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红色毛癣菌孢子期与萌芽期基因表达比较分析被引量：3: 2007年; 红色毛癣菌(Trichophyton rubrum)是最常见和流行范围最广的一种浅部感染真菌,它的孢子萌发是和致病密切相关且非常重要的发育过程.为研究出芽时生理、生化以及细胞学方面的改变,从红色毛癣菌cDNA文库中选取了3364条有明确功能注释的表达序列标签(ESTs)制备了cDNA芯片,对孢子期及萌芽期进行了基因表达变化的研究.数据分析表明,孢子萌发过程中有335个基因表达上调,主要是翻译、修饰蛋白及结构蛋白.细胞壁和细胞膜组分大量合成,暗示它们是细胞形态发生的基础.二组分信号转导系统的组成部分表达上调,推测它可能在红色毛癣菌孢子萌发过程中起着重要作用.各种代谢途径表达旺盛,特别是参与糖酵解和氧化磷酸化的基因基本都上调,说明在氧气和葡萄糖充足的环境下,孢子主要通过有氧呼吸获得能量.本研究对了解红色毛癣菌孢子萌发过程中基因表达的变化及其信号转导和代谢特点提供了重要线索,对其他浅部真菌的研究也具有重要意义.; 杨莉王玲玲彭俊平于录刘涛冷文川杨剑陈立宏张文亮张骞齐义鹏金奇; 关键词：孢子 CDNA芯片基因表达

两株刚果红结合突变型志贺菌大质粒全基因组比较研究: 2005年; 对福氏志贺菌(Shigellaflexneri)5型及志贺氏志贺菌(Shigelladysenteriae)1型两株与刚果红结合突变菌株的大质粒pSF5及pSD1进行了全基因组测序及分析.pSF5全长136694bp,包含165个ORFs,其中133个功能明确,32个功能未知.pSD1全长182726bp,共有224个ORFs,其中181个功能明确,43个功能未知.pSF5中IS序列为53787bp,pSD1中为49616bp,分别占整个基因组的39.3%,27.2%.二者中共有22种不同类型的IS出现,其中ISEc8,ISSbo6在志贺菌大质粒中为首次报道.与pCP301相比,pSF5和pSD1都发生了大范围基因缺失,并在多处发生基因片段倒置等现象.pSF5中除与侵袭相关ipa-mxi-spa基因岛完全缺失外,与O-抗原生物合成密切相关的shf-rfbU-msbB基因也部分缺失,而在pSD1中上述基因则完整存在,但pSD1中与侵袭基因表达调控相关的virF基因缺失.结果表明,在pSF5和pSD1中与侵袭相关的调控因子及侵袭基因的缺失是导致刚果红结合突变的原因之一,但是否是唯一的原因还需进一步的验证.; 唐旭东熊朝晖杨帆张笑冰杨剑陈立宏聂桓燕永亮江艳王璟薛颖徐星烨朱亚芳董杰安黎哲王勋陵金奇; 关键词：刚果红基因组比较突变型质粒

斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)A1501反硝化相关基因结构及功能分析被引量：10: 2005年; 在A1501株的基因组上鉴定了4个反硝化相关的基因簇:nar,nir,nor和nos,共40个基因,基因的转录产物与其他种群中物质运输、基因调控以及还原酶类蛋白高度同源.nir,nor和nos基因簇在染色体上位置靠近,与nar基因簇相隔较远.与其他反硝化细菌比对的结果表明,A1501株中的40个反硝化基因组成了一套完整的反硝化催化系统.在A1501株中,该系统有以下特点:(ⅰ)nar基因簇中,narK基因只发现一个拷贝.(ⅱ)在narK与narG之间有一个narM基因.(ⅲ)在narX,narL基因的下游鉴定了两个基因dnrE和orf1,其中dnrE基因是一个属于FNR家族的转录因子.(ⅳ)A1501株中nir基因有16个,是所有已知反硝化细菌nir基因数量最多的.(ⅴ)在A1501株中,同时也是在假单胞杆菌属中首次报道norR基因.(ⅵ)nos基因簇相对保守,无论在基因组成还是排列方式与参照的菌株都完全一致.; 燕永亮杨剑陈立宏杨帆董杰薛颖徐星晔朱雅芳姚志健林敏王忆平金奇; 关键词：基因组成基因数量 FNR

斯氏假单胞菌A1501物质代谢及能量生成相关基因的分析被引量：1: 2008年; 斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)A1501是一株分离自中国南方水稻根际土壤的联合固氮菌。该菌在无氨和微好氧条件下可将空气中的氮气转化为植物可以直接利用的铵。A1501基因组测定工作已经完成,根据A1501菌基因组的功能注释对该菌的中心代谢、能量合成及环境适应性等方面进行了生物信息学分析。结果发现,A1501菌的物质代谢途径具有多样性,除不能利用EMP途径代谢己糖外,该基因组含有几乎所有编码Entner-Doudorff途径(ED)、磷酸戊糖途径(HMP)、糖酵解途径(EMP)、三羧酸循环(TCA)以及乙醛酸途径中关键酶类的基因。此外,基因组分析鉴定了252个与能量产生相关以及3套编码电子传递复合体(1个Nqr和2个Rnf复合体)的基因簇。为进一步研究A1501菌的碳代谢调控及C-N偶联机制提供了重要的理论依据。; 刘伟燕永亮杨剑平淑珍陈立宏陆伟张维陈明林敏; 关键词：斯氏假单胞菌A1501 生物固氮

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陈立宏