黄碧芳
- 作品数：26 被引量：124H指数：7
- 供职机构：福建农林大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：福建省科技重大专项国家自然科学基金福建省农科院青年科技人才创新基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程化学工程更多>>
- 甘薯基因组JAZ基因家族的鉴定与分析被引量：1
- 2021年
- JAZ(jasmonate ZIM-domain,JAZ)蛋白作为茉莉酸途径的抑制因子,可通过与其他信号通路的调控因子互作来调节植物生长发育过程。为了探究甘薯[Ipomoea batatas(L.)LAM]JAZ家族基因的特征和潜在功能,本研究利用生物信息学的分析方法从甘薯全基因序列中鉴定到11个JAZ基因序列,对其进行多重序列比对、染色体定位、保守基序、系统进化树以及逆境胁迫下基因表达量变化等多方面的研究。结果表明,11个甘薯JAZ基因分布在甘薯1号、3号、6号、7号和9号染色体上,其数目分别为2个、1个、2个、1个和5个;利用MEME检索工具从甘薯JAZ家族蛋白序列中检索得到9个保守基序(motif 1~motif 9),其中motif 1和motif 7氨基酸序列组成与多重比对结果中的TIFY结构域一致,motif 2序列特征与Jas结构域一致;甘薯、拟南芥和水稻的JAZ家族系统进化树可分为5个亚组(Group1~Group 5);转录组数据分析结果表明,甘薯JAZ基因家族中有2个成员在受到尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum f.sp.batatas)侵染时表达量上调;有5个成员在低温胁迫下差异表达,其中3个表达上调、2个表达下调。以上结果可为研究甘薯JAZ家族基因的结构和功能提供参考。
- 黄小芳毕楚韵陈其俊陈其俊刘江洪黄碧芳黄碧芳许明林世强
- 关键词：甘薯JAZ基因家族生物信息学
- 甘薯β-淀粉酶家族基因的全基因组鉴定和表达分析被引量：1
- 2021年
- 【目的】挖掘甘薯Ipomoea batatas基因组中β-淀粉酶(Beta-amylase)基因家族序列信息,分析结构与功能信息。【方法】基于甘薯栽培种‘泰中6号’全基因组测序数据,利用生物信息学分析方法对鉴定到的12个甘薯β-淀粉酶家族成员进行结构域保守性分析、染色体定位、潜在重复基因筛查、保守基序分析和系统进化树构建,利用转录组数据进行低温胁迫下相关基因的表达分析。【结果】12个β-淀粉酶基因分布于甘薯第2、4、5、6、11、12、13和14号染色体上,含有8个具有潜在重复关系的基因对。多重比对和功能结构域搜索结果显示,甘薯β-淀粉酶家族的氨基酸序列中含有3个保守性较高的区域和10个保守基序。甘薯与其他物种β-淀粉酶蛋白的系统进化分析结果显示,62个β-淀粉酶家族成员被分为S1~S7等7个亚组,甘薯β-淀粉酶家族成员主要分布在S2、S4、S5、S6以及S7亚组中,且大多与拟南芥、马铃薯以及番茄的β-淀粉酶为同一分支。转录组测序数据分析结果显示,在低温贮藏的过程中有6个甘薯β-淀粉酶基因表达量出现变化,其中‘徐薯15-1’有2个基因上调表达、4个基因下调表达,‘徐薯15-4’仅有2个基因下调表达。【结论】β-淀粉酶是一类关键的淀粉水解酶,在甘薯生长发育和薯块贮藏阶段淀粉降解为还原糖的过程中发挥着重要作用,本研究鉴定得到的12个甘薯β-淀粉酶基因序列信息为进一步探讨甘薯β-淀粉酶基因家族的生物学功能提供数据参考。
- 黄小芳毕楚韵黄伟群黄伟群刘江洪黄碧芳黄碧芳林世强
- 关键词：甘薯Β-淀粉酶基因家族系统进化差异表达分析
- 不同温度对虎奶菇胞内胞外蛋白差异表达的影响
- 自溶现象广泛存在于各种微生物中，但有关食药用菌虎奶菇(Pleurotustuberr—regium(Fr．)Sing)菌丝体自溶的研究国内外均未见报道。本文通过筛选获得引起自溶的较佳条件，用该条件进行虎奶菇自溶处理，最终...
