王家丰
- 作品数：5 被引量：2H指数：1
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- 一种牡蛎近缘物种鉴定的方法
- 本发明涉及近缘种鉴定技术，具体的说是一种牡蛎近缘物种鉴定的方法。具体为以牡蛎基因组DNA为模板，根据牡蛎物种基因组的标签序列设计引物进行PCR扩增，利用扩增产物在高分辨率熔解曲线(HRM)中的Tm值差异进而区分牡蛎物种。...
- 王家丰许飞李莉张国范
- 文献传递
- 一种适用于太平洋牡蛎高多态基因组单核苷酸突变验证的两步式高分辨率熔解曲线方法(英文)被引量：2
- 2013年
- 长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组具有高度的多态性。因此,导致传统的高分辨率熔解曲线(HRM)方法在长牡蛎基因组SNP分型验证中表现出很低的效率,并且传统HRM方法花费比较高。本文提出一种经过改良的适合高度多态性基因组SNP验证的HRM方法。这种two-step HRM方法在传统的HRM方法基础上进行了许多改进;利用这种改进的方法,使用一对引物即可准确完成一个特定SNP位点基因型的确定和区分,并且相应的花费较传统方法大大降低。本实验中共使用56组引物对长牡蛎SNP进行验证,有8组引物因为特异性较差在引物筛选中被排除。最终有30组引物成功验证SNP,成功率约为62.5%。超过63%的SNP位点为转换类型(C/T:30%,A/G:33.3%),只有大约36.7%的SNP位点为颠换类型(A/C:10%,G/T:10%,A/T:10%,C/G:6.7%)。随即选取5组引物的扩增产物进行Sanger测序,通过序列对比后获得与该方法完全相同的分型结果,这也证明了本方法的准确性。以上数据表明本文提出的two-step HRM方法是一种可使用于高多态性牡蛎基因组的高效、经济并且有高通量潜力的SNP验证方法。
- 王家丰齐海刚李莉张国范
- 一种牡蛎近缘物种鉴定的方法
- 本发明涉及近缘种鉴定技术，具体的说是一种牡蛎近缘物种鉴定的方法。具体为以牡蛎基因组DNA为模板，根据牡蛎物种基因组的标签序列设计引物进行PCR扩增，利用扩增产物在高分辨率熔解曲线(HRM)中的Tm值差异进而区分牡蛎物种。...
- 王家丰许飞李莉张国范
- 长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组SNP标记的开发及遗传连锁图谱构建
- 为开发长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组SNP标记,对青岛、秦皇岛、大连3地不同长牡蛎群体分别取多个个体样品混合后进行转录组测序。测序后与全基因组测序结果比对,3个不同地区群体转录组Reads在全基因组上...
- 王家丰亓海刚许飞李莉张国范
- 关键词：HRM序列标签
- 文献传递
- 基于转录组数据的长牡蛎基因组功能基因SNP分析与标记开发
- 长牡蛎基因组序列图谱的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。编码序列区域通常受到较强的选择导致SNP等突变位点较少,有利于SNP位点的基凶型分析;同时,编码区域SNP,特别是非同义的SNP位点由于具备潜在的表型...
- 亓海刚王家丰李莉张国范
- 关键词：长牡蛎转录组SNP
- 文献传递
