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邱德有: 作品数：91 被引量：809H指数：14; 供职机构：中国林业科学研究院林业研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>; 相关领域：农业科学生物学医药卫生化学工程更多>>

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基于高通量测序的瑞香狼毒转录组数据分析被引量：2: 2017年; 目的获得瑞香狼毒Stellera chamaejasme转录组数据库代谢途径基因序列、SSR以及转座子等信息。方法以瑞香狼毒根作为受试材料,采用二代测序方法中的Illumina Hi Seq 2000进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析。结果共获得26 785 872个Clean reads片段,拼接得到47 053条Unigenes,平均长度为419 nt。将拼装所得到的Unigene序列利用BLAST工具分别与Nr、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO数据库进行比对,分别有11 138和24 744条Unigene在Nr和Swiss-Prot数据库中比对得到了注释信息,可归于36个GO分类,涉及119个KEGG标准代谢通路,进一步分析发现15条萜类生物合成途径的关键酶基因。利用MISA软件发现3 480个SSR,数量最高的SSR类型为单碱基重复,为1 986条,出现频率为57.07%,最少的是六碱基重复SSR,只有5条,出现频率仅为0.14%。利用Repeat Masker在线工具针对瑞香狼毒转录组序列进行转座子预测分析,结果共发现有1 497条转座子,其中E值<1×10-5的序列有827条,包含22种类型转座子,数目最多的为LINE/L1类型(405条),占比为48.97%,占比最少的为DNA/Ginger、DNA/h AT、DNA/PIF-ISL2EU和LINE/Jockey以及LTR/Lenti类型分别只有1条。结论对瑞香狼毒进行高通量测序,获得了大量基因序列信息以及SSR和转座子信息,为今后分离克隆瑞香狼毒中佛波酯等有效成分生物合成的关键酶基因以及开展相关分子机制研究提供了数据资源和理论基础。; 杨艳芳刘洪伟邱德有; 关键词：瑞香狼毒转录组萜类佛波酯代谢通路

紫杉醇生物合成途径中相关酶的研究进展被引量：12: 2002年; 抗癌新药紫杉醇是具有萜类环状结构的一种重要次生代谢产物 ,研究紫杉醇的生物合成对于通过基因工程手段提高紫杉醇的产量 ,解决目前资源紧缺造成的巨大供求矛盾具有重要意义 ,这就需要对紫杉醇生物合成途径中催化各步反应 (尤其是关键步骤 )的酶以及编码这些酶的基因有个全面的了解。对近年来紫杉醇生物合成途径中相关酶的研究进行了综述 ,大部分酶及相关基因已被分离、克隆 ,但还有一些酶及相关基因没有发现 ,有待继续深入研究。; 黄新黄璐琦邱德有; 关键词：紫杉醇生物合成途径相关酶

榛子产紫杉醇内生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因的克隆与表达被引量：1: 2016年; 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶是产紫杉醇内生真菌紫杉醇合成下游途径中的关键步骤之一,在榛子产紫杉醇内生真菌中进行紫杉醇生物合成研究时首先要确认GGPP合酶的存在。该研究通过RT-PCR方法克隆得到了榛子产紫杉醇内生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因Pa GGPPS(Gen Bank登录号为KM881430)的c DNA开放阅读框(Open reading frame,ORF)。利用生物信息学方法,我们分析了该基因的序列,并对其编码的氨基酸序列进行了预测。结果发现该基因ORF长度为1 113 bp,预计蛋白分子量为40.98k D,等电点为6.168,表明该蛋白呈酸性。对其进行亲疏水性分析发现肽链整体呈现为亲水性。Pa GGPPS的主要二级结构元件为α-螺旋,并且包含一个异戊二烯类化合物合酶功能域。对榛子产紫杉醇内生真菌与其他物种的GGPPS进行氨基酸同源性分析,发现其与娄地青霉、曲霉菌和费氏新萨托菌的一致性较高,分别为94%、76%和76%。进化树分析表明来自动物、真菌和酵母的GGPPS聚为一类,来自植物的GGPPS聚为一类,其中榛子产紫杉醇内生真菌的GGPPS和青霉菌的进化关系最近,与植物的GGPPS的进化关系最远。对其进行基础生物信息学分析后,我们构建了原核表达载体,成功诱导其表达并得到可溶性蛋白。该研究结果为下一步深入研究GGPPS基因在内生真菌Penicillium aurantiogriseum紫杉醇合成途径中的作用及和构建高产紫杉醇基因工程菌株奠定了一定的基础。; 刘洪伟杨艳芳李艳艳王帅邱德有; 关键词：内生真菌紫杉醇

一种提高曼地亚红豆杉组培苗生根率的方法: 本发明公开了一种提高曼地亚红豆杉组培苗生根率的方法，包括如下步骤：(1)外植体的选择：选择曼地亚红豆杉1‑2年生半木质化健壮枝条，剪取3‑5cm长的带腋芽茎段，去掉基部针叶，作为外植体；(2)外植体的处理：外植体清洗消毒...; 杨艳芳丰美静陈段芬邱德有蒋路园陈雅琦; 文献传递