- 黄碧芳
- 关键词：虎奶菇双向电泳蛋白质
- 文献传递
- 虎奶菇菌丝体自溶蛋白质制备方法比较被引量：10
- 2010年
- 以温度40℃处理为实验组,10℃处理为对照组,采用双向电泳技术,比较了虎奶菇菌丝体蛋白质的3种提取方法,其中TCA/丙酮法提取所得到的蛋白质样品的双向电泳图谱效果最佳,为其它大型真菌蛋白质的提取提供了重要参考。并对TCA/丙酮法加以改进,获得虎奶菇菌丝体胞外蛋白质样品的制备方法,为应用差异蛋白质组学方法对虎奶菇菌丝体自溶进行研究奠定基础。
- 黄碧芳朱鸿萍李彩斌林文雄
- 关键词：虎奶菇蛋白质提取2-DE
- 黑曲霉LH2446纤维素酶的纯化及酶学性质的研究被引量：14
- 2005年
- 从黑曲霉固态发酵物中提取纤维素酶。粗酶液经硫酸铵盐析除去大量杂蛋白,然后通过2次SephadexG-100柱纯化CMC酶,提纯倍数可达47.22。酶学研究表明,纤维素酶中CMC酶最适作用温度为60℃,最适作用pH为4.5,CMC酶的Km为6.54mg/mL,Vmax为0.12mg/mL.min。
- 汪世华杨燕凌余文英黄碧芳沙莉
- 关键词：纤维素酶纯化酶学
- 甘薯全基因组WRKY转录因子的基因鉴定与逆境胁迫表达分析被引量：5
- 2021年
- 【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域、亚家族系统进化树、保守基序和抗逆表达模式,并对甘薯SPF1基因与IbWRKY基因进行了比较和分析。【结果】甘薯全基因组上共有82个WRKY基因,可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个类型,其中类型Ⅰ和类型Ⅲ的成员数量分别为18和5,类型Ⅱ可进一步分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e 5个亚类,其成员数量分别为4,14,20,8和13。甘薯WRKY基因不均匀分布于15条染色体上,其中25对基因存在潜在复制关系。保守结构域分析发现,大部分WRKY的结构域高度保守,但个别基因存在保守结构域缺失现象。拟南芥与甘薯的WRKY转录因子在系统进化树上呈现按物种少量聚集的现象。在甘薯WRKY转录因子家族中共发现10个保守基序,包括含有WRKY七肽结构域的基序1和基序7、含有锌指结构域的基序2和基序3,其中基序3为Ⅰ类型WRKY转录因子N端WRKY结构域所特有。对逆境胁迫下的甘薯转录组数据进行分析发现,甘薯苗期在蔓割病菌(Fusarium oxysporum f.sp.batatas)侵染后共有19个WRKY基因差异表达,甘薯块根贮藏期在低温胁迫下有34个WRKY基因差异表达。蛋白序列比较和分析结果表明,甘薯SPF1的氨基酸序列与IbWRKY32的氨基酸序列一致度最高,为85.4%。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到82个WRKY基因,其结构域较为保守,在蔓割病胁迫与低温胁迫条件下均存在差异表达。
- 毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊陈其俊黄碧芳黄碧芳许明林世强杨志坚
- 关键词：甘薯WRKY转录因子生物信息学逆境胁迫
- 甘薯基因组TCP转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析被引量：3
- 2021年
- 基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异。结果显示,甘薯基因组中共有27个TCP转录因子,其中ClassⅠ13个、ClassⅡ(CIN)8个、ClassⅡ(CYC/TB1)6个。甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上,其中6对基因存在潜在复制关系。甘薯ClassⅡ(CYC/TB1)转录因子含有R结构域,其氨基酸序列较为保守。在TCP家族中共发现10个保守基序(motif),基序的氨基酸序列长度为15~60个,其中motif 1含有TCP结构域,motif 3含有R结构域,TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异。逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明,TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因。
