法被引量：5
- 2004年
- 针对生物信息领域中传统后缀树构造算法在时间和空间上的限制,从结构并行的角度提出了一种新颖的、适用于生物信息学应用的并行后缀树结构和相应的构造算法·该算法首先将给定字符串分成若干连续的片段,并在各个处理机上分别构造这些片段的后缀树,形成了一种分布于多个处理机上的并行后缀树结构·该并行算法不仅大大缩短了后缀树的构造时间,而且避免了主存大小的限制·经分析,其性能优于现有的任何一种并行算法·在此基础上,提出了一种高效的基于这种并行后缀树的字符串匹配算法,解决了传统后缀树的基本查询问题·
- 乔百友葛健王国仁韩东红
- 关键词：后缀树字符串匹配生物序列生物信息学
- 后缀树的并行构造算法被引量：5
- 2004年
- 后缀树是一种非常重要的数据结构,它在与字符串处理相关的各种领域里有着非常广泛的应用。构造后缀树是应用后缀树解决问题的前提和关键。虽然很多现有的后缀树构造算法都是线性时间和空间的,但是,当被索引的字符串的长度很长时,构造其后缀树所消耗的时间和空间仍将非常巨大,这极大地限制了后缀树的实际应用。而并行技术是解决这一问题的很好途径,因此人们提出了后缀树的并行构造算法。本文对后缀树的三种并行构造算法进行了综述,通过系统的比较和分析,总结出当前存在的问题,并指明了下一步的研究方向。
- 葛健王国仁于戈
- 关键词：后缀树数据结构字符串
