刘琦
- 作品数：9 被引量：34H指数：3
- 供职机构：同济大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生文化科学理学生物学更多>>
- HIV-1蛋白酶抑制剂靶点的广谱性研究
- HIV-1蛋白酶是治疗艾滋病的主要靶点之一，然而其非常高的突变率成为了治疗该疾病的一大瓶颈。找到一种能有效预测对突变病毒株具有抗病毒能力的药物的方法，对于艾滋病的临床治疗将有很大帮助。为此，我们引入能够同时对多个蛋白与多...
- 黄琦高军康宏刘琦曹志伟朱瑞新
- 关键词：艾滋病
- 基于配体、受体和复合物指纹的虚拟筛选方法比较被引量：3
- 2011年
- 近年来,作为基于配体和基于受体两种方法的补充,以复合物指纹为基础的药物筛选方法相关研究正受到广泛的重视.那么这种新兴的方法相对于传统方法在筛选结果准确率上是否具有优势?同时,由于复合物指纹可以通过复合物结构测定和将相应蛋白和配体进行分子对接两种方式获得,那么基于这两种方式获得的复合物指纹所得的筛选结果准确率是否有显著性差异呢?通过对一系列HIV-1蛋白酶复合物晶体结构同时进行基于配体的相似性搜索、分子对接传统的能量打分、基于复合物晶体结构的复合物指纹的相似性搜索和基于分子对接所得复合物结构的复合物指纹的相似性搜索的筛选比较,结果表明:(1)如果三种方法都是直接基于实验结构,那么复合物指纹和分子对接两种方法都因为是兼顾了受体和配体两个方面,准确率都要高于仅仅基于配体的方法;(2)实际运用中,通过实验测定所有复合物结构并不可行,因此需要进行分子对接才能大量的获得复合物结构并进一步生成相应的复合物指纹,令人兴奋的是,基于此种方式获得的复合物指纹与直接基于实验复合物结构获得的复合物指纹在筛选结果上并无显著性差异,从而可以作为实验复合物指纹筛选方法的有效补充.
- 黄琦康宏张端峰盛振刘琦朱瑞新曹志伟
- 关键词：药物筛选
- 基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评被引量：2
- 2010年
- 抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果.本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集.基于这套测试集,采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估,工具包括SEPPA,CEP,DiscoTope,ElliPro,PEPOP和BEpro等.测试集评估结果表明,6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高.其中,SEPPA预测性能相对较好,然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想.评估结果还表明,预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响.以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.
- 徐小莲孙静刘琦王晓婧徐天磊朱瑞新吴迪曹志伟
- 关键词：表位预测
- 药物-疾病关系预测:一种推荐系统模型被引量：6
- 2015年
- 目的药物重定位是指发掘已有药物新的治疗作用,然而具有潜在治疗作用的药物-疾病往往隐藏在数以百万计的关系对中。该研究基于医疗大数据分析,预测具有潜在治疗关系的药物-疾病关系对。方法将社交网络中推荐系统模型应用于药物重定位研究,并假设具有相似化学结构的药物可能具有相似的适应症。从开源数据库收集已知药物-疾病的治疗关系、副作用关系以及药物和疾病特征描述符,计算得到药物-药物的相似度和疾病-疾病相似度,再构建推荐模型将上述信息融合,并预测具有潜在治疗关系的药物-疾病,最终得到预测关系对的排序列表。结果列表排名前500的关系对中,有12.8%得到临床实验支持或综述报道,20%得到模式生物实验或细胞实验支持。结论相比于已有分类模型和随机抽样结果,本模型可明显提高具有潜在治疗作用药物-疾病的富集程度。
- 汪浩王海平吴信东刘琦
- 关键词：推荐系统协同过滤
- IOPY/ISPY类HIV-1逆转录酶抑制剂的定量构效关系研究被引量：3
- 2011年
- C-5修饰的3-碘-4-芳氧基/芳硫基吡啶酮(IOPY/ISPY)类化合物是一类潜在的HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂,特别是这类化合物因具有同时抑制野生型和突变型病毒株的特性,而受到更加广泛的关注.首先利用两套2D通用描述符同时构建了该类化合物的线性和非线性定量构效关系模型.结果表明这些模型都具有较好的预测能力,并且非线性模型较线性模型预测能力更好些.为了更好、更形象地描述逆转录酶抑制剂的特征,进一步结合三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,以及SAReport分析对该类化合物同时抑制野生型和突变型病毒株的结构特征进行了分析,发现在对这类化合物进行结构修饰时,需要服从如下三条理论指导原则:(1)R基团中的正负电场分布情况对化合物的活性起着关键作用;(2)R基团最好具有芳香环或芳香杂环和(3)R基团的环结构上连接的取代基不宜太多.