- 毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊陈其俊黄碧芳黄碧芳许明陈选阳杨志坚
- 关键词：甘薯TCP转录因子生物信息学
- 甘薯基因组R2R3-MYB转录因子鉴定与分析被引量：2
- 2021年
- MYB是植物中数量众多且功能重要的转录因子家族。本研究通过生物信息学方法从未经注释的甘薯全基因组序列中筛选鉴定出MYB家族基因,分析了R2R3-MYB类基因的结构与功能。结果发现,甘薯基因组中含有R2R3-MYB转录因子基因88个,均含有完整的R2、R3保守结构域,且R2、R3保守结构域中分别含有8个和9个高度保守的碱性氨基酸。MEME分析结果表明,甘薯R2R3-MYB蛋白序列中含有10个保守基序,其中80%以上的R2R3-MYB序列中含有motif 1、motif 2、motif 3、motif 4、motif 5以及motif 7;利用circos软件定位R2R3-MYB序列在染色体上的分布情况,发现甘薯88个R2R3-MYB基因不均匀分布在15条染色体上,其中5号染色体上数量最多,达15个,4号和13号数量最少,仅2个,经序列比对分析,发现它们在染色体内和染色体间均存在复制关系,其中存在于染色体间潜在复制关系的基因有6对,染色体内有20对,且这20个基因对中有19对在染色体上成簇状分布。经序列功能预测与归类,有44个R2R3-MYB转录因子基因可归入拟南芥R2R3-MYB基因分类的13个亚组中,分别参与响应生物与非生物胁迫、花青素合成、花药发育等途径。进一步分析发现,甘薯中有36个R2R3-MYB转录因子基因可能在响应生物和非生物胁迫上发挥重要功能,其中9个基因在尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum f.sp.batatas,Fob)胁迫下表达量出现明显上调/下调变化,27个在低温胁迫下表达量出现明显上调/下调变化。甘薯R2R3-MYB转录因子结构域高度保守,R2和R3结构域中均含有较高的保守基序;进化树及转录组测序分析显示部分基因可能参与植物生长发育、代谢调控以及生物与非生物胁迫等途径,可为甘薯抗性育种提供参考。
- 黄小芳毕楚韵黄碧芳黄碧芳许明林世强杨志坚
- 关键词：甘薯转录因子生物信息学
- 甘薯α-淀粉酶基因的全基因组鉴定和分析被引量：2
- 2022年
- 本研究应用隐马尔可夫方法,利用甘薯栽培种‘泰中6号’全基因测序数据,鉴定到6个甘薯α-淀粉酶基因家族序列,定位于甘薯第4、10和15号染色体上。功能结构域分析表明,甘薯α-淀粉酶基因家族6个成员均含有完整的催化结构域,5个成员含有完整的Alpha-amyl_C2结构域。meme检索结果和序列多重比对结果显示,甘薯α-淀粉酶蛋白序列中含有10个保守基序,甘薯α-淀粉酶的一级结构中含有α-淀粉酶家族的4个催化保守区域。将甘薯与其他物种α-淀粉酶家族蛋白序列共同构建系统进化树,31个α-淀粉酶蛋白序列被分为Ⅰ~Ⅳ4个亚组,甘薯α-淀粉酶家族成员集中在Ⅲ和Ⅳ亚组,在进化分支上主要与马铃薯和拟南芥α-淀粉酶家族蛋白序列位置靠近。转录组测序数据分析结果显示,甘薯α-淀粉酶家族基因中有3个成员在低温储藏期表达量出现变化,其中2个基因上调表达,1个基因下调表达。这些结果可为甘薯α-淀粉酶基因结构与功能研究提供参考。
- 黄小芳毕楚韵陈其俊陈其俊刘江洪黄碧芳黄碧芳陈选阳
- 关键词：Α-淀粉酶基因家族
- 黑曲霉LH2446产纤维素酶液体发酵条件的研究被引量：15
- 2005年
- 采用诱变后的黑曲霉LH2446液体发酵生产纤维素酶。确立了产酶最佳条件:5%稻草粉为碳源,1%的黄豆粉为氮源,培养基起始pH值为pH6.5,250mL三角瓶中装培养基75mL,培养时间为60h,温度为30℃。在最适条件下产纤维素酶的最高产量为23600U/g。
- 汪世华胡开辉黄碧芳余文英彭利民
- 关键词：纤维素酶液态发酵产酶条件