香榧中不存在紫杉醇的化学及分子生物学证据被引量：4: 2016年; 香榧(Torreya grandis Fort.ex Lindl.cv.Merrillii)是红豆杉科榧树属的一个种。由于香榧与红豆杉属植物具有较近的亲缘关系,研究者认为香榧也可以合成紫杉醇,并利用HPLC法验证其中含有紫杉醇。但他们仅仅依靠HPLC中出峰时间来判断,并没有质谱的分析结果。本研究利用LC-MS对香榧茎叶的化学提取物进行分析发现香榧并不能合成紫杉醇。为了进一步证明香榧不能合成紫杉醇,我们利用欧洲红豆杉(Taxus baccata L.)紫杉醇生物合成关键基因-紫杉二烯合成酶基因(Taxadiene synthase gene,Tb TS)TBLASTN比对香榧本地转录组,从中找出并克隆得到与Tb TS同源性最高的Tgr TSL1基因。利用原核表达对Tgr TSL1基因进行功能分析,发现该基因不具有紫杉二烯合成酶编码基因的功能。这样,我们从化学和生物学两个方面对香榧无法合成紫杉醇这个结论进行了证明。这为以后通过植物学和化学分类学等研究穗花杉的分类学地位提供了新的有用信息。; 王帅赵中槐董清华邵芬娟芦强邱德有; 关键词：香榧紫杉醇原核表达

木本药用植物红豆杉研究的新进展被引量：12: 2009年; 红豆杉是当今十分重要的一种木本药用植物,从中提取出的二萜类抗癌化合物紫杉醇在全世界已广泛应用于卵巢癌、乳腺癌、非小细胞肺癌等癌症的临床治疗,效果显著。近年来,人们还发现紫杉醇在其它疾病的治疗中也具有很好的作用。本文综述了近年来国内外在红豆杉人工栽培、紫杉醇化学半合成、红豆杉细胞培养、产紫杉醇内生真菌培养、代谢工程方面的最新研究进展,对当前工作中存在的问题进行了探讨,并对有关研究的发展前景进行了展望。; 邱德有吴小红黄璐琦; 关键词：红豆杉人工栽培紫杉醇内生真菌代谢工程

雷蒙德氏棉LBD基因家族的鉴定及进化表达分析被引量：3: 2017年; 家族转录因子是后基因组时代的研究热点。植物中的家族转录因子参与调控了许多重要的生物学过程,包括形态建成、信号转导、环境应激反应。植物特有的(lateral organ boundaries domain,LBD)/ASL(ASYMMETRIC LEAVES2-LIKE)家族转录因子包含保守的类似锌指结构CX2CX6CX3C基序,在调控拟南芥、水稻、玉米等模式植物生长发育过程中起到至关重要的作用。然而,对于棉花LBD基因的功能目前我们还知之甚少。本研究从雷蒙德氏棉基因组中鉴定出66个LBD基因,不均匀的分布在13条染色体上。这些基因可分为ClassⅠ和ClassⅡ两大类,细分为Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd、Ⅱa和Ⅱb等6个亚类。该家族基因结构简单,外显子数目不超过3个。从雷蒙德氏棉LBD家族成员中共找出15段保守基序,并对(lateral organ boundaries,LOB)结构域的保守性进行了分析。基因表达模式分析揭示出雷蒙德氏棉LBD基因家族的表达具有一定时空特异性。本研究为今后雷蒙德氏棉LBD基因功能的验证奠定了基础。; 芦强邵芬娟邱德有; 关键词：系统进化分析基因表达

适用于qRT-PCR法检测TbAP2a基因表达的引物组合、试剂盒和方法: 本发明公开了一种适用于qRT‑PCR法检测<I>TbAP2a</I>基因转录水平表达的扩增<I>TbAP2a</I>基因组合，包括上游引物和下游引物，上游引物选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5和SEQ I...; 杨艳芳张恺恺陈段芬邱德有; 文献传递

延缓生长法保存长白山珍稀植物玫瑰种质初探: 2010年; 以玫瑰嫩茎基部直接再生形成的丛生芽团为试材,应用均匀设计法探讨了影响玫瑰丛生芽团试管保存的主要因子和水平,同时筛选最适于玫瑰丛生芽团试管保存的培养基,结果表明:最适宜的丛生芽团试管保存培养基为B5+根皮苷2.80 mg/L+KT 0.40 mg/L,保存40个月生长率仅为0.83%。对保存前后的芽苗生根的结果进行对比可知,保存后的生根速度快,生根率达99.8%以上,较未保存前的生根率98.5%高。试验结果证明,在试管内采取"延缓生长"法保存玫瑰丛生芽团是切实可行的新方法。; 顾地周高捍东邱德有; 关键词：森林培育学玫瑰试管保存均匀设计

利用茉莉酸类结合mRNA差示技术研究紫杉醇生物合成机制被引量：1: 2000年; 利用差示技术从红豆杉悬浮细胞中克隆出茉莉酸类诱导表达的基因 ,并用异源表达系统对有关基因进行功能鉴定 ,从而阐明紫杉醇生物合成机制 ,为今后解决红豆杉悬浮法生产细胞紫杉醇产量低且不稳定的难题提供理论依据和技术手段。; 邱德有朱蔚华吴蕴祺张大勇胡秋; 关键词：茉莉酸类生物合成

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