- 曼氏血吸虫己糖激酶(SmHK)蛋白质结构与功能的生物信息学预测被引量：2
- 2010年
- 目的应用生物信息学技术预测曼氏血吸虫己糖激酶(SmHK)的结构和功能,为进一步功能研究提供信息。方法从GenBank获取SmHK及其他物种HK全长cDNA序列及氨基酸序列,应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站及VectorNTI软件包,对所获氨基酸序列的保守功能域及基序、蛋白质理化参数、亚细胞定位、亲水性、B细胞线性表位、二级结构及拓扑结构、三级结构建模分析及预测。结果SmHK编码451氨基酸残基,理论分子量为50446.01Da,具有完整HK-1及HK-2保守功能域,与结构和功能有关的位点高度保守,与宿主(人、鼠)的同源性为30%,与人等脊椎动物有较近的进化关系;有多个潜在的抗原表位、多个磷酸化位点及1个跨膜结构。三级结构分子建模显示该蛋白两基团间有一裂隙,葡萄糖、ATP结合位点及ATP催化区位于该裂隙中或周围,跨膜区与其两端的碱性氨基酸形成一阴离子通道。结论SmHK与结构和功能相关的位点高度保守,与宿主有较近的进化关系,推测该蛋白可能通过跨膜区锚定在线粒体外膜上,主要功能位点位于蛋白裂隙中或周围,多个磷酸化位点说明其参与多种细胞功能的调节,在调节能量代谢中起重要作用,是潜在的疫苗候选分子和药物作用靶标。
- 吕刚赵世勇李静晶范志刚芦亚君
- 关键词：血吸虫己糖激酶生物信息学