- 朱瑞新王飞刘琦康廷国
- 关键词：定量构效关系非核苷类逆转录酶抑制剂HIV-1
- 本科生导师制现状及反思被引量：16
- 2013年
- 实施本科生导师制是一项系统工程，需要一系列条件支持，需要正确认识其定位，需要健全的规章制度保障，任何一个地方的忽视，都有可能导致本科生导师制流产。结合我国高等教育实际现状，及时研究总结实施本科生导师制的成功经验和存在问题，井进一步优化改进，将有助于落实和完善我国本科生培养方案，最终提高我国高等教育的质量。
- 朱瑞新刘琦曹志伟
- 关键词：本科生导师制资源环境
- 化合物结构特征与其基因表达信息的互补性研究被引量：2
- 2010年
- 化合物分子指纹在化合物相似性比较、生物芯片技术在分子标记识别中都有着重要的应用,因而受到广泛的重视.但是由于这两个研究对象依传统的观点,分属于化学信息学和生物信息学两个不同的研究领域,因此一直未能在同一研究对象中同时得到应用.近年来,小分子刺激的生物芯片数据的大量出现,使得联合化合物的结构特征及其基因表达谱信息共同的用于药物筛选成为可能.为此,根据本质和外延互补的哲学思想,提出了综合运用这两种数据来共同描述化合物的新方法.通过(1)只利用化合物分子指纹,(2)只利用化合物基因表达谱信息和(3)前面两种方法互补等三种方法在化合物相似性比较的研究中,发现本文提出的互补方法比前两种方法的查询结果更准确:(1)使结构和功能两方面均相似的化合物之间的相似性更高,(2)并且能有效使那些仅在某一方面表现非常特殊的化合物能够暴露出来,而得到有效地排除.本研究给化学信息者和生物信息者重新审视以往的数据,联合致力于药物的筛选提供了线索.化合物分子指纹(本质)和基因表达谱(外延)的互补原理则为药物的筛选提供更有效的依据,并最终加快药物的研发进程.
- 盛振康宏戴天力刘琦朱瑞新
- 关键词：分子指纹基因表达药物筛选
- 一种新的化合物指纹及其在药物筛选中的应用
- 2011年
- 相似性搜索技术在大规模药物筛选中有着广泛的应用,而作为其构成要素之一的化合物描述符,则在相似性搜索中起着至关重要的作用.但是迄今为止,尚未发现一种描述符能够全面的描述化合物.近来,融合不同结构描述符用于相似性搜索的研究屡见报道,不过由于这些描述符都源自化合物的结构,融合以后不仅不能保证对化合物进行更全面的描述,还带来严重的冗余现象.为此,根据哲学中对于一个事物的描述需要同时从本质与外延两个方面同时进行这一基本原理,构建了一个全新的化合物活性描述符:基因功能模块指纹(GO指纹),综合运用结构指纹(本质)和GO指纹(外延)来描述化合物.与将化合物基因表达直接构建的活性指纹不同,GO指纹不仅(1)降低了芯片数据的维度,避免了其维度高、相关性强、噪声大的问题;同时(2)拉近了描述符和化合物活性之间的距离.通过将GO指纹和结构指纹融合后用于化合物相似性搜索,结果表明新的描述符(1)使得结构和功能都相似的化合物之间的相似性更高;(2)而使得仅在单方面相似性较高的化合物得到有效排除.本研究为进行快速、高效、大规模的药物筛选提供了新的思路,这势必将提高药物筛选的结果,进一步加快新药研发和旧药新用的进程.
- 盛振黄琦康宏刘琦曹志伟朱瑞新
- 关键词：药物筛选
